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GATK Variant Discovery Pipeline
GATK变异发现分析流程
Authors:  Cheng HeSanzhen Liu and date: 09/20/2024, view: 358, Q&A: 0
... 在这里，我们介绍了一种基于软件基因组分析工具包 (GATK) 的广泛使用的变异发现流程。该流程使用全基因组测序 (WGS) 数据作为输入，包括读取映射、变异调用和变异过滤过程。 ... 基因组分析工具包：用于分析下一代 DNA 测序数据的 MapReduce 框架。基因组研究20(9): 1297-1303。 步骤 5：GATK 短变异调用 GATK
超级保守元件 (UCE) 的捕获及分析流程
Protocols of UCE Capture and Data Analysis
Authors:  梁雅迪赖佳星, 高晓荣, 王耀卓, 张俊霞 and date: 06/11/2021, view: 6262, Q&A: 0
主要流程包含原始数据质控与筛选、数据组装、UCE序列的识别和提取、序列比对和数据集质控、系统发育分析 (图1)。目前用于系统发育基因组学分析的软件很多，在此仅对我们比较常用的方法进行简单介绍。 本文从超级保守元件 (UCE) 的探针设计、杂交富集实验和数据分析三个方面详细介绍了UCE方法的主要流程，以帮助大家了解和掌握这一方法。 针对UCE数据开发了PHYLUCE软件包 (Faircloth, 2016)，并提供了在线指南详细说明UCE数据的分析流程和方法 (https
蚯蚓的野外采集、标本制作和群落分析流程
Protocols of Field Collection, Specimen Preparation and Community Analysis of Earthworms
Authors:  刘满强胥毛刚, 孙静, 王定一, 祁小旭, 蒋际宝, 胡锋 and date: 11/05/2022, view: 3246, Q&A: 0
综上，针对蚯蚓群落野外调查、标本制作和群落分析流程的迫切需求，本文基于前人的研究和研究团队多年的蚯蚓调查实践经验，总结完善了蚯蚓研究方法的基本流程。 准确的野外调查取样、室内标本制作与保存、蚯蚓物种鉴定流程、数据统计与分析技术是提高蚯蚓群落数据可靠性的关键。 考虑到当前蚯蚓采集、标本制作与保存及鉴定都缺乏专业技术人才，亟需规范蚯蚓群落野外调查与室内分析技术，促进科研工作者和技术员及时了解蚯蚓群落调查技术流程。 因此，这对蚯蚓的采样调查和分析技术提出了较
基于微生物成分数据的差异zOTU分析流程
Workflow for Discriminative zOTU Analysis Based on Compositional Data
Authors:  焦金真张小丽, 王敏, 谭支良 and date: 04/27/2021, view: 5360, Q&A: 0
本流程最大的优势是可以极大程度降低测序深度对分析的影响程度，使得分析结果更准确可信。表1. 分析策略一般而言，微生物16S rRNA扩增子的分析流程是从将测序序列数归一到同一测序深度，即Normalization开始的 (表1)。 差异zOTUs的物种注释结果致谢感谢国家自然科学基金委青年项目 (31601967) 对本分析流程的资助。本试验方案内容改编于Gloor et al. (2017) 开发的流程，特此致谢。 微生物数据
微卫星标记的开发和数据分析流程
Protocol for Development, Genotyping and Data Analysis of Microsatellite Maker
Authors:  杨方园巫鹏翔 and date: 05/11/2021, view: 6730, Q&A: 0
这里我们以NCBI下载的参考基因组为例，介绍微卫星标记的开发流程。对于其他序列数据集，方法是类似的。1.1从NCBI搜索并下载fasta格式的参考基因组序列。 微卫星数据载入R语言环境 R语言提供了丰富的工具包，能够执行几乎所有的微卫星数据分析。 5.2从左到右依次操作：指定每个位点的重复单元类型-输入预期最大等位基因-检查异常值-分析。注意，MISS值，即000，也会被识别为错误，点击Analyse后忽略即可。 将它复制并保存到一个新建的文本中即可用于下游分析。4.3可以使用PGDSpider (Lischer and
易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程
EasyAmplicon: An Easy-to-use, Reproducible and Cross-platform Pipeline for Amplicon Analysis
Authors:  刘永鑫陈同, 周欣, 白洋 and date: 04/27/2021, view: 9536, Q&A: 1
，首先完成全部流程分析，以确定流程部署成功。 实验步骤开始新项目分析前，我们需要在项目目录 (如c:/test) 中准备三类起始文件：1. EasyAmplicon流程中复制分析流程文件 (pipeline.sh)；2. 此外，如果要开展PICRUSt和Bugbase功能预测分析，还需要使用GreenGenes数据库13.5中按97%聚类的OTU序列 (己保存于流程gg目录中97_otus.fas ta.gz)。 download/#
随机宏基因组测序数据质量控制和去宿主的分析流程和常见问题
Analysis Pipeline and Frequently Asked Questions of Quality Control and Host Removal in Shotgun Metagenomic Sequencing
Authors:  刘永鑫刘芳, 陈同, 白洋 and date: 12/10/2020, view: 10026, Q&A: 0
宏基因组测序数据分析流程演示视频和讲解 实验步骤开始分析前，我们应处于项目所在目录(如meta_preprocess)，并启动软件所在的Conda环境。 此分析流程在最近发表的综述中被提及(刘永鑫等，2019; Liu等，2020)。感谢西北农林科技大学席娇、西湖大学张国庆对本文的修改提出宝贵建议。 另外，将整个分析流程的软件存放在虚拟环境并放置在指定目录下，不用时可以轻松移除，不会对系统产生任何影响。 Conda安装相关软件，-y默认同意直接安装，不再提示是否确认。
An Analysis Pipeline for Identification of RNA Modification, Alternative Splicing and Polyadenylation Using Third Generation Sequencing
使用第三代测序鉴定 RNA 修饰、可变剪接和多聚腺苷酸化的分析流程
Authors:  Yuxiang LiufuXuqing Liu, Lin Wu, Hangxiao Zhang, Yubang Gao, Lianfeng Gu and date: 06/05/2022, view: 1388, Q&A: 0
... 纳米孔直接 RNA 测序，PacBio Iso-Seq，RNA 修饰， N 6 -甲基腺苷，选择性剪接，选择性多聚腺苷酸化图文摘要：基于第三代测序技术的RNA修饰、选择性剪接和选择性多聚腺苷酸化鉴定流程图 ... FASTQ 可用于下游 AS 和 APA 分析。在Tombo分析期间，来自碱基识别过程的信息被添加到FAST5 。4. 将多个 ti-fast5 文件传输到单个
A Bioinformatics Pipeline for Whole Exome Sequencing: Overview of the Processing and Steps from Raw Data to Downstream Analysis
全外显子组测序的生物信息学分析流程：从原始数据处理到下游分析的步骤概述
Authors:  Narendra MeenaPraveen Mathur, Krishna Mohan Medicherla, Prashanth Suravajhala and date: 04/20/2018, view: 31949, Q&A: 0
... 我们相信我们的管道形式的协议可供有兴趣对遗传疾病和任何临床表型进行WES分析的研究人员使用。【背景】新一代测序（NGS）技术为快速测序工作铺平了道路，以分析大量样品。 ... 在我们的流程中，我们使用了FastQC（缺省值为Phred =