材料和试剂
1. 用于设置 NAS 的 NAS 驱动器（WD Red Pro WD6003FFBX 6TB）
2. 用于最终数据存储的外部驱动器（5 TB WD Elements，WDBU6Y0050BBK-WESN）

设备
1. NAS 服务器（例如， Synology DS3617xs）。如果服务器可以托管 DokuWiki，它将工作。服务器的大小取决于实验室数据需求，以及实验室计划如何存储数据。如果实验室生成的文件很小，则可以存储它们，并在服务器上轻松访问它们。如果生成的数据文件通常很大，将原始数据存储在成本低廉的重复外部驱动器中（例如，两个驱动器中的相同数据）并在需要时访问这些驱动器更为实用。根据实验室要求，选项很灵活。重要的考虑是系统知道数据的位置。

软件

1. Dokuwiki ( www.DokuWiki.org )

程序

有几种方法可以遵循此过程。如果您从未见过示例，建议您先仔细阅读示例并学习如何使用系统，然后再设置自己的示例。以下是推荐的步骤：
1. 仔细阅读此协议提供的示例：转到步骤 A。
2. 了解如何使用系统：转到步骤 B。
3. 托管 DokuWiki 并从头开始设置新系统：
a 使用 NAS：转至步骤 H，然后跳至步骤 K。
b 没有 NAS：
i. 使用托管服务：转至步骤 I，然后跳至步骤 K。
ii. 在本地计算机上：转到步骤 J 和 K。

A. 仔细阅读示例 wiki 系统
该协议提供的示例包括虚构的元数据。它是压缩的，使用前必须解压缩。跟着这些步骤：
1. 将WikiExample1下载到您计算机的Downloads文件夹中。
2. 使用程序解压缩文件夹。例如，在 Windows 10 中，选择下载的 zip 文件，单击鼠标右键，然后选择Extract ALL 。确保选择与当前（下载）位置不同的文件夹目标，或更改解压缩文件夹的名称。例如，选择目标作为您的Desktop 。这将确保在下一步中您不会错误地选择压缩文件夹来运行示例。
3. 在桌面上，打开解压缩的文件夹，然后双击运行文件。这将启动一个命令提示符窗口 (...\cmd.exe) 和您的默认浏览器。大多数标准浏览器应该可以工作，但这些步骤已经在 Chrome 中执行。您的防火墙可能会请求许可，因此请授予它访问权限。结果应如下图 1 所示。如果没有，请确保再次按照前面的步骤进行操作，完全按照说明进行操作。要停止 wiki 系统，请单击命令提示符，然后按任意键。

图1 。运行提供的示例 wiki 的结果。

B. 如何使用系统
使用随此协议提供的示例 wiki 系统（步骤 A）执行以下步骤：
1. 单击运行（位于文件夹内）将打开登录页面或直接将您带到起始页面（请注意，示例 wiki 的标题为CajalLab ）。如果这是您第一次登录，请添加此用户名(Santiago) 和密码( NeuronDoctrine )，然后选择记住我。如果这不是您第一次登录，并且您选择了记住我，您将自动登录。通过查看右上角区域（登录为）检查您是否已登录。
2. 起始页在顶部显示了一些基本信息，并在下面列出了所有主要的 wiki 页面。请注意右上角的“管理员”按钮和右侧的铅笔图标（编辑此页面）。右上角的站点地图将显示 wiki 名称空间和页面的目录。媒体管理器允许您查看上传到 wiki 页面的任何媒体。
3. 要修改页面或将文本添加到页面中，必须学习基本语法。这应该只需要几分钟，因为它非常简单。点击开始页面欢迎部分中的链接。当您单击Edit this page时，请注意页面顶部的选项。这些按钮自动设置语法（例如，粗体、斜体、链接等）。
4. 要将图像添加到页面，请单击编辑此页面，然后将图像放入 wiki 页面。它将分配一个名称，将其加载到媒体管理器，然后将链接语法添加到页面中。将此链接放在您希望它出现的位置。使用语法将其居中、更改大小等。

