材料和试剂

1. 0.2 ml PCR管（例如，BioExpress、GeneMate、目录号：T-3225-1）
2. 1.7 ml塑料无菌无核糖核酸酶微型离心管（例如，BioExpress，GeneMate，目录号：C-3262-1）
3. 10 cm或15 cm培养皿（例如，碱科学，目录号：TD0100、TD0150）
4. 无菌丁腈手套
5. 18g针
6. BioXpress T.43号产品目录
7. 用于P10、P20、P100和P1000移液管的无菌无核糖核酸酶尖端
8. CleanCap®mCherry mRNA（Trilink，目录号：L-7203）
9. mCherry前进底漆：ATGGTGAGCAAGGGGAG
10. mCherry反向引物：gccacccttggtcattcagc
11. 基因特异引物
12. U2OS电池（ATCC，目录号：HTB-96）或HEK293电池（ATCC，目录号：CRL-1573）
13. 无核糖核酸酶水（例如，来自Millipore Synergy净水系统，18.2 MΩcm）
14. TeloPrime全长cDNA扩增试剂盒V2（Lexogen，目录号：013.24）
15. RNA缓冲液（部分）
16. DNA缓冲液（部分）
17. 反转录混合物（RT）（TeloPrime试剂盒的一部分）
18. 逆转录引物（RTP）（TeloPrime试剂盒的一部分）
19. 酶混合物1（E1）（TeloPrime试剂盒的一部分）
20. 结扎混合液（LM）（TeloPrime药盒的一部分）
21. 酶混合物2（E2）（TeloPrime试剂盒的一部分）
22. 第二链合成混合物（SS）（TeloPrime试剂盒的一部分）
23. 酶混合物3（E3）（TeloPrime试剂盒的一部分）
24. PCR正向引物（FP）（TeloPrime试剂盒的一部分，5'-tggattgatagtaatacGactCaStatag）
25. PCR反向引物（RP）（TeloPrime试剂盒的一部分）
26. TeloPrime PCR混合物（Telo-PCR）（TeloPrime试剂盒的一部分）
27. （CB1列绑定套件）（第1部分）
28. 列绑定缓冲区2（CB2）（TeloTime套件的一部分）
29. 色谱柱冲洗缓冲液（CW）（TeloPrime试剂盒的一部分）
30. 纯化柱（TeloPrime工具包的一部分）
31. 收集管（TeloPrime套件的一部分）
32. SensiFASTTM SYBR®No ROX（生物线，目录号：BIO-98050）
33. SYBR金核酸凝胶染色（Thermo Fisher Scientific，InvitrogenTM，目录号：S11494）
34. DNA大小标记（如Thermo Fisher Scientific，InvitrogenTM，目录号：AM7778）
35. 2x DNA负载染料（例如，Thermo Fisher Scientific，Thermo ScientificTM，目录号：R0641）
36. 40 U/μl RNaseOUT重组核糖核酸酶抑制剂（Thermo Fisher Scientific，InvitrogenTM，目录号：10777019）
37. RNA清洁和浓缩器-25（Zymo Research，目录号：R1017）
38. DNA清洁和浓缩器-5（Zymo Research，目录号：D4013）
39. pGEM®-T Easy Vector Systems（Promega，目录号：A1360）
40. pGEM®-T Easy Vector（pGEM®-T Easy Vector系统套件的一部分）
41. T4 DNA连接酶（pGEM®-T Easy Vector Systems套件的一部分）
42. 2X快速结扎缓冲液（pGEM®-T Easy Vector Systems套件的一部分）
43. StellarTM胜任细胞（Clontech，目录号：636766）
44. 细菌培养管（例如，VWR，目录号：20170-579）
45. LB琼脂氨苄西林-100（西格玛-奥尔德里奇，目录号：L5667）
46. NuclearSpin®质粒DNA纯化试剂盒（Clontech，目录号：740588.50）
47. McCoy的5A介质（用于U2OS电池；Thermo Fisher Scientific，GibcoTM，目录号：16600082）
48. Dulbecco改良的Eagle培养基（DMEM；用于HEK293电池；Thermo Fisher Scientific，GibcoTM，目录号：21013024）
49. 胎牛血清（FBS；亚特兰大生物制品，目录号：S10350）
50. 磷酸盐缓冲盐水（PBS；如Thermo Fisher Scientific，GibcoTM，目录号：10010049）
51. 无核糖核酸酶10x Tris/borate/EDTA（TBE）缓冲液（如Thermo Fisher Scientific，InvitrogenTM，目录号：15581）
52. 乙醇
53. 异丙醇
54. 氯化钠（NaCl；例如，Fisher Scientific，目录号：BP358）
55. 5 M NaCl（例如，Thermo Fisher Scientific，目录号：AM9759）
56. 3 M乙酸钠，pH值5.2（例如，Thermo Fisher Scientific，Thermo ScientificTM，目录号：R1181）
57. 过硫酸铵（如Sigma-Aldrich，目录号：A3678）
58. 1 M Tris HCl，pH值7.5（例如，AMRESCO，目录号：E691）
59. 1 M氯化镁（MgCl2，例如，Thermo Fisher Scientific，InvitrogenTM，目录号：AM9530G）
60. 2 M氯化钾（KCl；例如，Alfa Aesar，目录号：J75896）
61. 0.1米DTT（赛默飞世尔科技公司，目录号：707265ML）
62. MyTaq Mix（Bioline目录号：BIO-25041）TM公司
63. 四甲基乙二胺（TEMED）（赛默飞世尔科技公司，目录号：17919）
64. 40%丙烯酰胺/Bis溶液（Bio-Rad，目录号：1610144）
65. GlycoBlueTM共沉淀剂（赛默飞世尔科技公司，目录号：AM9515）
66. 1x TBE（尿素页面的运行缓冲器）（见配方）
67. 10%（w/v）过硫酸铵（见配方）
68. 细胞质溶解缓冲液（见配方）
69. 8%天然凝胶（见配方）

