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16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状
The Application Status of Commonly Used Software and Database in 16S Amplicon Analysis
Authors:  杨潇瀛张浩林, 韩莹莹, 翁强, 袁峥嵘 and date: 04/23/2021, view: 9766, Q&A: 0
... PICRUSt2可以使用OTUs或ASVs直接进行功能预测，并且一条命令即可完成全部分析，数据库也扩大了10倍，使得使用扩增子数据进行功能预测的精确性更高。 因而现已开发出多种可用软件包来预测菌群潜在的功能信息，这种预测的原理是将16S rDNA序列或分类信息与文献中的功能描述联系起来 (Liu et al., 2020)。 1.3功能预测软件 通常情况下，扩增子分析只能获得菌群分类组成的信息，而功能
全球微生物组整体结构和功能的搜索
Taxonomic and Functional Search of Global Microbiomes on the Whole-Microbiome Level
Authors:  赵丰洋李坚, 荆功超, 苏晓泉 and date: 04/29/2021, view: 3383, Q&A: 0
OTU文件格式#OTU_IDCount108253941210234773229517111641.216S扩增子的KO功能预处理 16S扩增子序列推荐使用Parallel-Meta 3进行功能预测。 搜索样本来源环境预测结果 图2C为根据匹配结果的来源环境及相似度 (即图2A中内容) 对搜索样本的环境预测结果以及概率。 WGS序列推荐使用HUMAnN 2进行KO功能解析。 搜索样本来源环境预测结果搜索匹配结果列表 如图2A所示，其中：第一列为匹配样本的数据库样本ID，
易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程
EasyAmplicon: An Easy-to-use, Reproducible and Cross-platform Pipeline for Amplicon Analysis
Authors:  刘永鑫陈同, 周欣, 白洋 and date: 04/27/2021, view: 9477, Q&A: 1
... 此外，如果要开展PICRUSt和Bugbase功能预测分析，还需要使用GreenGenes数据库13.5中按97%聚类的OTU序列 (己保存于流程gg目录中97_otus.fas ta.gz)。 此处采用vsearch的 --usearch_global命令比对扩增子数据至GreenGenes数据库即可获得有参分析的特征表 (gg/otutab.txt)，该结果可作为主流功能预测软件的输入文件开展分析 sed -i 's/(//g;s/)//g;s/\"//g;s/\#//g;s/\/Chlorop
基于二代测序的真菌基因组组装和注释
Assembly and Annotation of Fungal Genome Based on Illumina Sequencing
Authors:  马紫英吴琦, 周欣, 李宽, 蔡磊 and date: 03/25/2021, view: 8026, Q&A: 0
... 根据预测结果中的蛋白序列和蛋白质数据库进行比对的结果，完成相应的功能注释。 ，我们已经获得了 (1) 目标物种的基因组信息，(2) 蛋白序列和CDS序列及其在基因组上的位置，(3) 大部分基因的功能预测，这些结果都为后续的个性化分析和深入研究如基因组共线性、同源蛋白分析、进化树构建 evalue值和-outfmt输出结果格式可根据课题需要自行调整，结果中每个蛋白的详细信息可查询官网：https://www.uniprot.org/十一、 下游分析 通过以上的基因组组装、基因预测和
使用Meta-Apo对16S扩增子的微生物组功能信息进行校正
Calibration of 16S-amplicon-based microbiome function by Meta-Apo
Authors:  张明乾张文科, 荆功超, 苏晓泉 and date: 06/01/2021, view: 3455, Q&A: 0
由于已经优化了映射模型f，使得从16S rRNA基因预测的功能丰度和来自WGS的真实的功能丰度之间的差异最小化，因此Meta-Apo可以将16S扩增子样本的预测功能谱校准为WGS的水平。 Meta-Apo使用15个配对样本进行训练，将16S扩增子样本的预测功能谱与WGS样本的预测功能谱进行比对，从而使校正的功能谱的PC1和PC2比原始的未校正的16S扩增子样品更接近WGS样品。 Meta-Apo使用15个配对样本进行
使用QIIME 2 2025.4分析微生物组16S rDNA基因和ITS扩增子测序数据
Using QIIME 2 2025.4 to Analyze Microbiome 16S rDNA Gene and ITS Amplicon Sequencing Data
Authors:  杨海飞曾美尹, 高云云, 陈同, 刘永鑫 and date: 08/01/2025, view: 2571, Q&A: 1
... q2-picrust2插件（功能预测） 用于运行 PICRUSt2 管道，以获得基于 16S 数据的 EC、KO 和 MetaCyc 通路预测[21]。 功能预测 创建临时目录并设置环境变量mkdir -p ~/tmp/qiime2_picrust2_temp export TMPDIR=~/tmp/qiime2_picrust2_temp 运行SEPPqiime 、ko_metagenome. qza-KO宏基因组预测和pathway_abundance.qza-MetaC
有瓣蝇类野外采集与标本制作、保存、鉴定方法 及分子系统学研究
Collection, Preparation, Preservation, Identification and Molecular Phylogenetics of Calyptratae (Diptera: Schizophora)
Authors:  张东闫利平, 李心钰, 孙浩然, 徐雯恬 and date: 11/11/2021, view: 2200, Q&A: 0
... 4.2系统发育基因组 系统发育基因组学 (Phylogenomics) 最早由Eisen (1999)
野生动物微生物组数据平台构建的技术方法和实践挑战
Technical Frameworks and Practical Challenges in Developing Wildlife Microbiome Databases
Authors:  王恺毅杨蕊菁, 李雨霏, 赵李頔涵, 闫利平, 王海燕, 高云云 and date: 02/05/2026, view: 97, Q&A: 0
... 通过对大规模元数据和功能注释结果进行模式挖掘，平台可以在宿主-微生物互作、功能预测和疾病风险评估等方面提供智能化推断与辅助决策。 交互功能设计：需要包含可提供多条件筛选的样本检索功能；支持交互式地图的空间分布，允许用户通过绘制区域选择样本；并提供缩放、筛选、导出功能等动态可视化。 d. CRAMdb [18] 则在动物微生物组成与功能的整合方面表现突出，能够支持跨研究的功能富集分析，但野外样本覆盖不足，程序化访问能力有限。 除了数据检索与地图