C. 检查起始页
随意单击任何链接，并查看每个页面中提供的表格。确保单击表格内的链接。您始终可以通过单击CajalLab图标返回到起始页面。
1. 实验室成员笔记本部分为每个实验室成员提供了一个命名空间，他们可以在其中组织自己的笔记本，并直接访问 wiki 中的所有元数据。在我们的示例中，有 3 个实验室成员。 Santiago 是超级用户，Jake 和 Jane 是labmembers组的成员。
2. 实验对象部分提供对实验室中动物列表的访问，包括那些活着的动物，或实验室中存在的所有动物。还有一个创建动物的链接，这是动物到达实验室（通过购买或繁殖）时的必需步骤。菌株是实验室中使用的菌株的列表。每次使用新菌株时，都必须在菌株页面中进行定义。繁殖笼允许跟踪繁殖。示例中只有一个饲养笼（Cage1）。这个笼子由一个妈妈 (Vg7) 和爸爸 (Vg6) 组成，到目前为止已经生产了 10 只新动物 (Vg8-17)。跟踪繁殖只需要在每次小鼠出生时在 Cage1 页面中添加一个条目，然后这些动物在断奶日期正常添加到 wiki（参见下面的创建新动物）。亚组是动物的分组，通常作为实验的一部分。指定了 3 个子组。
3. 实验室程序部分提供对实验室中使用的程序、解决方案和探针的访问。程序是定义为详细协议的方法。 wiki 示例不包括过程命名空间内的任何详细协议，但这是正常系统的主要部分（即，包含描述过程的详细协议）。程序页面应包括图像、视频、表格、网络链接等。以及重复该过程所需的所有细节。有两种方法可以跟踪协议的更改： i ) 每次修改页面时，都会进行修订，并且可以使用右侧的时钟图标进行访问和比较。 ii ) 除了新程序中详述的更改外，可以参考之前的程序创建新程序。
4. 实验室组件和订购部分包括运行实验室所需的所有内容。只需要跟踪程序所必需的物品（例如，标准纸巾、铅笔等不需要包括在内）。化学品和材料跟踪为实验购买的这些基本物品，而解决方案和探针是在实验室内使用化学品和材料生成的物品。设置包括获取数据的设备、计算机和驱动器。这使人们可以轻松地确定数据的存储位置。
5. 合规部分包括 IACUC 协议和DEA 管制药物。单击这些链接会显示当前有效的 IACUC 协议，包括与之相关的动物，以及实验室中 DEA 控制的药瓶，包括当前的药物使用情况。

D. 创建一个新的动物
作为练习，您将添加从 Jackson Labs (Jax) 购买的新动物。
1. 在开始页面上，单击创建新动物。阅读标题为“创建新的动物页面”的部分。在该字段中，输入 cf18，然后按Add page 。请注意，您使用的是cf ，因为这是动物品系的代码，而 18 是字段下方显示的表格中的下一个可用动物编号。
2. 新页面打开后，将Cf18添加到页面标题 (====Cf18====)。
3. 将 18 添加到数字字段。
4. 在应变字段中选择cf （您需要添加2个字母以搜索可供选择的选项，然后选择正确的选项）。如果文本显示为红色，则您没有选择有效选项。
5. 通过键入“ja”或“ ve ”添加源，这将显示以“ja”开头的选项或所有供应商。选择贾克斯。
6. Source 和Mom/Dad是互斥的。如果没有提供来源，这些动物是在实验室饲养的，并且会有指定的妈妈和爸爸。
7. 填写其他选项。到达是老鼠从供应商处到达或断奶的那一天。
8. 如果小鼠没有指定的亚组，则它们可用于实验。
9. 单击保存。请注意，您添加的所有详细信息都包含在页面顶部。
10. 如果您返回创建页面（现在在 Trace 的顶部列出），您将在表格中看到新的动物 Cf18。

