摘要:染色质松紧状态会影响基因的表达水平,染色质修饰因子及转录因子可以与相关 基因的启动子区域相结合,通过ChIP (Chromatin immunoprecipitation) 以及qPCR 可以检测其相互作用 (Yao等,2018)。
关键词: 果蝇, 脂肪体, 染色质免疫沉淀
材料与试剂
- 移液枪头
- 离心管
- (可选) 过滤除菌器
- 果蝇三龄幼虫
- 多聚甲醛
- 125 mM甘氨酸
- RNase A
- 蛋白酶K (20 mg/ml)
- 琼脂糖珠子
- PMSF
- Protease Inhibitor Cocktail (Roche)
- IgG (BioSS)
- 抗体 (根据实验需要)
- PCR纯化试剂盒 (QIAGEN)
- (可选) 无水乙醇
- LiCl
- NP-40
- Sodium deoxycholate
- EDTA
- Tris-HCl, pH 8.0
- SDS
- NaCl
- Triton X-100
- KCl
- Na2HPO4
- KH2PO4
- RIPA裂解液 (见溶液配方)
- RIPA缓冲液 (含350 mM NaCl) (见溶液配方)
- 1× PBS缓冲液 (见溶液配方)
- TEL缓冲液 (见溶液配方)
- TE缓冲液 (见溶液配方)
- 洗脱缓冲液 (见溶液配方)
仪器设备
- 移液枪
- 震荡仪
- 超声破碎仪
- 冷冻离心机
- -80 °C冰箱
- -20 °C冰箱
- 旋转摇床
- 金属浴锅
- 高压蒸汽灭菌
实验步骤
本实验流程如下:
- 样品制备
- 染色质免疫沉淀
溶液配方
- RIPA裂解液 (不含抑制剂)
50 mM Tris-HCl, pH 7.4
1 mM EDTA
0.1% sodium deoxycholate
0.1% SDS
150 mM NaCl
1% Triton X-100 - RIPA缓冲液 (含350 mM NaCl但不含抑制剂)
50 mM Tris-HCl, pH 7.4
1 mM EDTA
0.1% sodium deoxycholate
0.1% SDS
350 mM NaCl
1% Triton X-100 - 1× PBS缓冲液
137 mmol/L NaCl
2.7 mmol/L KCl
10 mmol/L Na2HPO4
2 mmol/L KH2PO4
用800 ml蒸馏水溶解8 g NaCl,0.2 g KCl, 1.44 g Na2PHO4,和0.24 g KH2PO4。用HCl调节溶液的pH值至7.4,加水至1 L。分装后在15 psi (1.05 kg/cm2) 高压蒸汽灭菌20 min,或过滤除菌,室温保存 - TEL缓冲液
0.25 M LiCl
1% NP-40
1% sodium deoxycholate
1 mM EDTA
10 mM Tris-HCl, pH 8.0 - TE缓冲液
10 mM Tris-HCl, pH 8.0
1 mM EDTA - 洗脱缓冲液
10 mM Tris-HCl, pH 8.0
1 mM EDTA
1% SDS
250 mM NaCl
参考文献
- Yao, Y., Li, X., Wang, W., Liu, Z., Chen, J., Ding, M. and Huang, X. (2018). MRT, functioning with NURF complex, regulates lipid droplet size. Cell Rep 24(11): 2972-2984.
Copyright: © 2019 The Authors; exclusive licensee Bio-protocol LLC.