设备

1眼睛保护
2NanoDrop分光光度计（Thermo Fisher Scientific，型号：NanoDropTM 1000，目录号：ND-1000）或其他适合于定量核酸的仪器。
三。P10、P20、P100和P1000吸管
4热循环器（例如，MJ Research，型号：PTC-200）
5定量PCR仪器（如Bio-Rad-CFX-Connect实时系统）
6加热块（例如，BEOER，型号：MB 101）
7-80°C冷冻机
837%Thermo-Scientific®恒温箱（37°C），带加湿装置的Tm-Scientific®恒温箱
9冷冻离心机（EP54R型：Pendorf）
10可编程旋转混合器（Grant Instruments，型号：PTR-30），温度为4°C，轨道旋转速度设置为10 rpm
11页面电泳系统（例如，Bio-Rad实验室，目录号：1660828EDU）
12蓝宝石生物分子成像仪（或类似成像系统）
13紫外线透照器（BT Lab Systems，型号：BT503）

软件

1. Microsoft Excel软件
2. ImageJ软件
3. Bio-Rad CFX Maestro软件
4. Adobe Photoshop软件
5. Azure蓝宝石捕获软件

程序

图1显示了端盖telopime映射的示意图。

图1.cap甲基转移酶活性测定的atic概述。用telopime试剂盒中的引物（小灰箭头）和逆转录酶（大的灰色箭头）对细胞质RNA（大的黑色箭头）进行反向转录。结果mRNA:cDNA杂交连接到一个双链DNA适配器上，该适配器在反义链（红色箭头）上有一个5′悬垂的C残基，与帽的m7G弱碱基配对。注意cap的G不是反向转录的。使用双链结扎试剂盒中的专有DNA链进行连接。然后通过第二链合成（蓝色大箭头）去除RNA，并用PCR扩增特定的转录物，用引物对感兴趣的基因（紫色小箭头）和连接的适配器（黑色小箭头）进行引物扩增。产品在非变性凝胶上分离，随后用SYBR金染色。从单个条带中提取的DNA可以直接测序、克隆和测序，或者通过二次加工添加Illumina测序适配器。