E. 添加对动物完成的程序
要指定对动物做了什么，必须在 wiki 中定义程序。示例 wiki 包括几个过程。要创建新程序，请按照用于创建新动物的相同步骤进行操作。请务必阅读“程序”页面（从起始页面访问）中的详细信息。如果动物是现有实验的一部分，则子组应该已经存在。否则，在子组页面中创建新的子组。请注意，对于如何命名新页面的pageid有一些规则，但您可以决定在第一页标题中使用的标题。此标题可以随时更改，并且会在整个 wiki 中自动更改。因此，如果您没有确定的格式，请不要担心子组名称结构。请按照以下步骤添加对动物执行的程序：
1. 单击您为 Cf18 创建的页面。请注意动物详细信息下方的部分。
2. 让我们假设对这种动物做的第一件事是进行手术，将腺相关病毒 (AAV) 注射到大脑中。转到页面上的Surgeries部分，然后展开Create New Entry 。请注意，出现了此串行模式的字段。
3. 在过程字段中，键入 proc。这将列出 wiki 中的程序。选择injAAV 。如果您正确执行了此操作，则应该出现此过程的namespace:pageid 。
4. 选择日期，添加重量。请注意字段框左侧的信息图标。将鼠标悬停在它上面，看看你应该添加什么。
5. 麻醉可让您搜索化学品和解决方案。键入“iso”并选择异氟醚。添加金额。在这种情况下，使用的百分比 (1.1)。
6. 在外科医生中，通过搜索他们的名字来选择谁在做手术。
7. Implanted允许您在 wiki 中搜索材料和探针。您可以选择要长期植入的探针（电极）。
8. Injected允许您在 wiki 中搜索化学品和解决方案。您应该通过键入 AAV 并选择正确的 AAV 来选择正在注入的 AAV。在这种情况下，选择 AAV1。
9. 添加用于注射的坐标。这是一个基本的文本字段，但可以链接到具有常用坐标的页面模式。
10. 选择注入 AAV 的一侧。
11. 在评论中，您可以添加有关注射的详细信息，例如体积。或者，可以在模式中创建一个新字段，以将此信息作为定义的变量包含在内。
12. 按保存。此时，所有这些信息都已汇总到 wiki中与其相关的所有表中。在这种情况下，我们没有使用DEA 管制药物，但是，如果我们使用了，将通过单击位于“手术”标题下方的链接（此处）来添加这些药物。
13. 手术后恢复部分允许外科医生按照 IACUC 的要求详细说明恢复过程。由日期/时间定义的每个条目（单击Save ）列出注射到恢复动物中的药物，或对其状态的目视检查。

F. 会话部分
会话部分允许用户指出导致数据文件生成的过程，而动物还活着。以下字段与此目的特别相关：
1. Session字段定义了一种指定重复对动物所做的事情的方法，例如每天的药物注射、行为训练课程等。为此可以使用升序字母或数字。
2. Filenum字段定义会话中生成的任何文件。每个升序的数字表示文件顺序，并确定文件名。
3. 代码字段可用于为程序设置代码，指示在会话期间完成的事情的细节。这对于数据的自动分析特别有用。
4. 设置字段定义了数据的生成位置，它确定了存储文件的驱动器。每次将外部驱动器添加到计算机时，该驱动器都会添加到驱动器页面中的 wiki。开始日期和填写日期跟踪在 Sessions 中创建的文件所在的位置。多年来生成了 10 个或 100 个驱动器后，只需单击一下即可轻松找到文件的位置。此外，通过访问 wiki，编程脚本可以确定文件位置，并在自动分析数据期间请求将指定的驱动器连接到 USB 端口。

