基因组系统树的搜索结果

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Extraction of Orthologs from Genome-Sequencing Data for Phylogenetic Analysis
从基因组测序数据中提取直系同源基因用于系统发育分析
Authors:  Guan PangFeng M. Cai and date: 06/05/2024, view: 592, Q&A: 0
... 因此，除了树构建方法的准确性之外，系统发育基因组树的可靠性在很大程度上还取决于同源性的质量，即确定基因组内和基因组之间的旁系同源物和直系同源物 [5]。 ... 系统基因组学和生命之树的重建。Nat Rev Genet。6 (5): 361–375。 图 5显示了带注释的树的示例。使用当前协议获得的结果显示，测试的真菌具有与之前发表的结果类似的稳健的系统基因组学关系 [9,
基于16S rRNA基因和基因组序列对细菌物种的初步鉴定
Preliminary Identification of Bacterial Species Based on 16S rRNA Gene and Genomic Sequence
Authors:  刘庆辛玉华, 东秀珠 and date: 04/22/2021, view: 8684, Q&A: 1
6.2基于基因组的系统发育树构建 本文以UBCG工具为例，构建基于基因组序列的系统发育树。 基于核心基因组的系统发育树如图10所示。图10. Cryobacterium spp. 基于91个单拷贝持家基因的系统发育树 C. mesophilum MSL-15T设置为外群。 本文利用上述Cryobacterium数据为例，构建基于16S rRNA基因序列和全基因组序列的系统
Dynamic Meta-Storms算法：基于物种水平的生物分类学和系统发育信息对宏基因组进行全面比较
Dynamic Meta-Storms: comprehensive taxonomic and phylogenetic comparison of shotgun metagenomes at the species level
Authors:  张玉凤荆功超, 陈俞竹, 徐健, 苏晓泉 and date: 01/10/2021, view: 4332, Q&A: 0
DMS内置的分类信息和系统发育树同样也适用于由mOTUs、Kraken等其他软件得出来的宏基因组物种信息。同时，DMS也支持用户自定义的生物分类信息和系统发育树 (详见实验步骤3.2) 。 最终，通过遍历树的所有结点得到样本间整体相似度 (图1) 。 如图1所示，有两个宏基因组样本S1和S2，它们的系统发育树是典型的二叉树，其中有三个物种X，Y，Z及每个物种的比例。 3.2基于用户自定义的系统发育