A、细胞质RNA的分离
1. 必须去除细胞核的RNA来测定细胞质重拾。以下步骤用于分离细胞质RNA。
2. 提前两到三天，用U2OS、HEK293或其他附着的哺乳动物细胞在10厘米或15厘米培养皿中播种，其密度将在收获时达到约80-90%的汇合。U2OS细胞应在含有10%（v/v）FBS的McCoy's 5A培养基中生长；HEK293细胞应在含有10%（v/v）FBS的DMEM中生长。细胞应在37°C、5%CO2的加湿培养箱中生长。
3. 在收获细胞的那天，将细胞质溶解缓冲液（见配方）放在冰上冷却。将二硫苏糖醇（DTT）和RNAseOUT保留到使用前。
4. 从贴壁细胞中取出培养基，用磷酸盐缓冲液（PBS）冲洗。用细胞提升器将细胞刮入1毫升PBS中，然后转移到1.7毫升离心管中。轻轻地将细胞颗粒化（4°C下70 x g，10分钟），然后小心地去除上清液。记下细胞颗粒的大致体积，并将试管放在冰上。
5. 加入相当于每个细胞颗粒体积4-5倍的细胞质溶解缓冲液。用P1000移液管上下摆动10下，轻轻地使细胞重新悬浮。在冰上孵育细胞10分钟，然后与P1000移液管上下移动5次混合。
6. 通过在16100 x g下在4°C下离心10分钟去除细胞核，然后将上清液转移到新的、预冷的1.7 ml试管中。
7. 根据制造商的说明，使用Zymo RNA Clean and Concentrator-25从上清液中回收细胞质RNA。用纳米滴分光光度计测定RNA浓度。

B、 TeloPrime协议
1. TeloPrime是一种逆转录协议，它将特别丰富capped-mRNAs。这些步骤遵循telopime工具包中提供的协议。
2. 室温下解冻TeloPrime试剂盒中的逆转录混合物（RT）、逆转录引物（RTP）、连接混合物（LM）和RNA缓冲液。在冰上解冻酶混合物1和2（TeloPrime试剂盒中的E1和E2）、CleanCap®mCherry mRNA和RNA样本。
3. 在0.2 ml PCR管中制备12μl混合物，其中包含：1 ng CleanCap®mCherry mRNA，2μg RNA样品，并用RNA缓冲液填充剩余体积。把混合物保持在室温下。向混合物中添加2μl RTP。
4. 在70°C下使混合物变性30 s，然后在热循环器中冷却至37°C，并将其保持在37°C，同时制备4μl逆转录混合物（RT）和2μl酶混合物1（E1）的混合物。当样品管在热循环器中时，将其加入样品管中。用移液管缓慢混合反应，然后在37°C和46°C下培养反应50分钟。
5. 在室温下平衡柱结合缓冲液1（CB1）和柱清洗缓冲液（CW）。将净化柱放在收集管上。向CW瓶中添加20毫升100%乙醇。
6. 向反应中添加160μl CB1，并通过涡流充分混合。将反应转移到纯化柱中，并在室温下在12000 x g下离心1分钟。丢弃流程。向柱中添加200μl CW，并在室温下在12000 x g下离心1分钟。重复洗两次。
7. 丢弃流经的液体，并在室温下在12000 x g下离心2分钟，以除去多余的液体。将柱转移到新的1.5 ml试管中，并添加19μl RNA缓冲液。在室温下，在12000 x g下离心试管2分钟。
8. 将18μl洗脱液转移到新的0.2 ml PCR管中。制备含有20μl结扎混合物（LM）和2μl酶混合物2（E2）的混合物，用于双链适配器结扎。将其加入洗脱的cDNA中，并在25°C下培养过夜（见注1）。
9. 第二天向反应物中加入320μl的CB1，并通过涡流充分混合。将反应转移到新的纯化柱和收集管中，在室温下在12000 x g下离心1分钟。丢弃流程。向柱中添加400μl CW，并在室温下在12000 x g下离心1分钟。重复洗两次。
10. 丢弃流经的液体，并在室温下在12000 x g下离心2分钟。将柱转移到新的1.5 ml试管中，并添加12μl RNA缓冲液。在室温下，在12000 x g下离心试管2分钟。
11. 在室温下解冻第二链混合物（SS）、正向引物（FP）、反向引物（RP）、TeloPrime PCR混合物（Telo PCR）和DNA缓冲液。在冰上解冻酶混合物3（E3）。在室温下平衡柱结合缓冲液2（CB2）。
12. 将11μl洗脱的cDNA转移到新的0.2ml PCR管中。将8μl第二链混合物（SS）与1μl E3混合，加入洗脱的cDNA中，混匀。将管放入热循环器中，在95°C下处理90 s，在62°C下处理60 s，在72°C下处理5分钟。
13. 向反应中添加160μl CB2，并通过涡流充分混合。将反应转移到新的纯化柱和收集管中，在室温下在12000 x g下离心1分钟。丢弃流程。向柱中添加200μl CW，并在室温下在12000 x g下离心1分钟。重复洗涤两次
14. 丢弃流经的液体，并在室温下在12000 x g下离心2分钟，以除去多余的液体。将柱转移到新的1.5 ml试管中，并添加20μl DNA缓冲液。室温下在12000 x g下离心2分钟，以回收双链cDNA。

