材料和试剂

ddPCR设置和液滴生成
PCR板热封，箔，可刺穿（Bio- R ad，目录号：1814040）
用于 QX200 TM /QX100 TM液滴发生器的DG8 TM墨盒（Bio- R ad，目录号：1864008）
液滴发生器 DG8 TM垫片（Bio- R ad，目录号：1863009）
ddPCR板，96 孔，半裙（Bio- R ad，目录号：12001925）
QubitTM的dsDNA HS测定试剂盒（赛默飞小号系统求解，目录号：Q32851）
限制性核酸内切酶在转基因内具有识别位点，但不在引物位点之间（详见程序）和兼容的消化缓冲液
QX200 TM ddPCR TM EvaGreen Supermix （Bio- R ad，目录号：1864033）
用于EvaGreen ® 的QX200 液滴生成油（Bio- R ad，目录号：1864005）

设备

ddPCR设置和液滴生成
Qubit TM 4荧光计（ThermoFisher Scientific，目录号：Q33238）
QX200 TM液滴发生器（Bio- R ad，目录号：1864002）
热循环仪（例如，Bio- R ad C1000 Touch 热循环仪，目录号：1851148）
多通道移液管小号（10-100微升）
热封机（例如，Eppendorf S100，目录号：5391000036）
DG8 筒架（Bio- R ad，目录号：1863051）
QX200 液滴阅读器（Bio- R ad，目录号：1864003）
液滴读取器板架（Bio-rad ，目录号：12006834）

软件

引物设计软件，例如引物 3 ( https://primer3.ut.ee/ )
序列分析软件例如，Benchling （https://benchling.com）
QuantaSoft软件（Bio- R ad，目录号：1863007）
能够读取逗号分隔值 (.csv) 文件的软件（例如Microsoft Excel）
Droplet Digital TM PCR 应用指南
http://www.bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr/literature/Bulletin_6407.pdf

程序

在此过程中，通过对每个样品进行两次 PCR 反应来确定转基因拷贝数。第一个扩增转基因区域（靶基因），第二个扩增已知拷贝数的内源基因（参考基因）区域。另一种方法是使用水解探针检测目标基因和参考基因的多重扩增；之前已经报道了几种植物参考基因的引物和探针（Collier等，2017）。

限制性内切酶的引物设计与选择
使用引物设计软件（例如，Primer 3）选择可扩增转基因目标基因和参考基因的 100-120 碱基对区域的引物。引物应最佳地已退火〜60的温度下℃下，类似的估计结合动力学，以及最小dimeri ž通货膨胀。
检查每个引物对是否在测试 PCR 反应中有效地扩增了所需的目标。包括与 ( i ) 来自野生型非转基因植物的基因组 DNA 和 (ii) 无 DNA 的对照反应。组装反应如表 1 所示。

表 1. 用于测试ddPCR引物对的PCR 反应

使用表 2 中提供的试剂制造商推荐的循环条件孵育 PCR 反应。

表 2. 用于测试ddPCR引物对的PCR 循环条件。对所有步骤使用2°C/s 的升温速率。

Visuali ž ËPCR产物通过琼脂糖凝胶电泳，从而确保这两组引物获得了预期大小的单条带清晰。
在扩增前消化基因组 DNA 将确保，即使有两个转基因副本串联插入，每个副本也将位于单独的 DNA 分子上，因此位于单独的液滴中。ANALY ž e是转基因序列为限制性内切酶（RE）使用识别序列的存在的序列分析软件例如，Benchling 。选择在转基因中至少有一个识别位点的n RE，但在目标或参考基因的引物之间没有位点。避免使用对甲基化敏感的限制性内切核酸酶。

ddPCR设置
ddPCR需要高质量的基因组 DNA 。甲十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）为基础的方法或市售的植物DNA提取试剂盒将提供足够纯的基因组DNA。每个ddPCR反应通常需要 5-50 ng 基因组 DNA。
注意小号：
为了准确孔定量泰特DNA浓度，我们建议使用一个量子位荧光计。
在每个反应中所用的基因组DNA的确切数量必须是优化解ž的生物体的基因组大小编辑。
使用选定的 RE 消化每个基因组 DNA 样本。一个例子限制性消化反应示于表3.不同量的酶和缓冲液将根据制造商和浓度需要的酶。目标是每 g 基因组 DNA包含 ~10-30 U 酶。
注意：EvaGree n ®产品说明表明，也可以通过向PCR 反应中加入 1 μl (2-5 U) 所需的限制性内切酶来消化基因组 DNA 。

