材料和试剂

细胞培养
1. 离心管 50 mL 和 15 mL（ Sarstedt，目录号： 62.559 和 62.554.502 ）
2. 无菌25 cm 2细胞培养瓶（ Sarstedt ，目录号： 83.3910.002 ）
3. 细胞培养基[例如，Dulbecco's modified Eagle's medium (DMEM)]（ Thermo Fisher Scientific，目录号： 11685260；原始制造商：Lonza，目录号： BE12-614F )
4. （ FBS， Thermo Fisher Scientific，目录号： 11560636 ）
5. 青霉素-链霉素溶液（ Gibco，目录号： 15140-122 ）
6. L-谷氨酰胺（Gibco，目录号：A2916801）
7. Ca 2+ Mg 2+ -free Dulbecco's PBS （Cytiva，目录号： 10462372）
8. TrypLE表达酶溶液（ Thermo Fisher Scientific，目录号： 12605036）
9. 二甲基亚砜溶液（DMSO，Merck，目录号：D8418）

PISA 处理
1. 0.2 mL 带盖 PCR 管带（ Thermo Fisher Scientific，目录号：AB0452）
2. 用于离心的蛋白质低结合管，1.5 mL和 2 mL（ Thermo Fisher Scientific，目录号：10708704 和 10718894；原始制造商：Eppendorf，目录号： 0030108116 和 0030108132 )
3. 用于超速离心的 1.5 mL 聚丙烯管（Beckman Coulter，目录号：357448）
4. Ca 2+ Mg 2+ -free Dulbecco's PBS （ Cytiva ，目录号： 10462372）
5. 100×蛋白酶抑制剂混合物溶液（ Thermo Fisher Scientific，目录号：78439）
6. 容器中的液体 N 2
7. Nonidet P-40（NP40）（ Thermo Fisher Scientific，目录号：11596671）
8. Milli-Q 水
9. 细胞裂解缓冲液（参见配方）
10. 20% NP40（见食谱）

可溶性蛋白质级分处理
1. Micro -BCA 测定试剂盒（ Thermo Fisher Scientific，目录号： 23235 ）
2. 二硫苏糖醇（DTT，Merck，目录号：D0632）
3. 碘乙酰胺（IAA，Merck，目录号：I6125）
4. 丙酮（ Thermo Fisher Scientific，目录号：10417440）
5. 4-（2-羟乙基）-1-哌嗪丙磺酸（EPPS，Merck，目录号： E9502 ）
6. 尿素（Merck，目录号：U5378）
7. 冻干的LysC酶（FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation，目录号：125-05061）
8. 冻干测序级修饰胰蛋白酶（Promega，目录号：V5111）
9. 胰蛋白酶重悬缓冲液（Promega，目录号：V5111）
10. Tandem Mass Tag (TMT) 10-plex、 TMTpro TM 16-plex 或TMTpro TM 18-plex等压标记试剂组（ Thermo Fisher Scientific，目录号：90110、A44520 或 A52045）
11. 无水乙腈（ Thermo Fisher Scientific，目录号： 10222052 ）
12. 50％羟胺溶液（ Thermo Fisher Scientific，目录号： 90115 ）
13. 三氟乙酸（TFA，Merck，目录号： 302031 ）
14. 甲醇（ Skandinaviska Genetec，目录号： RH1019/2.5 ）
15. 乙腈（ACN， Thermo Fisher Scientific，目录号：A955-212）
16. 甲酸（FA，Merck，目录号：1002641000）
17. pH试纸（ VWR，目录号： 85403.600 ）
18. C18脱盐柱（ Waters，目录号： WAT054960 ）
19. 0.5 M DTT 溶液（见配方）
20. 0.5 M IAA 溶液（见配方）
21. 20 mM EPPS 缓冲液（pH = 8.2）（见配方）
22. 20 mM EPPS 缓冲液（pH = 8.2），包括 8M 尿素（见配方）
23. 50% ACN 溶液（见配方）
24. 0.1% TFA (v/v) 溶液（见配方）
25. 2% ACN (v/v) 溶液，包括 0.1% TFA（见配方）
26. 2% ACN (v/v) 溶液，包括 0.1% FA（LC-MS 缓冲液 A）（参见配方）
27. 50% ACN (v/v) 溶液，包括 0.1% FA （见配方）
28. 80% ACN (v/v) 溶液，包括 0.1% FA （见配方）

