简介

[摘要]初级体感神经元，其胞体位于背根神经节（DRG）和三叉神经节，专门负责将感觉信息从外周传递到中枢神经系统。与感觉神经节中的非神经元细胞类型相比，我们对周围感觉神经元的分子理解受到它们的异质性和低丰度的限制。我们描述了一种使用碘克沙醇密度梯度离心从小鼠 DRGs 中分离细胞核的方案，它富集神经元核，同时仍对非神经元细胞（如卫星神经胶质细胞和雪旺氏细胞）进行采样。该协议与一系列下游应用兼容，例如单核转录和表观基因组分析。

[背景]外周神经损伤后，背根神经节( DRG )细胞中的基因表达受到动态调节，这是一个对轴突再生和导致神经病理性疼痛的神经元过度兴奋很重要的过程。以前的研究分析了大量 DRG 组织的基因表达和染色质结构（Perkins等人，2014 年；Chandran等人，2016 年），但由于 DRG的细胞异质性，他们的解释变得复杂。

单细胞/单核基因组学公顷小号成为不同外周感觉神经元内研究分子特征的重要工具人亚型（Usoskin等人，2015;阮等人，2017和2019;的Zeisel等人，2018;夏尔马等人，2 020 ）。而来自感觉神经节出现纹单细胞转录，以提供大于转录多样性单核转录谱，分析的核的一个关键优点是它可以应用到新鲜和存档冷冻样品。这提供了样品制备的灵活性和更容易获得人体样品。核隔离也与即早基因诱导相关违背全-细胞分离，因为它更快，避免了细胞质信号传导级联，并且完全在4℃下进行。这些特征使单核分析对于研究刺激后迅速发生的变化特别有吸引力。

在这里，我们描述了一种用于从冷冻小鼠 DRG 样本中纯化细胞核的密度梯度离心方案，该方案与基于液滴的单核基因组分析兼容（Renthal等，2020）。该协议基于先前用于提取小鼠和人类 CNS 细胞核的协议（Mo等人，2015 年；Renthal等人，2018 年），产生了更大比例的神经元核（40-50% 的神经元，通过单-核RNA测序）作为比较用常用的非梯度离解方法（5-10％的神经元）（哈比卜等人，2017;亚伯拉罕等人。，2020 ; Slyper 。等人，2020 ），而仍然采样宽范围非神经元 DRG 细胞类型。