C、优化cDNA扩增
1. 用qPCR测定每个样品的理想扩增周期数。这也是一个质量控制步骤。
2. 5μcDNA（含5μCr）的反式引物（cDNA）的反式反应（5μcDNA）和1μBr的反式反应。在qPCR热循环机上执行以下40个循环程序：1个95°C循环30 s，50°C 45 s和72°C 5 min；39个95°C循环30 s，62°C循环30 s，72°C循环5分钟。
3. 确定荧光在qPCR放大曲线上达到平台的最大值。计算荧光在50%（y轴）的位置，并外推CT值（x轴）。示例见图2A。CT值是用于cDNA扩增的周期数（见注2）。

D、终点PCR扩增
1. 根据程序C中确定的周期进行PCR扩增，以产生足够的cDNA用于下游分析。
2. 在0.2 ml PCR管中制备PCR反应，所述PCR管包含：8μl TeloPrime PCR混合物、1μl反向引物（RP）、1μl正向引物（FP）、9μl cDNA和1μl E3。进行以下PCR反应：95°C 30 s，50°C 45 s，72°C 5 min；x步骤C2中确定的循环次数。
3. 向反应中添加160μl CB2，并通过涡流充分混合。将反应转移到纯化柱中，并在室温下在12000 x g下离心1分钟。丢弃流程。向柱中添加200μl CW，并在室温下在12000 x g下离心1分钟。重复洗两次。
4. 丢弃流经的液体，并在室温下在12000 x g下离心2分钟。将柱转移到新的1.5 ml试管中，并添加20μl DNA缓冲液。在室温下，在12000 x g下离心试管2分钟。

E、基因特异性PCR的mCherry标准化
1. 每个样本中都含有带帽的mCherry RNA作为标准化对照。在分析单个转录物之前，使用mCherry引物对回收的cDNA进行PCR。然后在基因特异性扩增之前调整cDNA制备。
2. 在0.2 ml PCR管中为每个含有以下物质的样品制备PCR反应：10μl myTAQ x2混合物、1μl 10μM mCherry正向引物、1μl 10μM mCherry反向引物、1μl cDNA样本和7μl RNase游离水。进行以下PCR反应：95°C 1 min，20个循环95°C 15 s，60°C 15 s，72°C 10 s。
3. 将PCR反应转移到1.5毫升的试管中。添加1μl GlycoBlueTM、2μl 3M乙酸钠（pH值5.2）和46μl冰镇100%乙醇。旋涡并在-80°C下放置30分钟。通过在12000 x g、4°C下离心15分钟来回收产品。小心地去除上清液，不要干扰颗粒。向小球中添加200μl冰镇70%乙醇，并在4°C、12000 x g下离心15分钟。小心地去除上清液，不要干扰颗粒。在室温下风干小球10-15分钟。用10μl无核糖核酸酶的水重新悬浮小球。
4. 加2×10μl的DNA负载反应。在第一个孔和每个样品上装载2μl DNA大小标记物到8%天然聚丙烯酰胺凝胶的剩余孔中。在120 V下在1x三硼酸EDTA（TBE）缓冲液中电泳30分钟。将凝胶置于略大于其自身大小的塑料容器中，用含有2μl SYBRTM金核酸凝胶染色剂的20 ml 1x TBE混合物染色。将凝胶在室温下孵育15分钟。在蓝色蓝宝石或其他合适的成像仪器上成像。使用ImageJ测定的mCherry带强度标准化样品。

F、基因特异性PCR
1. 对标准化样本进行基因特异性PCR，以确定感兴趣基因的5'帽位点。
2. 在1μM/ml的引物中进行1μM/ml的反向PCR，并在1μM/ml的引物中制备1μM/ml的特异性引物。进行以下PCR反应：95°C 1 min，20个循环95°C 15 s，50°C（见注释3）15 s，72°C 10 s。
3. 将PCR反应转移到1.5毫升的试管中。添加1μl GlycolBlueTM、2μl 3M乙酸钠（pH值5.2）和46μl冰冷100%乙醇，涡流并放置在-80°C下30分钟。通过在12000 x g下在4°C下离心15分钟来回收产品。小心地去除上清液，但不要干扰颗粒。向小球中添加200μl冰镇70%乙醇，并在4°C、12000 x g下离心15分钟。小心地去除上清液，不要干扰颗粒。在室温下风干小球10-15分钟。用10μl无核糖核酸酶的水重新悬浮小球。
4. 向反应中加入10μl 2x DNA负载染料。在前1个或2个孔中装载DNA大小标记，在下一个孔中装载mCherry，在剩余的孔中装载8%的天然聚丙烯酰胺凝胶。在120 V下在1x TBE中电泳30分钟，如步骤E4所示用SYBRTM金核酸凝胶染色剂染色，并在凝胶成像仪上进行可视化（见注释5）。图2显示了一个例子。这张图显示了mCherry对照组的结果，一个mRNA具有一个单端盖（RPS3）和两个具有多个封顶末端物种（EIF3K和EIF3D）的mRNA。实心点表示通过测序确定的典型REF序列帽位点。把凝胶保存起来，用于带状纯化。