肽分离、质谱和蛋白质组学数据分析
1. 28% – 30% NH 4 OH 水溶液（ Thermo Fisher Scientific，目录号： 221228-1L-A ）
2. Milli-Q 水
3. 乙腈（ Thermo Fisher Scientific，目录号：A955-212）
4. 反相 C18 保护柱（Waters，目录号：186007769）
5. 高 pH 反相 C18 柱（Waters，目录号：186003621）
6. 水中的 0.1% FA（ Thermo Fisher Scientific，目录号： 10188164 ）
7. ACN中的 0.1% FA （ Thermo Fisher Scientific，目录号： 10118464 ）
8. 纳米捕集柱（ Thermo Fisher Scientific，目录号： 164535 ）
9. C18易喷 nLC肽分离柱（ Thermo Fisher Scientific，目录号： ES803A ）
10. 20 mM NH 4 OH 的 H 2 O（高 pH 缓冲液 A）（参见配方）
11. 20 mM NH 4 OH（高 pH 缓冲液 B）（参见配方）
12. 含 0.1% FA（LC-MS 缓冲液 B）的 H 2 O中的 98% ACN （参见配方）

设备

细胞培养
1. 37 °C 5% CO 2培养箱（ Thermo Fisher Scientific ，Forma Steri -cycle i160 ）
2. 层流柜（ ninoSAFE ，II 类）
3. 光学显微镜（蔡司，Primo Vert）
4. 细胞计数器（Bio-Rad，型号：TC10）
5. 用于 15 mL 试管的带摆桶转子的台式离心机（Eppendorf，型号：Centrifuge 5804R）

PISA 处理
1. 热循环仪（Applied Biosystems， SimpliAmp ）
2. 超速离心机（Beckman Coulter，型号：Optima XPN-80）
3. 用于离心的固定角钛转子（Beckman Coulter，型号：45 Ti型）
4. Thermomixer（Eppendorf，型号： ThermoMixer C）
5. Vortex（科学工业，型号：Vortex-Genie 2）
6. Milli-Q 净水系统（Millipore，型号：IQ 7000）

可溶性蛋白质级分处理
1. 吸光度酶标仪（ BioTek ，Epoch）
2. 用于 1.5 mL 管的台式离心机（Eppendorf，型号：Centrifuge 5430R）
3. 用于小型色谱柱的真空萃取歧管（Waters，Extraction Manifold）
4. 速度真空浓缩器（Eppendorf，浓缩器加）

肽分离、质谱和蛋白质组学数据分析
1. 质谱仪配备 EASY ElectroSpray源（ Thermo Fisher Scientific、Orbitrap Q Exactive HF 或更高版本）
注意：此协议是指 Orbitrap Q Exactive HF。但是，也可以使用 Orbitrap Fusion、Orbitrap Fusion Lumos、Orbitrap Exploris 480 和 Orbitrap Eclipse。
2. 带有馏分收集器和紫外检测器的纳流 UPLC 系统（ Thermo Fisher Scientific，Ultimate 3000）
3. 用于肽高 pH C-18 分级分离的毛细管 HPLC 系统，带有馏分收集器和 UV 检测器（ Thermo Fisher Scientific， Dionex Ultimate 3000）

软件

1. 吸光度酶标仪软件（ BioTek ，Gen5 2.09）
2. Q Exactive HF-Orbitrap MS 2.9 build 2926（赛默飞世尔科技）
3. Xcalibur的Thermo Scientific SII ( Thermo Fisher Scientific )
4. MaxQuant软件（马克斯普朗克生物化学研究所）
5. 蛋白质组发现者 2.5（赛默飞世尔科技）
6. 微软办公软件（微软）
7. 棱镜（GraphPad）