G. 组织学部分
组织学部分定义了为组织学处理而获得的组织。通常从动物身上提取组织进行加工，特别是在死亡时。本节允许对这些组织的处理进行规范。
1. 一旦动物死亡，通过双击表格单元格，或在动物页面中，通过修改页面，将死亡日期添加到该字段可见的任何表格中。
2. 选择从动物身上获得的组织，以及用于处理组织的程序。
3. 为在组织上执行的每个新程序添加一个条目，并根据需要提供尽可能多的详细信息。可以定义其他字段。例如，如果获得子样本，则可以为每个组织子样本添加标识符字段。

H. 设置 NAS 来托管 DokuWiki
首选选项是您在实验室网络中运行的 NAS 上托管Dokuwiki 。该过程将根据可用的服务器而有所不同。唯一的要求是它可以托管 DokuWiki。出于实际目的，此协议假定您使用的是运行最新版本Diskstation Manager (DSM 6.x) 的 Synology 服务器，该服务器自动将 Dokuwiki作为第三方应用程序托管；然而，这不是必需的。请注意，设置和定期使用运行 DSM 的Synology服务器非常简单。它还将为实验室提供许多其他功能：例如，用于实验室通信的聊天（如 Slack 或 Teams）、用于在任何地方访问文件的云（如 OneDrive 或 Google 驱动器），以及提供许多其他有用的实用程序。如果您无权访问 NAS，请跳至 I。必须在 NAS 上设置几项内容：
1. 添加用户。最简单的方法是为实验室的所有成员创建一个用户名，如果他们都应该具有平等的访问权限。我们将这个普通的实验室成员称为“ LabUser ”。在 DSM 上，进入控制面板，然后选择用户。添加LabUser作为所有实验室成员的通用用户名，并包含一个强密码。请注意，使用通用用户名更简单，但安全性较低，并且所有实验室成员都可以平等地访问服务器。此用户名/密码也应该作为用户存在于将访问系统的实验室计算机上。
2. 添加一个Labmember组。在 DSM 控制面板上，选择组，然后添加一个名为“ Labmember ”的组。在此组中包括LabUser或您在上面定义的各个实验室成员用户帐户。该组将允许您定义下面定义的共享文件夹的通用权限。
3. 为主要处理的数据创建一个或多个数据共享文件夹。您创建的文件夹将根据您的实验室需求而有所不同。这些文件夹可以保存包含最初处理的数据的文件，您希望这些文件易于访问以进行分析或其他目的。在控制面板中，转到SharedFolders ，并将 DATA 设为共享文件夹。
4. 包括每个文件夹的 ACL 权限。最简单的选项是授予LabMember组完全访问权限。或者，您可以授予LabMember组完全权限，但删除除外。
5. 安装 NAS 随附的其他实用程序。例如，安装可让您运行云的 Drive 和可实现无缝实验室通信的 Chat。
6. 登录 DSM，单击套件中心，然后向下滚动到第三方部分。找到 DokuWiki，然后单击安装。这将指导您完成设置Dokuwiki的过程。
7. 如果您选择了此托管选项，请跳至步骤 K。

I. 在托管网站上托管 DokuWiki
签约一个在其产品中包含Dokuwiki的托管网站，或让您的机构 IT 在其服务器上为您托管 DokuWiki。这是可以接受的，但可能不切实际。如果您选择了此选项，请跳至步骤 K。

J. 在本地计算机上托管Dokuwiki
此选项提供了一种设置系统进行评估的方法，但只是一个短期解决方案。
1. 在开始此步骤之前，请确保关闭示例wiki ，方法是选择命令提示符窗口，然后按任意键。该示例和 Apache 服务器不应运行。
2. 此协议中提供的步骤针对运行 Windows 的 PC 进行了优化。 Mac 用户还应遵循以下步骤： https ://www.dokuwiki.org/install:macosx 和https://www.dokuwiki.org/php_build-in_webserver 。
3. 转到https://download.dokuwiki.org/ ，选择稳定版本，并选择“包括 Web 服务器”。
4. 将下载的文件解压缩到计算机或 USB 驱动器（文档或桌面）上的特定文件夹。打开DokuWikiStick文件夹，然后单击运行。确保您打开的是解压缩的文件夹（而不是下载的压缩文件夹）。第一次运行时，如果出现提示，您应该允许防火墙访问。
5. DokuWiki 安装程序将出现在您的浏览器中（最好使用 Chrome）。

