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A Bioinformatics Pipeline for Whole Exome Sequencing: Overview of the Processing and Steps from Raw Data to Downstream Analysis
全外显子组测序的生物信息学分析流程:从原始数据处理到下游分析的步骤概述
Authors:
Narendra Meena
Praveen Mathur
,
Krishna Mohan Medicherla
,
Prashanth Suravajhala
and
date:
04/20/2018,
view:
32125,
Q&A:
0
... 在这个协议中,我们讨论了从质量检查到变量
分析
的详细
步骤
,使用WES管道将它们与存储的公共NGS数据进行比较,并调查每个
步骤
中使用的不同技术,算法和软件工具。 ... ?/ samtools index sample1.sorted.bam 堆积所有样本: Samtools mpileup
步骤
用于
分析
所有样本中的多个样本,从而覆盖所有可映射的读取。
Metagenomic Protocol (From Quality Control to Mapping) for Metagenome-assembled Genomes Using Anvi’o
基于Anvi'o宏基因组组装的宏基因组方案(从质量控制到绘图)
Authors:
Soumyadev Sarkar
Tanner Richie
,
Sonny T. M. Lee
and
date:
05/20/2023,
view:
481,
Q&A:
0
... 此外,用户还可以设置多个独立
分析
步骤
的并行化。 Anvi'o 通过直接将原始输入转换为数据产品,规避了复杂的计算需求和资源需求,可以通过 Anvi'o 交互界面轻松进行
分析
。 ... 案例
分析
A. 输入数据Anvi'o工作流程可帮助用户:1.简化 组学数据
分析
的标准重复
步骤
,如组装、映射、映射结果
分析
、功能/分类注释以及以可扩展形式生成Anvi'o数据库。2.