表 3. 基因组 DNA 限制性内切酶消化的示例反应

通过加热灭活 RE。温育的精确温度和长度将取决于在特定的酶和制造商。灭活后，消化的基因组 DNA 可直接用于下一步，无需进一步清理。
按照表 4 中所示的顺序组装 PCR 反应。除了样品反应之外，还设置了与 ( i ) 来自野生型非转基因植物的基因组 DNA 和 (ii) 无 DNA 的对照反应。在进行液滴生成之前，组装好的ddPCR反应必须充分混合，因为每个液滴必须包含相同浓度的每种成分。

表 4. ddPCR反应示例

注意：如果多个样品正在ANALY Ž版，作为其他的PCR方法，建议向组装使主混合物和稀浓缩DNA之前ddPCR反应。

液滴生成
按下中间的闩锁，打开 DG8 TM墨盒固定器。
将 DG8 TM Cartridge 插入支架并通过将两半压在一起来关闭支架（图 1）。
图 1.液滴生成的工作流程。PCR 反应和油被添加到墨盒中，墨盒插入支架并由垫圈固定到位。液滴生成后，乳化反应被转移到微量滴定板进行热循环。

加载每个20 -在先前步骤中成DG8的单个样品池组装微升反应TM使用多道移液器墨盒。
将 70 μl QX200 用于EvaGreen ® 的液滴生成油加入油井中。
用 DG8 TM垫圈盖住滤芯。将垫圈的孔绕在墨盒支架上的四个挂钩上，以将垫圈固定到位。
打开 DG8 液滴发生器并插入墨盒支架。按下按钮关闭盖子。发电机将自动启动。
将整个体积的液滴乳液（通常为 40 μl ）转移到半裙边 96 孔ddPCR板的所需孔中（图 1）。盖上刺穿箔片热封的板和附连使用根据一个板密封器的制造商的说明。旋转板并重复此步骤以确保箔完全贴合。
注意：为避免破坏乳化液滴，请注意移液速度非常缓慢。可以使用大口径移液器吸头（或使用刀片去除末端的移液器吸头）。
密封板放置到热循环仪和我们Ë完全相同的循环条件为那些在测试PCR中使用（见表2）。在最初的热循环过程中，每个液滴周围的油都会热固。

液滴计数
PCR 循环完成后，打开 QX200 TM液滴阅读器并打开QuantaSoft TM软件。
在QuantaSoft TM软件中，开始一个新实验（模板 > 新建）。
选择要检测的孔并输入样品名称或记录每个样品的目标和参考基因的孔位置。
在井编辑器中选择关键参数如下：
实验：ABS（绝对孔定量牛逼通货膨胀）。
注：QuantaSoft TM软件提供了三种默认实验：绝对孔定量牛逼通货膨胀（ABS），稀有事件检测（RED）和拷贝数变异（CNV）。ABS 和 CNV 均可用于确定拷贝数。对于 CNV 模式，需要提供已知的参考基因拷贝数。ABS模式更加灵活。例如，拷贝数的不需要参考基因，并且可以计算目标和参照的相对比率。
Supermix ：QX200 TM ddPCR EvaGreen Supermix 。
目标 1 类型： Ch1 Unknown 。
目标 2 类型： Ch2 Unknown 。
名称：é NTER样品名称例如，转基因行x，参照基因。这有助于区分哪些孔用于转基因，哪些孔用于参考基因。
单击“确定”将所选参数应用于所选孔。
从热循环仪中取出 PCR 板并插入读板器支架的底座。盖上盖子上的板，然后按所述闩锁保持器。
打开 QX200 TM液滴读取器，插入读板器支架，然后合上盖子。
检查“电源”、“瓶位”和“盘子就位”的指示灯是否为绿色。
单击QuantaSoft TM软件中的“运行” 。在“运行选项”对话框中选择EvaGreen 。单击“确定”开始阅读。

