数据和软件

TF/DNA结构
tFIRE采用标准的PDB格式用于TF/DNA结构。
1. 寻找此类数据的好地方是PDB（Rose 等，2011）（ http：//www.pdb.org ）。
2. 如果TF/DNA复合物结构不存在但TF结构存在，则可以通过将DNA对接到TF结构来产生TF/DNA结构。可用于此的软件包括HADDOCK（De Vries等人，2007）（ http://www.nmr.chem.uu.nl/haddock ），FTDOCK（Jackson RM等人，1998）（ http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/docking/ftdock.html ），YASARA DOCK（ http://www.yasara.org/dnadock.htm ），ParaDock （Banitt和Wolfson，2011）（ http://www.paradocks.org ）。我们的方法表明这种对接不会显着影响结果，但我们没有测试任何这些对接预测我们自己进行验证。因此，我们谨慎使用它们，并在结构可用后重新验证结果。
3. 如果TF结构在3D结构数据库中不存在，你可以使用像SWISS-MODEL这样的同源建模来预测TF结构（Guex和Peitsch，1997）（ http://swissmodel.expasy.org ），Rosetta（Bradley等人，2003）（ https://www.rosettacommons.org ），Sybyl（Visegrády等人，2001）（ http://www.tripos.com/index.php?family=modules,SimplePage,,,,amp ; page = SYBYL-X ）。请谨慎使用每个预测步骤会降低准确性。

预测TFBS
tFIRE预测主题（PWM）可用于预测TFBS。
1. 基序扫描程序可用于扫描整个基因组的基序匹配。这样的方法包括MAST（Bailey等人，2006）（ http://meme.nbcr.net/meme/cgi-bin/mast.cgi ）从MEME套件和STORM（Schones 。，2007）（来自Cold Spring Harbor Laboratory的 http://rulai.cshl.edu/storm ）。
2. TFBS对于不同的细胞是不同的。最近，新开发的方法CENTIPEDE（Pique-Regi等人，2010）（ http：//centipede.uchicago.edu ）显示，利用来自单个DNase-seq实验的结果，可以准确地预测所有TF的TFBS。因此，从ENCODE项目下载DNase-seq数据可能非常有帮助。
3. 最近开发的FAIRE-seq技术允许用于检测染色质可及性区域的类似预测（Song等人，2011）。此类数据可以替代DNase-seq，但需要在使用前进行测试和验证。
4. 还可以使用表观遗传信息代替DNase-seq（Cuellar-Partida等人，2012）。我们建议定期更新可用于此类预测的数据和方法。
软件
1. C ++软件环境，更好用Linux系统
2. tFIRE，Feel可以问作者一个linux版本
3. WebLogo（Crooks 等人，2004）可用于可视化我们预测的PWM（ http：//weblogo.berkeley.edu ）

程序

如果你对你的TF/DNA复杂的3D结构有信心，那么你可以使用tFIRE默认功能，由PDB数据库中所有可用的TF/DNA结构预训练。您还可以通过几个非同源结构用tFIRE构建您自己的能量函数。您可以使用PISCES服务器（Wang和Dunbrack，2003）（ http://dunbrack.fccc.edu/PISCES .php ），这个服务器会给你您的输入结构列表（PDB id）的子集，该子集中的每个蛋白质与另一个蛋白质几乎没有同源性
如果您对TF/DNA结构不确信，您可以使用单一结构训练tFIRE，然后使用tFIRE预测PWM。

致谢

该协议已经改编自：Xu等人。（2013）。我们感谢中国国家科学基金会（编号31070641）和国家973计划（编号2012CB721000）资助的资金以及SKLMRD和中国科学院（中科院）DICP的启动资金。资助者提供了研究设计，数据收集和分析，决定发布或准备手稿的大部分成本。我们要感谢Yan Cui博士，周耀耀博士，杨裕东博士，张志博士，刘博士博士，Jason Donald博士，Eugene Shakhnovich博士，Timothy Robertson博士，Gabriele Varani博士， Marc Jung博士，梁博士博士和Rongze Lu博士，杜娟为他们的数据库，计划和有益的讨论。