程序

A. 细胞培养和配体处理
1. 2储备瓶中解冻待研究的细胞，并在 10 – 15 mL 的常规细胞培养基中洗涤它们（例如，添加 10% 热灭活 FBS、1% 青霉素/链霉素和 2 mM L 的 DMEM -谷氨酰胺），并根据细胞类型特定的建议（250 × g 5 分钟）通过离心沉淀细胞。丢弃上清液并将细胞重新悬浮在完全生长培养基中。
2. PISA实验前一天，按实验设计的样品数量分细胞，最多18 - 25-cm 2细胞培养瓶，每个瓶中装有5 mL完全细胞生长培养基，让细胞贴壁过夜。
3. 使用具有 1,000 – 2,000×的储备液以先前测试过的生物活性浓度（例如 IC 50或类似浓度）孵育每个生物复制品与待研究的活性配体（例如药物、感兴趣的活性分子）（此处称为“D” ）浓度，每个 D 配体至少具有三个生物学重复。对照复制品用一定体积的载体溶液（例如，DMSO）处理。在所选的 PISA 多路复用方案示例中，使用了 5 个 D 配体 (D1 – D5)，每个配体具有 3 个生物复制品和载体处理对照的 3 个复制品，总共 18 个生物样品。
注意：根据要测试的分子数量或条件，生物复制的数量可以更高，如建议用于测试的 D 配体数量更少，使用TMTpro TM 18-plex 标签试剂最多可达 18 个集，最多可容纳五个配体处理或载体处理的样品，一式三份。
4. °C的 5% CO 2细胞培养箱中孵育处理过的细胞 30 – 90 分钟。
5. 在每个 D 或车辆处理结束时，使用TrypLE从每个烧瓶中收集细胞，并用 10 mL PBS 洗涤细胞沉淀两次，然后离心（250 x g 5 分钟）。

B. PISA 检测样品的蛋白质提取
1. 将细胞颗粒重新悬浮在 750 μ L的 PBS 缓冲液中，包括蛋白酶抑制剂。
2. 轻轻混合，均匀重悬细胞，并在每个 0.2 mL 管中分配 45 μL ，每个样品总共使用 16 个温度点。
3. 对每个样本执行步骤 B2。
4. 在 44 至 59°C 的范围内加热每个样品，间隔 1°C，并在每个温度下进行 3 分钟的温度处理。
笔记：
a. 通过使用梯度热循环仪，可以同时在不同温度下处理样品。
b. 温度范围可以根据特定的期望或需求进行变化和调整，温度点的数量几乎不受限制。
5. 将样品在 23°C 下放置 6 分钟。
6. 在 23°C 孵育结束时，将样品快速冷冻在液 N 2中。
7. 在 37°C 下解冻所有样品，涡旋 10 秒，然后在液体 N 2中快速冷冻。
8. 重复步骤 B7 四次，共进行五个冻融循环。
9. 对于每个样品和重复，将对应于该重复的所有温度的 16 管的内容物合并到一个蛋白质低结合管中，并添加 20% NP40 溶液，最终浓度为 0.4%，此时不应再溶解不溶性蛋白质。
10. 将所有样品在 4°C 下以 350 rpm/min 的速度在恒温混合器或冷藏室中孵育 30 分钟。
11. 在 4 °C 下以 150,000 × g进行超速离心 30分钟，并在不破坏颗粒的情况下回收每个复制的上清液。

C. 可溶性蛋白质级分处理

第一天
1. 使用微型 BCA 试剂盒和吸光度板阅读器测量所有样品的总蛋白质浓度。
2. 每个样品取50 μg对应的体积。要均衡体积，请使用 PBS 将所有样品稀释至浓度最低的样品体积。通过将 0.5 M DTT 溶液添加到 8 mM 的最终浓度来进行还原，并在 55°C 下孵育样品 45 分钟。
3. 将 0.5 M IAA 溶液添加到 25 mM 的最终浓度，并在 25°C 的黑暗中孵育样品 30 分钟。
4. 沉淀蛋白质使用冷丙酮在 -20 °C 下过夜，样品：丙酮比为 1:6 (v/v)。