K. 创建您的实验室元数据系统
前面的步骤（H、I 或 J）应该会在您的浏览器中打开 DokuWiki 安装程序页面。完成此步骤和以下步骤后，wiki 系统将与提供的示例相同（参见步骤 A），但没有元数据。
1. 在 Wiki Name 字段中为您的 wiki 命名（例如., MyLab ，其中 My 是 PI 的姓氏）。
2. 确保选中“启用 ACL”。
3. 通过填写您的详细信息（包括密码）将自己添加为超级用户。
4. 为了安全起见，选择 ACL 策略作为封闭 wiki。然后按保存。
5. 下一页将显示登录：添加您的用户名和密码以进入您的 wiki。

L. 在 DokuWiki 上安装所需的插件
1. 在Dokuwiki开始页面上，选择管理员和扩展管理器。您会发现默认安装了许多插件。如果尚未安装以下插件，请安装它们：Add New Page、 Burecracy、 Imgpaste 、Smtp、 Sqlite 、Struct 和Templatepagename 。安装很简单，在搜索和安装选项卡中搜索插件，一旦出现插件（确保插件名称完全匹配），点击右侧的安装。
2. 可选：如果您有兴趣直接从 wiki 发送电子邮件，请确保设置 SMTP 配置。转到管理员，单击配置设置，然后选择 SMTP。设置要用于中继电子邮件的服务器。如果使用您的机构电子邮件，可能需要联系 IT 以启用来自您的服务器 IP 的电子邮件中继。否则，请使用一些您知道有效的设置，例如常用的 Microsoft 或 Goggle SMTP。

M. 确定您的实验室文件名和主题唯一标识符代码
在我们的示例中，我们将建立一个与受试者（小鼠）一起工作的典型生物医学研究实验室。但是，主题可以是您使用的任何东西，但它应该是从中生成其他样本（例如器官、细胞等）的最高级别的可识别实体。源自已识别主题的较低级别样本将共享主题代码。选择一个合乎逻辑且简单的规则作为实验室内的唯一标识符非常重要。此标识符将用于标记与主题相关的所有数据。下面示例中的方案运行良好，但您可以自由选择自己的代码定义。
1. 在我们的示例中，受试者（小鼠）使用唯一的标识符代码结构命名，由 2 个标识菌株的字母和一个连续数字组成，该数字对于实验室中的每个新受试者增加一个整数。例如，vg1234 是实验室中使用的第 1234 只小鼠，它来自Vgat -Cre品系，因为 vg 在系统中被定义为Vgat -Cre 品系（如下所述）。如果您计划使用超过 325 个菌株，您应该使用 3 个字母而不是 2 个。您可以自由选择自己的方案，但它必须有一个升序的唯一编号。例如，您可以简单地使用不带应变代码的升序整数。
2. 文件名的命名总是以主题的唯一标识符开头，后跟一些标识文件的参数。这可能包括会话代码、会话内的文件号和过程代码。例如，vg1234a2.dat 指的是会话 a 中的 2 号文件。文件中的参数代码逻辑由您决定，但必须包含唯一标识符。