参考文献

Bailey，T.L.，Williams，N.，Misleh，C.and Li，W.W。（2006）。 MEME：发现和分析DNA和蛋白质序列基序。 Nucleic Acids Res 34（Web Server问题）：W369-373。
Banitt，I。和Wolfson，H.J。（2011）。 ParaDock：灵活的非特异性DNA - 刚性蛋白对接算法。 Nucleic Acids Res 39（20）：e135。
Bradley，P.，Chivian，D.，Meiler，J.，Misura，KM，Rohl，CA，Schief，WR，Wedemeyer，WJ，Schueler-Furman，O.，Murphy，P.，Schonbrun，J.，Strauss， CE和Baker，D。（2003）。 CASP5中的Rosetta预测：成功，失败以及完全自动化的前景。 Proteins 53 Suppl 6：457-468。
Crooks，G.E.，Hon，G.，Chandonia，J.M.and Brenner，S.E。（2004）。 WebLogo：序列标志生成器。 Genome Res 14（6）：1188-1190。
Cuellar-Partida，G.，Buske，F.A.，McLeay，R.C.，Whitington，T.，Noble，W.S.and Bailey，T.L。（2012）。用于鉴定活性转录因子结合位点的表观遗传学先验。 Bioinformatics 28（1）：56-62。
de Vries，S.J.，van Dijk，A.D.，Krzeminski，M.，van Dijk，M.，Thureau，A.，Hsu，V.，Wassenaar，T.and Bonvin，A.M。 HADDOCK与HADDOCK：HADDOCK2.0在CAPRI目标上的新功能和性能。蛋白 69（4）：726-733
Guex，N.和Peitsch，MC（1997）。 SWISS-MODEL和Swiss-PdbViewer：比较蛋白质建模的环境。 18（15）：2714-2723。
Jackson，R.M.，Gabb，H.A。和Sternberg，M.J。（1998）。快速完善包含溶剂化的蛋白质界面：应用于对接问题。 J Mol Biol 276（1）：265-285。
Pique-Regi，R.，Degner，J.F.，Pai，A.A.，Gaffney，D.J.，Gilad，Y.and Pritchard，J.K。（2011）。从DNA序列和染色质可及性数据精确推断转录因子结合。 Genome Res 21（3）：447-455。
Rose，PW，Beran，B.，Bi，C.，Bluhm，WF，Dimitropoulos，D.，Goodsell，DS，Prlic，A.，Quesada，M.，Quinn，GB，Westbrook，JD，Young， Yukich，B.，Zardecki，C.，Berman，HM和Bourne，PE （2011）。 RCSB蛋白质数据库：重新设计的网站和网络服务。 Acids Res 39（数据库问题）：D392-401。
Schones，D.E.，Smith，A.D.and Zhang，M.Q.（2007）。顺式调节模块的统计显着性。 BMC生物信息学 8：19.
Song，L.，Zhang，Z.，Grasfeder，LL，Boyle，AP，Giresi，PG，Lee，BK，Sheffield，NC，Graf，S.，Huss，M.，Keefe，D.，Liu，这些研究结果表明，这些研究结果表明，这些研究结果表明，这些研究结果表明， Crawford，GE，Lieb，JD和Furey，TS（2011）。由DNaseI和FAIRE定义的打开染色质可识别形成细胞类型身份的调节元件。 Genome Res 21（10）：1757-1767。
Visegrady，B.，Than，N.G.，Kilar，F.，Sumegi，B.，Than，G.N。和Bohn，H。（2001）。人类胎盘组织蛋白13（galectin-13）的同源建模和分子动力学研究。 Protein Eng 14（11）：875-880。
Wang，G。和Dunbrack，R.L.，Jr。（2003）。 PISCES：蛋白质序列剔除服务器。 Bioinformatics 19（12）：1589-1591。
Xu，B.，Yang，Y.，Liang，H.and Zhou，Y。（2009）。蛋白质-DNA穿线，接合诱饵辨别和预测的全原子基于知识的能量函数的转录因子结合谱。蛋白 76（3）：718-730。
Xu，B.，Schones，D.E.，Wang，Y.，Liang，H.and Li，G。（2013）。基于结构的转录因子结合位点识别策略。 PLoS One 8（1）：e52460。