图2。扩增产物的PCR扩增产物和扩增产物的扩增曲线。A、一个基因特异性扩增曲线的例子显示了该样本的平台、50%点和最佳周期数。B、所示为mCherry的帽端PCR产物凝胶，一个mRNA只有一个带帽物种（RPS3）和两个有帽端的mRNA都位于规范的RefSeq帽位（用黑点表示）和更下游。C、 EIF3D和EIF3K的PCR扩增产生密集的条带。在一个单独的凝胶块中切除并克隆，并对多个菌落进行测序，以确定端盖。EIF3K中24个菌落的序列显示在图下方，参考序列以粗体显示，特定序列的菌落数用括号表示（数据来自Del Valle Morales等人，2020年）。

G、凝胶带的纯化
1. 感兴趣的带被切除并从凝胶中纯化。纯化后的PCR产物可以直接测序，也可以在多条带的情况下克隆到质粒中进行测序。
2. 将凝胶置于设置为300 nm波长的紫外线透照器上。戴上手套、实验服和面罩时，用干净的剃须刀刀片将感兴趣的凝胶带切除（见注6）。
3. 将凝胶切片放入0.6毫升的微型胶管中，试管底部有一个18克的针头。请注意，如果有多个紧密间隔的（如图2中EIF3K和EIF3D所示），则应在单个凝胶切片中回收，并按照程序H中所述进行克隆处理。
4. 将带凝胶切片的穿刺微胶管放在1.5 ml的微凝胶管中，并在室温下在12000 x g下离心2分钟，以粉碎凝胶。加入5倍体积的无核糖核酸酶的水到切碎的凝胶切片中。在室温下旋转培养一夜。
5. 第二天，在室温下以12000 x g离心管2分钟，以收集管底部的凝胶块。使用200μl移液管尖端，小心地将上清液转移到1.5 ml的新试管中，不要干扰凝胶块。
6. 向回收的上清液中添加1μl的甘蓝TM、0.1体积的3 M乙酸钠（pH 5.2）和1体积的100%冰镇异丙醇。将其置于-80°C的冷冻室中30分钟，然后在4°C的12000 x g下离心15分钟。小心地去除上清液，不要干扰颗粒。向小球中添加200μl冰镇70%乙醇，并在4°C、12000 x g下离心15分钟。小心地去除上清液，不要干扰颗粒。在室温下风干小球10-15分钟。用10μl无核糖核酸酶的水重新悬浮小球。用Sanger测序法可直接对单个PCR带的回收产物进行测序。从多条带中回收的产物需要进行克隆和测序，如下所述。

H、从多个密集带克隆产品
1. 对于多条紧密分布的条带，用TA克隆法克隆回收的PCR产物。然后选择转化的菌落并测序以确定加盖位置（参见图2的图例）。
2. 在含有10μl回收PCR产物和10μl myTAQ x2混合物的0.2 ml PCR管中制备A-尾反应。在70°C的温度下，在热循环器中培养反应20分钟。根据制造商的说明，使用Zymo DNA清洁和浓缩器-5纯化反应。用分光光度计测定回收的cDNA浓度。
3. 使用pGEM®-T Easy Vector系统制备TA克隆连接。制备包含以下内容的连接反应：5μl 2x快速连接缓冲液、1μl T4 DNA连接酶、1:3的插入-载体（pGEM®-T Easy vector）比例，并用无RNAse的水填充至10μl。在室温下培养反应1h。
4. 按照制造商的说明，将3μl的连接载体转化为恒星细胞。将转化细胞置于LB/氨苄西林平板上，在37℃下培养过夜。第二天，用无菌10μl移液管从LB/氨苄青霉素平板上提取单个菌落，并将菌落转移到含有液体培养基（LB/氨苄青霉素）的5ml细菌培养管中。将细菌培养管在37°C的培养皿中孵育过夜。为控制无插入物的质粒回收，应至少对50个菌落进行测序。
5. 第二天，根据制造商的说明，使用核自旋质粒试剂盒从细菌培养管中纯化质粒DNA。纯化后的质粒可通过Sanger测序鉴定载体的插入物。