N. 定义实验室的基本模式
模式是数据库中的表，其中包含适用于数据库的元数据。其他元数据可以放在 wiki 页面中。我们的示例需要几个基本（基本）模式，但可以根据您的需要创建许多其他模式。我们的示例包含以下基本模式：
1. 动物是实验室实验的对象（在我们的例子中是老鼠）。
2. 菌株是实验室中使用的动物菌株。
3. 子组用于对属于同一实验的动物进行分组。
4. 程序定义了在实验室中执行的方法（协议）。
5. 手术定义了对动物进行的手术方法的细节。
6. 意外恢复服务于跟踪术后恢复情况。
7. 会话定义了对动物执行的文件记录方法的详细信息。
8. 组织学定义了从动物获得的组织学样本的细节。
9. 化学品是实验室使用的化学品。
10. 解决方案是化学品的组合。
11. 解决方案是制定解决方案的步骤。
12. 材料是实验室使用的所有材料。
13. 探针是用用于测量生物变量的材料制成的设备。
14. 电极是一种探针。
15. 计算机是实验室中用于数据采集的计算机。
16. 驱动器是连接到计算机的外部硬盘驱动器，用于数据存储。
17. 设备是实验室使用的所有设备。
18. 设置是生成数据的设备、计算机和驱动器的组合。
19. 供应商是材料、化学品、设备等的供应商。被购买。
20. 订单跟踪来自供应商的所有订单。
21. IACUC是实验室 IACUC 协议。
22. DEA是 DEA 控制药物的瓶子。
23. DEAuse是使用 DEA 药物。
24. 育种者是用于育种的成对（或其他组合）动物。
25. 出生是从饲养员那里出生的动物。

O. 定义其他模式示例
您可以根据需要创建尽可能多的模式。任何与您的实验相关并且可以列出和定义的内容都应该是架构或架构的一部分。以下是一些案例（未包含在示例中）：
1. 组有助于将子组组合成连贯的研究或论文。
2. 笼子有助于确定动物的饲养地点。您的机构可能会要求您进行人口普查。一旦笼子空了（使用 SMTP 插件），很容易设置一种方法，通过电子邮件直接从系统通知您的动物设施。
3. 程序可用于列出实验室中用于数据采集的专门程序。例如，如果您进行行为实验，您可以使用软件定义来运行这些实验。模式将存储有关这些程序的详细信息，包括对运行特定分析有用的代码定义。通过将这些包含在 wiki 数据库中，它们可以通过脚本直接访问以进行执行和分析。
4. Scripts可用于列出和跟踪您的编程语言脚本（ Matlab 、 Originlab 、Python、R等）。

P. 将每个模式添加到 wiki 数据库
表S 1中列出了需要为每个基本模式添加的详细信息。这些是将每个模式添加到 wiki 的步骤：
1. 在 Admin 页面中，单击 Additional Plugins 部分中的 Struct Schema Editor。
2. 在架构字段中添加架构名称，然后单击保存。表 S1 中列出了模式名称、字段、类型以及要对默认值进行的更改。通常，您应该只使用连续的小写字母和整数来命名您的模式。字段可以包含更复杂的文本，但在制作自己的文本时，请保持简单。
3. 使用表 S1 中的值开始一一填充每个模式字段（即，表列）。您需要单击保存以添加每个字段。请注意，排序值（10's）设置聚合中列的顺序，但不在数据库中（如果需要，这允许稍后插入其他字段，而无需更改所有排序值）。 SQLite 数据库按照您添加它们的顺序合并字段列。
4. 添加完所有字段和模式后，您可以尝试导出其中一个以查看其格式。单击导入/导出选项卡，选择页面，然后单击导出。如果您安装了 Excel 或其他 CSV 程序，请打开导出的 CSV 文件以查看表格。请注意，该表是一个空表，每列都有您的字段标题。一旦有了值，它们就会出现在 CSV 中（使用完整的示例查看值）。 Pid是指页面模式的页面 ID（wiki 中页面的固定名称）。页面 ID 与页面标题不同。页面标题是页面中的第一个标题，可以轻松更改（如果页面没有标题，页面 ID 将成为页面标题）。 Rid 指的是全局和串行模式的行 ID。页面模式的每一行对应于 wiki 中的一个页面。串行模式有多行，它们都与 wiki 中的特定页面相关联（多个不同的行可以与每个页面相关联）。全局模式与 wiki 上的任何页面都没有关联。