第 2 天
5. 通过离心收集沉淀的蛋白质 (10,000 × g , 10 分钟），去除上清液，将沉淀风干 5 分钟。
6. 每个颗粒溶解在 15 μL的 EPPS 缓冲液中，pH 为 8.2，包括 8 M尿素 10 分钟。
7. 在每个样品中加入 14 μL的EPPS缓冲液。溶解 20 μ g LysC粉末使用 30 μL EPPS 缓冲液，然后在每个样品中加入 1 μL这种 LysC 酶溶液（相当于 0.67 μg LysC ），并在30 ° C下以350 rpm /min 的速度轻轻混合进行消化6 小时。
8. 在每个样品中加入 90 μL的EPPS缓冲液。使用 20 μ L胰蛋白酶重悬缓冲液溶解 20 μ g冻干测序级修饰胰蛋白酶，然后向每个样品中加入 1 μ L该胰蛋白酶溶液（相当于 1 μ g胰蛋白酶），并以 350 rpm 轻轻搅拌使消化发生/min 在 37 °C 过夜。
9. 第二天通过将样品放在冰上停止反应。
10. 从每个消化的蛋白质样品中取出60 μL的体积，相当于 25 μg的体积。溶解 800 μ g TMTpro 18-plex 试剂使用 150 μL无水乙腈，并用 25 μL不同的TMTpro 18 - plex 标记试剂溶液标记每个样品。让标记反应在室温下发生 2 小时。将每个样品的剩余 25 μg保持在 -80 °C 作为备份。剩余的TMTpro 18-plex 试剂溶液可在快速真空干燥后储存在-80°C。
11. 通过添加 50% 羟胺溶液来终止反应以终止标记，最终浓度为 0.5% 羟胺。
12. 将标记的样品汇集在 2 mL 管中，并将获得的多路复用样品在速度真空浓缩器中至少浓缩两倍。
13. 使用酸化溶液酸化样品，最终浓度为 ±1% TFA，以达到最终 pH < 3。
14. 使用 C-18 脱盐柱和真空歧管对多路复用样品进行脱盐。样品脱盐步骤依次如下：
a. 用 0.45 mL 的 100% 甲醇清洗色谱柱。
b. 用 0.45 mL 的 50% ACN (v/v) 溶液清洗，包括 0.1% TFA (v/v)。
c. 用 0.9 mL 的 0.1% TFA (v/v) 进行平衡；加载样品。
d. 用 0.45 mL 的 2% ACN (v/v) 溶液清洗，包括 0.1% TFA (v/v)。
e. 用 0.15 mL 2% ACN (v/v) 溶液清洗，包括 0.1% FA (v/v)。
f. 用 0.45 mL 的 50% ACN (v/v) 溶液洗脱，包括 0.1% FA (v/v)。将洗脱液收集到 2 mL 蛋白低结合管中。
g. 用 0.3 mL 的 80% ACN (v/v) 溶液洗脱，包括 0.1% FA (v/v)。将洗脱液收集在与上一步相同的 2 mL 蛋白低结合管中。
15. 使用高速真空浓缩器将脱盐和清洁的样品浓缩至干燥（可以过夜浓缩）。

D. 肽分离、质谱和蛋白质组学数据分析
1. A中重新悬浮最终的多路复用样品，并在接下来的步骤中使用 50 μ L （相当于 225 μ g的原始起始蛋白量）。将剩余的保持在 80 °C 备用（也可以在储存前在快速真空浓缩器中再次干燥，建议长期储存）。
2. 将用于离线、高 pH 反相分离和分馏的重悬样品以200 μ L /分钟。
3. 使用由高 pH 缓冲液 A 和高 pH 缓冲液 B 组成的二元溶剂系统进行肽分离，使用从 1% 到 6% B 的梯度从 2 分钟到 6 分钟，到 26% B 在 36 分钟内，到 53% B 在4 分钟，在 3 分钟内达到 63% B，然后在 63% B 保持 5 分钟。通过 214 nm 的紫外线监测洗脱（图 1）。

图1。色谱图示例显示在高 pH 反相 HPLC 期间分离 TMT 标记的肽，通过 214 nm（蓝色）的吸光度及其梯度（黑色和虚线）监测。
浅蓝色区域描述了以分数形式收集的样本，而分数由浅蓝色和虚线分隔。

4. 在九十六孔板中收集 96 个 100 μ L的分数，从注射后 2.5 分钟开始。
5. 通过将每个分数“n”与“n+48”合并（例如，1 与 49、2 与 50……以及 48 与 96），将 96 个 100-μL 级分连接成 48 个级联分数。
6. 使用速度真空浓缩器干燥最终馏分。
7. 的反相 C18 nano-LC ( nLC ) 柱上注入每个馏分的 1 μ g肽的当量，带有 C18 nano-trap 柱和用于nLC分离的柱在肽分析过程中，温度为 55 °C。
8. 使用由 LC-MS 缓冲液 A 和 LC-MS 缓冲液 B 组成的二元溶剂系统进行nLC分离，梯度从 4% 到 26% B 从 5 分钟到 91 分钟，从 26% 到 95% B 在 9 分钟内，在 95% B 中 5 分钟，然后在 4% A 中平衡（图 2）。

图 2。用于在 MS/MS 分析之前对 TMT 标记的肽进行纳米 LC 分离的梯度

9. TMTpro的 MS/MS 采集执行定量自下而上蛋白质组学分析。在 375–1,500 的质荷比 (m/z) 范围内获取质谱，MS1 在 m/z 200 处的分辨率为 120 000。将 AGC 目标设置为 3 × 10 6 ，最大注入时间为 100 ms。通过 HCD 选择 17 个最强烈的肽峰进行肽片段化，NCE 值设置为 33。离子选择丰度阈值设置为 0.1%，电荷排除 z = 1 个离子。 MS/MS 谱图的分辨率为 45 000，AGC 目标值为 2 × 10 5 个离子，或最大进样时间为 120 ms。固定的第一个 m/z 为 110，隔离窗口为 1.6 m/z。该仪器在正离子模式下运行，用于数据相关的 MS/MS 光谱采集，先前选择的前体离子的动态排除时间为 45 秒。