数据分析

阅读完成后，单击“分析”。
单击“一维振幅”按钮以查看正负液滴的分布。示例分布如图 2 所示。

图 2. 示例图显示了八个样品 (A01-H01) 的阳性（蓝色）和阴性（灰色）液滴。X 轴（事件编号）表示整个实验中测量的液滴数量，Y 轴表示荧光幅度。

注意：单个反应应产生 12,000-20,000 个液滴。的拷贝数的计算依赖于正的比率到负液滴。如果阳性液滴饱和（大多数液滴是阳性的），这意味着每个液滴都有目标分子，很可能引物是非特异性的，或者反应中使用了过多的 DNA。为了获得准确的结果，应检查引物特异性和/或用较少的 DNA 重复反应。
的阈值，这区别于负液滴正液滴，以及浓度值，则自动地确定; ħ H但是，如果需要的话，该阈值可以手动调节。
单击“浓度”按钮。将浓度数据导出为逗号分隔值(.csv) 文件。
在打开.csv文件的适当的软件（例如，Microsoft Excel）中。QuantaSoft TM软件中提供的任何样品名称都将出现在“样品”列中。在“ ç oncentration”列包含每PCR扩增子的数量微升需要计算拷贝数。
靶基因的拷贝数是通过计算（ç目标/ Ç REF ）* Ñ REF ，其中Ç目标是转基因的浓度，Ç REF是内源基因的浓度，和Ñ REF是的拷贝数参考基因。在表5提供的例子中，参考基因是拟南芥基因组中的单拷贝纯合基因；因此，在每个提取 DNA 的二倍体体细胞中都有两个拷贝。在第 1 行中，目标 ( C target )的浓度为 115 拷贝/ μl ，参考浓度 ( C ref ) 为 227 拷贝/ μl 。因此，转基因的拷贝数是（227分之115）* 2 = 1.0，这意味着该线1具有转基因（半合子）的单个副本。在第 2 行中，C target = 784 拷贝/ μl和C ref = 173 拷贝/ μl 。因此，转基因的拷贝数是（173分之784）* 2 = 9.1 ，这意味着该线2具有转基因的9份。在第 3 行中，C target = 11.7 拷贝/ μl和C ref = 333 拷贝/ μl 。因此，对拷贝数的目标转基因是（11.7 / 333）* 2 = 0.07份，这意味着线3是不太可能包含转基因。
注意：在确定多倍体植物中的转基因拷贝数时，许多通常表现为单拷贝基因的内源基因可能存在于多个基因组中。例如，在四倍体植物的二倍体细胞中，典型的单拷贝参考基因可能有四个拷贝；因此，单拷贝半合子转基因的浓度值将是参考基因的四分之一。上述方法也可用于确定后代中的转基因接合度；ħ H但是，因为该ddPCR协议将只提供原始值，父行（多个）的拷贝数的知识是必需的。例如，如果估计后代植物的二倍体细胞含有六个拷贝，则需要了解任何亲本系的拷贝数以确定植物是否具有六个独立的半合子位点或三个纯合子位点。

表 5.来自三个转基因植物（第 1-3 行）的示例ddPCR数据，显示了扩增转基因（目标）和已知拷贝的内源基因（参考）时获得的阳性和阴性液滴的数量。显示浓度（每微升PCR 扩增子数）的列用于计算拷贝数。