Q. 将页面架构与命名空间相关联
如果架构是页面架构，则需要此步骤将架构与 wiki 中的命名空间相关联，其中命名空间是 wiki 中具有格式namespace:pageid的文件夹。页面允许扩展内容（文本、图像等）与页面模式中定义的值相关联（例如，在过程页面中包含有关具有扩展图像、视频、表格等的协议的详细信息）。要将页面架构与其命名空间相关联，请执行以下步骤：
1. 在 Admin 页面中，单击 Struct Schema Assignments，然后导航到页面底部以添加Table S 2的每一行中列出的内容，一次一个。
2. 选择并复制表 S2 中页面/命名空间下第一个单元格的完整内容。将内容粘贴到 wiki 页面底部的打开字段（在 Page/Namespace 列下），并将 Schema 选择列更改为表 S2 中 Schema 列中的值。检查这些值是否与表 S2 中的行对齐，然后按Add 。
3. 对表 S2 中的每一行重复上一步。
4. 最后，应该有 16 行，表示模式和命名空间之间的 16 个关联，如下图 2所示。这些行中使用的正则表达式将命名空间内的某些页面排除在架构中。

图2 。建立关联后的 Struct Schema Assignments 页面的外观。

R. 为页面架构创建命名空间和页面
完成模式分配后，需要在每个命名空间内创建命名空间和一些页面。这涉及创建页面，并将所需的语法添加到其中。在这一步中，我们将创建命名空间、在每个命名空间中用于创建其他页面的主要页面，以及每次页面模式创建新页面时调用的模板页面。对表S 3中列出的每个命名空间执行以下步骤：
1. 在右上角的 Search 字段中，搜索表 S3 中列出的namespace:pageid （例如., animals:animals ），然后按 Enter。这将显示一条消息，指示该页面不存在。
2. 通过单击红色文本创建它。当页面出现时，单击编辑此页面（右侧的铅笔符号）。
3. 粘贴位于表 3 中的该页面的语法文本，然后按保存。至此，您已经在 wiki 中创建了第一个页面。由于模式中没有数据，它会报告“ Nothing found ”。请注意，表 S3 也以 .txt 文件的形式提供，这使得复制语法更简单。
4. 对于每个命名空间，表 S3 列出了主页面和c_template页面。 c_template页面提供要添加到由分配的模式创建的页面的语法。
5. 对表 S3 中列出的所有行重复这些步骤。请注意，表 S3 中的最后一行包括起始页。

S. 将实验室成员添加到 wiki
到目前为止，超级用户是唯一可以访问 wiki 的用户。应按照以下步骤将实验室成员添加到Labmember组：
1. 转到Admin页面，然后选择User Manager 。
2. 在Add user部分中，为每个用户填写密码，并将该用户包含在新的Labmember组中。
3. 单击添加。如果成功，每个实验室成员都会出现在上面的列表中。

T. 设置门禁管理
Labmembers组可访问的页面。默认情况下，超级用户可以访问整个 wiki，并且可以删除。每个命名空间或页面有 6 个级别的权限：无、读取、编辑、创建、上传和删除。
1. 进入 Admin 页面，然后选择Access Control List Management 。在Permissions for中选择Group ，然后键入labmembers 。这将显示该组关于在左侧窗口中选择的命名空间或页面的权限。
2. Animals开头的每个命名空间。将 Add new Entry更改为Upload ，然后单击 Save。对除 Wiki 之外的所有现有名称空间重复此操作。这将允许实验室成员将图像和其他内容上传到这些命名空间。如果有理由为任何命名空间排除此访问级别，请仅将其设置为具有编辑或读取权限。
3. 然而，现有的页面（上面创建的），例如每个命名空间内的c_template和主页（例如， animals 、 create、breeders、chemicals等），可能不应该由实验室成员修改，因为没有理由那些不参与管理 wiki 以更改任何这些现有页面的人（在添加新页面之前）。为避免此问题，请单击每个命名空间内的每个现有页面，并将当前存在的页面设置为labmembers组的读取。此步骤不是必需的，但可以消除有人无意中更改这些重要页面之一上的语法的可能性。在提供的示例中未完成此步骤。
4. 执行上述步骤后，每个命名空间的当前 ACL 规则将显示在页面底部的表格中。