数据分析

1. MaxQuant或 Proteome Discoverer（最好使用这些软件的最新版本）作为蛋白质组数据库搜索引擎软件对肽和蛋白质进行鉴定和定量。根据所用细胞培养物的来源物种搜索UniProt完整蛋白质组数据库（例如，人类样本的 UP000005640）。在进行肽和蛋白质鉴定的数据库搜索时，使用：半胱氨酸氨基甲酰甲基化作为固定修饰； TMT相关的修改；蛋氨酸氧化、精氨酸和天冬酰胺作为可变修饰的脱氨基作用；胰蛋白酶特异性，最多有两个缺失的切割。使用 1% 的错误发现率作为蛋白质和肽水平的过滤器。
2. 去除所有潜在的污染物和反向命中肽，并在定量分析中仅包括具有至少两个独特肽的蛋白质。
3. 为了分析获得的蛋白质数据，在任何处理中消除所有复制中所有缺失值的蛋白质，并标准化每个样品中每种蛋白质的量化丰度（标有不同的 TMT）超过该样品所有蛋白质的总强度。
4. 对于 D1–D5 配体的每个复制中的每个蛋白质，将标准化蛋白质丰度除以车辆处理复制中该蛋白质的平均丰度。测量每个 D 配体/车辆控制的重复的平均比率，并计算所获得比率的 Log 2值。
5. 计算上述比率为非零的假设的p值。
6. 2作为 x 轴和相应p值的 -Log 10作为 y 轴的火山图来可视化结果。
7. 对于每个 D 配体，在具有大的绝对 Log 2比率和同时大的 -Log 10 p值的蛋白质中发现目标候选者，也与其他 D 配体获得的相比，具有潜在相似或不同的活动、诱导的表型或机制。

食谱

1. 细胞裂解缓冲液
试剂终浓度数量
蛋白酶抑制剂 (100 × ) 1 × 150微升_
PBS 不适用 1,350 毫升
全部的不适用 15 毫升

2. 20% NP40
试剂终浓度数量
NP40（绝对值） 20% 3毫升
Milli-Q水不适用 12毫升
全部的不适用 15 毫升

3. 0.5M 地面地面电视解决方案
试剂终浓度数量
地面地面电视（绝对） 0.5 万 77 毫克
Milli-Q水不适用加入 Milli-Q 水溶解 DTT 至体积为 1 mL
全部的不适用 1毫升

4. 0.5 M IAA 溶液
试剂终浓度数量
IAA（绝对） 0.5 万 93 毫克
Milli-Q水不适用加入 Milli-Q 水溶解 IAA 至体积为 1 mL
全部的不适用 1毫升

5. 20 mM EPPS 缓冲液（pH=8.2）
试剂终浓度数量
EPPS（绝对） 20毫米 250 毫克
Milli-Q 水不适用加入 40 mL Milli-Q 水溶解 EPPS
10 M NaOH 溶液不适用调节 pH 值直至最终 pH 值为 8.2
Milli-Q 水不适用加入 Milli-Q 水直至体积为 50 mL
全部的不适用 50 毫升

6. 20 mM EPPS 缓冲液 (pH=8.2)，包括 8 M 尿素
试剂终浓度数量
尿素（绝对） 8M 480 毫克
20 mM EPPS 缓冲液（pH=8.2） 20毫米加入 Milli-Q 水溶解尿素，直到体积为 1 mL
全部的不适用 1毫升

7. 50% 乙腈溶液
试剂终浓度数量
乙腈（绝对） 50% (v/v) 25 毫升
Milli-Q 水不适用 25 毫升
全部的不适用 50 毫升

8. 0.1% TFA (v/v) 溶液
试剂终浓度数量
TFA（绝对值） 0.1%（体积/体积） 50微升_
Milli-Q水不适用添加 Milli-Q 水直至体积为 50 mL
全部的不适用 50 毫升

9. 包含 0.1% TFA 的 2% ACN (v/v) 溶液
试剂终浓度数量
TFA （绝对） 0.1%（体积比） 50微升_
乙腈 2%（体积/体积） 1毫升
Milli-Q水不适用添加 Milli-Q 水直至体积为 50 mL
全部的不适用 50 毫升