致谢

我们感谢 Oleg Raitskin的技术帮助和 Simon Foster 的设备维护。我们感谢英国生物技术和生物科学以及工程和物理研究委员会（BBSRC 和EPSRC ）合成生物学增长计划（OpenPlant合成生物学研究中心 BB / L 014130/1）的财政支持，以及 BBS/E/ T/000PR9816 和 BB/R021554/1。该协议旨在生成 Cai (2020) 中提供的转基因拷贝数数据。

利益争夺

没有要申报的竞争利益。

参考

Abyzov , A., Mariani , J., Palejev , D., Zhang, Y., Haney, MS, Tomasini , L., Ferrandino , AF, Rosenberg Belmaker , L. A., Szekely , A., Wilson, M . , Kocabas , A., Calixto, NE, Grigorenko, EL, Huttner, A. Chawarska , K., Weissman, S., Urban, AE, Gerstein, M. 和Vaccarino , FM (2012)。诱导多能干细胞揭示的人体皮肤中的体细胞拷贝数镶嵌现象。自然492（7429）：438 - 442。
Ahuja, MR 和Fladung , M. (2014)。转基因在作物植物和树木中的整合和遗传。树基因组6(4): 155-9 。
Altpeter , F., Springer, NM, Bartley, LE, Blechl , AE, Brutnell , TP, Citovsky , V., Conrad, LJ, Gelvin , SB, Jackson, DP, Kausch , AP, Lemaux , PG, Medford, JI, Orozco-Cárdenas, ML, Tricoli , DM, Van Eck, J., Voytas , DF, Walbot , V., Wang, K., Zhang, ZJ 和 Stewart, CN Jr. (2016)。在基因组编辑时代推进作物转化。植物细胞28(7)：1510 - 1520。
Boutigny , A.-L.、Fioriti , F. 和 Rolland, M. (2020)。转基因的靶向 MinION 测序。科学报告10(1): 15144。
Bubner , B. 和 Baldwin, IT (2004)。使用实时 PCR 确定转基因植物中的拷贝数和接合性。植物细胞报告23(5): 263-71 。
Cai , YM, Kallam , K., Tidd, H., Gendarini , G., Salzman, A. 和 Patron, NJ (2020)。植物最小合成启动子的合理设计。核酸研究48(21)：11845-11856 。
Cansilieris , S., Baird, PN 和 White, SJ (2013)。复杂拷贝数多态性基因分型的分子方法。基因组学101(5): 86-93。
Collier, R., Dasgupta, K., Xing, Y.-P., Hernandez, BT, Shao, M., Rohozinski , D., Kovak , E., Lin, J., de Oliveira, MLP, Stover, E ., McCue, KF, Harmon, FG, Blechl , A., Thomson, JG和Thilmony , R. (2017)。使用液滴数字 PCR 准确测量作物植物中的转基因拷贝数。植物学杂志90(5): 1014 - 1025。
Diehl, F.、Li, M.、He, Y.、Kinzler , KW、Vogelstein , B. 和Dressman , D. (2006)。BEAMing：对油包水乳液中的微粒进行单分子 PCR。Nat 方法3 (7) ：551 - 559。
Giraldo , PA, Cogan, NOI, Spangenberg, GC, Smith, KF和Shinozuka , H. (2019)。用于检测牧场和牧场产品中转基因的液滴数字 PCR 工具的开发和应用。Front Plant Sci 9：1923。
Glowacka , K., Kromdijk , J., Leonelli , L., Niyogi, KK, Clemente, TE 和 Long, SP (2016)。评估确定转基因植物中 T-DNA 拷贝数和纯合性的新方法和已建立方法。植物细胞环境39(4): 908-917。
Golicz , AA, Bayer, PE 和 Edwards, D. (2015)。通过测序进行基于脱脂的基因分型。方法 Mol Biol 1245: 257 - 270。