U. 收集您的旧实验室元数据并将其添加到模式中，或者从今天开始
至此，wiki 就可以使用了。有两种方法可以开始使用它。一种是通过手动添加元数据开始使用它。或者，您可以将现有的旧元数据上传到架构。如果您选择后一个选项，最好通过从该协议提供的示例中导出模式来查看模式表的格式。这将显示以正确格式上传元数据所需的格式。例如，日期字段必须遵循 wiki 格式，默认设置为yyyy -mm-dd （根据 Excel 日期命名法）。因此，请务必在导入之前调整 CSV 中的日期，否则它将不起作用（日期/时间字段为yyyy -mm-dd hh:mm ）。在导出或导入模式时，指定模式是页面模式还是串行模式很重要。以下是串行模式：born、 deause 、electrode、orders、session、 solutionmake 、surgeries 和surgrecovery 。所有其他都是页面模式。要从提供的示例中导出模式，请执行以下步骤：
1. 转到 Admin 页面，然后选择底部的Struct Schema Editor 。
2. 通过单击右侧列表中的模式来选择模式。例如，单击动物。
3. 选择导入/导出选项卡。
4. 向下导航到将原始数据导出到 CSV 文件部分。由于 Animals 是 Page 模式，因此选择page并按Export 。如果安装了 Excel，并且 Chrome 包含“启用本地文件链接”的扩展，则架构表将在 Excel 中打开。请注意每个字段的格式。页面由它们的namespace:pageid 引用。日期将以 Excel 默认格式显示，但应按上述说明上传。
5. 如果您决定上传现有元数据，最好开始上传不依赖于其他架构的架构，然后合并其他架构。例如，供应商、菌株、子组、IACUC等。应该在 Animals 之前导入，因为 Animals 包含其他模式。

数据分析

不适用。本协议中介绍的实验室元数据系统用于管理所有实验室元数据。它允许直接手动阅读实验室的元数据。重要的是，元数据也可以出于任何目的从各种编程语言直接访问，包括自动数据分析。

笔记

一个成熟的wiki系统，使用了几年，会有上千种动物，上百个子群，几十个程序等。通过浏览系统，所有这些信息都可以立即访问。然而，一个主要的考虑是在系统内组织这些信息允许使用编程语言直接访问它以进行自动分析。该方法将根据每个实验室使用的编程语言而有所不同，但将涉及允许访问 sqlite3 数据库的那些包和函数。此外，这些系统可以直接访问 wiki 页面中包含的元数据。这对于将完整程序（协议）导出到档案文件可能很有用。显然，所有这些都可以手动完成，只需浏览系统即可。例如，多年来在 sqlite3 数据库中收集的元数据可以导出为简单的 CSV 文件。页面中的详细信息可以多种格式导出，包括 PDF 或简单文本。
用户可以探索许多可用的插件，以通过有用和理想的功能来增强他们的 wiki。

致谢

我感谢我实验室的成员，特别是 S. Hormigo 和 J. Zhou，他们使用了 wiki 系统并提供了反馈。我感谢 C. Bonin 和 G. Hargis 测试此协议。由 NIH 资助。更多信息请访问https://castro-lab.org 。

利益争夺

作者与所提及的任何公司均无任何关系。

参考

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