10. 2% ACN (v/v) 溶液，包括 0.1% FA（LC-MS 缓冲液 A）
试剂终浓度数量
含 0.1% FA 的乙腈 2% 1毫升
H 2 O 包括 0.1% FA 不适用 49 毫升
全部的不适用 50 毫升

11. 50% 乙腈 (v/v) 溶液，包括 0.1% FA
试剂终浓度数量
含 0.1% FA 的乙腈 50% 25 毫升
H 2 O 包括 0.1% FA 不适用 25 毫升
全部的不适用 50 毫升

12. 80% 乙腈 (v/v) 溶液，包括 0.1% FA
试剂终浓度数量
含 0.1% FA 的乙腈 0.5M 40 毫升
H 2 O 包括 0.1% FA 不适用 10毫升
全部的不适用 50 毫升

13. 2 O 中的20 mM NH 4 OH （高 pH 缓冲液 A）
试剂终浓度数量
28% – 30% NH 4 OH 水溶液 20毫米 676微升_
Milli-Q 水不适用加入 Milli-Q 水直至体积为 500 mL
全部的不适用 500 毫升

14. 20 mM NH 4 OH 乙腈溶液（高 pH 缓冲液 B）
试剂终浓度数量
28% – 30% NH 4 OH 水溶液 20毫米 676微升_
乙腈不适用加入 ACN 将 DTT 溶解至 500 mL
全部的不适用 500 毫升

15. 2 O中的 98% ACN，包括 0.1% FA（LC-MS 缓冲液 B）
试剂终浓度数量
含 0.1% FA 的乙腈 98% 490 毫升
H 2 O 包括 0.1% FA 不适用 10毫升
全部的不适用 500 毫升

致谢

斯德哥尔摩卡罗林斯卡学院化学蛋白质组学核心设施 ( https://ki.se/en/mbb/chemical-proteomics-core-facility )的方法开发而被发明、开发和进一步优化的，这是唯一的国家单位瑞典基础设施 SciLifeLab（生命科学实验室， https: //www.scilifelab.se/units/chemical-proteomics/ ）和BioMS （瑞典国家生物质谱基础设施， https : //bioms.se ）的化学蛋白质组学/技术/化学蛋白质组学/ ）。化学蛋白质组学部门为研究项目提供化学蛋白质组学支持。 SciLifeLab 、 BioMS和卡罗林斯卡学院支持这项工作。
该协议改编自 PISA 方法的原始原理证明文章，题为“蛋白质组积分溶解度改变：用于目标反卷积的高通量蛋白质组学分析” （Gaetani等人，2019 年）。

利益争夺

作者声明没有竞争利益。

伦理

此处描述的协议通常适用于任何细胞培养，通常适用于商业细胞系，并且本身没有任何道德要求。需要注意的是，该方案也适用于从人体和/或动物组织中提取的原代细胞的研究，在这种情况下，使用人体或动物来源的细胞需要得到伦理委员会的批准。

参考

1. Beusch, CM, Sabatier, P. 和 Zubarev, RA (2022)。基于离子的蛋白质组综合溶解度改变测定，用于蛋白质-分子相互作用的全系统分析。肛门化学94（19）：7066-7074。
2. Brenes, A.、Hukelmann, J.、Bensaddek, D. 和 Lamond, AI (2019)。多批次 TMT 揭示误报、批次效应和缺失值*。摩尔细胞蛋白质组学18（10）：1967-1980。
3. Chernobrovkin, A.、Marin-Vicente, C.、Visa, N. 和 Zubarev, RA (2015)。通过表达蛋白质组学 (FITExP) 对靶标进行功能鉴定揭示了蛋白质靶标并突出了小分子药物的作用机制。科学代表5（1）：11176。
4. Franken, H.、Mathieson, T.、Childs, D.、Sweetman, GMA、Werner, T.、Tögel, I.、Doce, C.、Gade, S.、Bantscheff, M.、Drewes, G. 等人。 (2015)。使用多路复用定量质谱法对直接和间接药物靶标进行无偏识别的热蛋白质组分析。国家协议10（10）：1567-1593 。
5. Gaetani, M., Sabatier, P., Saei, AA, Beusch, CM, Yang, Z., Lundström, SL 和 Zubarev, RA (2019)。蛋白质组整体溶解度改变：目标解卷积的高通量蛋白质组学分析。 J 蛋白质组研究18（11）：4027-4037。
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