笔记

1. 这种双链结扎可以在热循环车上过夜。
2. cDNA扩增的理想CT值在10-25之间，并且会因感兴趣的mRNA及其在样本中的相对表达而有所不同。
3. 基因特异性PCR所用的周期数取决于感兴趣的基因。20个周期作为基线。
4. 确保基因特异性引物的温度在FP的5°C范围内。
5. 聚丙烯酰胺凝胶的浓度可以改变，以提高近距离带的分辨率。
6. 当从凝胶中取出带状物时，试着切下包含该条带的最小的凝胶块。过多的凝胶会影响带的恢复。
7. 该协议可以修改为与Illumina测序一起使用，以识别多个目标上的封盖端。这是通过使用融合到Illumina PE1适配器的基因特异性引物和融合到条形码Illumina PE2适配器上的Telopime前向引物（FP）对最终的cDNA产品进行PCR来完成的。

食谱

1. 1x TBE（尿素页面的运行缓冲器）
用无核糖核酸酶的水将100毫升不含核糖核酸酶的10x TBE移到1L
室温下储存
2. 10%（重量比）硫酸铵
将1g过硫酸铵溶于无核糖核酸酶的水中至10ml
储存于4°C
3. 细胞质溶解缓冲液
20毫米Tris HCl，pH值7.5
150毫米氯化钠
5毫米氯化镁
1毫米DTT*
0.2%NP-40
80 U/ml RNaseOUT*
*注意：在使用缓冲区之前立即添加。
4. 8%天然凝胶
2.4 ml 40%丙烯酰胺/Bis溶液
9.6毫升1x TBE
200μl 10%（w/v）过硫酸铵*
10μl淡黄色素*
*注：注入凝胶前立即加入。

致谢

这项工作得到了美国国立卫生研究院的R01赠款GM084177的支持。本文提出的方案用于Del Valle Morales等人的实验。（2020年）。

相互竞争的利益

作者声明没有利益冲突或利益冲突。

工具书类

1. 基斯（Aram.Do.Berger）和阿尔默•杜伯杰（Aram.Do.Berger，2019年）。在CAGE标签和选择的转录本上，以细胞质重排簇为靶点的mRNA 5'端交替剪接。FEBS Lett 593（7）：670-679。
2. 德尔瓦尔莫拉莱斯，D.，特罗特曼，J.B.，邦德舒，R.和勋伯格，D.R.（2020年）。细胞质cap甲基化的抑制将5′顶端的mRNAs识别为重捕获靶点，并揭示了5′端下游的重捕位点。核酸研究48（7）：3806-3815。
3. Djebali，S.，Davis，C.A.，Merkel，A.，Dobin，A.，Lassmann，T.，Mortazavi，A.，Tanzer，A.，Lagarde，J.Lin，W.和Schlesinger，F.等人。（2012年）。自然489（7414）：101-108。人类细胞转录的景观。
4. Grudzien Nogalska，E.和Kiledjian，M.（2017年）。去盖酶和选择性mRNA衰变的新见解。Wiley Interdiscip Rev RNA 8（1）：e1379。
5. Kiss，D.L.，阿曼，K.，Bundschuh，R.和勋伯格，D.R.（2015年）。以细胞质封盖为靶点的mRNAs的未封盖5'端映射到下游笼状标签附近。Febs Lett 589（3）：279-284。
6. Morioka，M.S.，Kawaji，H.，Nishiyori Sueki，H.，Murata，M.，Kojima Ishiyama，M.，Carnicni，P.和Itoh，M.（2020年）。基因表达的Cap分析（CAGE）：转录起始位点的定量和全基因组分析。方法：217-27301。
7. 大冢，Y.，Kedersha，N.L.和勋伯格，D.R.（2009）。在5'-单磷酸核糖核酸上加一个帽的细胞质复合体的鉴定。分子细胞。生物。29（8），2155-2167。
8. Trotman，J.和Schoenberg，D.R.（2019年）。RNA重述。Wiley Interdiscip Rev RNA 10（1）：e1504。