Guo, B.、Guo, Y.、Hong, H.和Qiu , LJ (2016)。使用全基因组测序方法鉴定大豆中 G2-EPSPS 和 GAT 转基因的基因组插入和侧翼序列。前沿植物科学7：1009。
Guttikonda , SK, Marri, P., Mammadov, J., Ye, L., Soe, K., Richey, K., Cruse, J., Zhuang, M., Gao, Z., Evans, C., Rounsley , S.和Kumpatla , SP (2016)。使用下一代测序方法对转基因事件进行分子表征。公共科学图书馆一11（2）：e0149515。
Hobbs, SLA, Warkentin, TD 和 DeLong, CMO (1993)。转基因拷贝数可以与转基因表达呈正相关或负相关。植物分子生物学21(1): 17 - 26。
Kim, C., Guo, H., Kong, W., Chandnani , R., Shuang, LS和Paterson, AH 。(2016)。通过测序技术进行基因分型在多种作物育种计划中的应用。植物科学242（2016）：14-22。
勒帕，E。，Zampini ，E。，博伊尔，B.和布里松，N 。(2013)。通过靶向基因组测序以经济高效的方式识别 T-DNA 插入位点。PLoS一8（8）：e70912。
李，S.，嘉，南，侯，L.，阮，H.，佐藤，S.，控股，D.，卡洪，E.，张，C，克莱门特，T和玉，B 。(2019)。使用基于纳米孔的测序策略对大豆中的转基因等位基因进行定位。J Exp Bot 70(15)：3825 - 3833。
Li, Z., Hansen, JL, Liu, Y., Zemetra , RS和Berger, PH 。(2004)。使用实时 PCR 确定小麦中的转基因拷贝数。植物分子生物学报告22(2): 179 - 188。
Mieog , JC, Howitt, CA 和Ral , JP (2013)。使用简单且高度灵活的实时 PCR 检测法快速开发纯合转基因谷物品系。BMC 植物生物学13(1): 71。
Pfaffl , MW (2001)。实时 RT-PCR 中相对定量的新数学模型。核酸甲的CID ř上课29（9）：È 45 。
Polkoa , JK, Temannib , MR, Van Zantena , M., Van Workumb , W., Iburga , S., Pierika , R., Voeseneka , LACJ和Peetersa , AJM 。(2012)。Illumina 测序技术作为一种在激活标记的拟南芥植物中识别 T-DNA 插入位点的方法。分子植物5(4)：948-950。
锡瓦马尼，E.，李，X.，Nalapalli ，S.，巴伦，Y.，草原，A.，布拉德利，D.，多伊尔，M和阙，Q 。(2015)。在农杆菌介导的玉米转化中改善低拷贝转基因事件的策略。转基因 Res 24(6): 1017 - 1027。
南方，EM (1975)。检测凝胶电泳分离的 DNA 片段中的特定序列。分子生物学杂志98（3）：503-517。
Vogelstein , B. 和Kinzler , KW (1999)。数字 PCR。美国国家科学院院刊，96(16)：9236–9241。
Wang, JW, Grandio , EG, Newkirk, GM, Demirer , GS, Butrus , S., Giraldo , JP 和 Landry, MP (2019)。纳米粒子介导的植物基因工程。摩尔植物12(8): 1037-1040。
Weng, H.、Pan, A.、Yang, L.、Zhang, C.、Liu, Z.和Zhang, D. (2004)。使用 HMG I/Y 作为内源性参考基因，通过实时 PCR 测定估计转基因油菜籽中的转基因拷贝数。植物分子生物学记者22(3): 289–300。
杨，L.，陈某，J.，黄，C.，刘，Y.，嘉，南，潘，L和张d 。（2005一）。棉花特异性基因 Sad1 的验证，用作转基因棉花的定性和实时定量 PCR 检测中的内源性参考基因。植物细胞报告，24（4）：237-245。
Yang, L.、Ding, J.、Zhang, C.、Jia, J.、Weng, H.、Liu, W.和Zhang, D. (2005 b )。通过实时定量 PCR 估计转化水稻中转基因的拷贝数。植物细胞报告23(10–11): 759–763。
Yi, C. 和 Hong, Y. (2019)。通过实时定量 PCR 估计转化棉花中转基因的拷贝数。分子生物学方法。Humana Press Inc.，第 137-157 页。