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远缘袖蝶属杂交和基因渗入的研究方法
The Research Methods to Detect Hybridization and Introgression in the Heliconius Butterflies
Authors:  曾华张蔚 and date: 06/30/2021, view: 3869, Q&A: 0
... 其研究难点在于区别基因渗入与不完全谱系分选。 本研究方法利用进化基因组学理论和最新技术，整合系统发生和群体遗传方法，在非模式动物南美袖蝶远缘种间建立了一套分析流程，能够鉴定得到局部的基因渗入片段并判断 其方向，且能够有效区分基因渗入和不完全谱系分选 基因组范围内帕特森D统计量和f normal;">d统计量示意图normal;">为了排除由于不完全谱系分选造成的假阳性信号，计算类群之间的序列绝对分
物种树构建后的基因渗入检验方法
Methods of Detecting Introgression after Species-tree Construction
Authors:  丁颖纪繁迪, 黄华腾 and date: 02/10/2022, view: 9291, Q&A: 1
... 基因渗入和不完全谱系分选都会增加数据内部的异质性—不同基因有不同的谱系分化历史。当两者在物种分化历史中同时存在时，基于溯祖模型的物种树方法可能会出现错误 (Blair and Ané, 2020)。 比如，物种快速分化导致的不完全谱系分选 (incomplete lineage sorting, ILS) 可以使不同基因谱系分化历史不同 (Maddison, 1997)；碱基替换模型的错配可以导致基因树估计误差 物种只有一个谱系
基于转录组数据和短序列测序的系统发育研究方法
Phylogenomics based on transcriptomics and short-read sequences
Authors:  蒙冠良周程冉, 刘山林, 周欣 and date: 09/10/2021, view: 10239, Q&A: 0
... 这种方法可以减少基因数据缺失或者不完全谱系分选对构树结果造成的偏差。并联建树得到的进化树枝长以溯祖单位 (coalescent unit) 表示。 同时，目前已经有多种工具可以实现对基因渐渗或不完全谱系分选事件的鉴定，如基于基因组的窗口序列信息的ABBA-BABA test (D statistics) (Kulathinal et al., 2009 计算以全部核基因树为背景时的拓扑结构支持度，可以利用ASTRAL (Mirarab et al., 2014) 计算normal
DNA条形码算法及软件开发
Algorithms and Software Development of DNA Barcoding
Authors:  张爱兵杨炳, 王瑛, 杨采青 and date: 10/15/2021, view: 4553, Q&A: 0
... 3.3物种非单系性对 DNA 条形码识别的影响 由于线粒体基因在细胞内属于单链、环状、多拷贝基因，并遵循母系遗传规律，其內禀的杂交渐渗 (introgressive hybridization) 和不完全谱系分选 3)其他注意事项a)BOLD 数据库和 GenBank 在条形码数据上会有交集，但是识别结果不完全一致。 利用 Perl