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Maize Genome Assembly with PacBio Reads
利用PacBio Reads组装玉米基因组
Authors:  Ying HuMarcio F. R. Resende Jr. and date: 07/05/2022, view: 1041, Q&A: 0
... 这种方法以前用于甜玉米基因组组装(Hu et al ., 2021)。 在这个协议中,我们描述了一个分步管道,使用Canu组装具有 PacBio 长读取的玉米基因组,并使用 Arrow 和ntEdit抛光基因组。 ... 基因组组装为了进行玉米基因组组装,我们提供了用于甜玉米基因组组装的Canu版本 1.8 的说明(Hu et al .,
The Canu Genome Assembly Pipeline Using Nanopore Long Reads
使用 Nanopore Long Reads 的 Canu 基因组组装流程
Authors:  Guifang LinSanzhen Liu and date: 09/05/2022, view: 1566, Q&A: 0
... 该管道已被证明可以生产高质量的真菌和植物基因组基因组组装。图形摘要: 从原始数据到基因组组装的流程图。
高质量基因组组装
High-Quality Genome Assembly
Authors:  王忠凯黎浩榕, 李永鑫 and date: 08/25/2021, view: 8608, Q&A: 0
相比于传统的基因组组装方法,基于染色质交互作用组装基因组的策略能够实现染色体水平的基因组组装。其具有实验操作简易、实验和时间成本较低、准确性及分辨率高等特点。 混合组装作为BioNano重要的一步,可以发现基因组组装结果中不正确的部分,从而提高基因组的准确性。 但是请注意,当前release的版本只能进行小于3.5G的基因组组装,大基因组组装版本
Metagenomic Protocol (From Quality Control to Mapping) for Metagenome-assembled Genomes Using Anvi’o
基于Anvi'o宏基因组组装的宏基因组方案(从质量控制到绘图)
Authors:  Soumyadev SarkarTanner Richie, Sonny T. M. Lee and date: 05/20/2023, view: 375, Q&A: 0
... Anvi'o促进宏基因组数据的质量控制、映射、组装和手动精炼(Eren等人, 2015 年) 。 Anvi'o
Visualizing, Binning, and Refining of Metagenome-assembled Genomes (MAGs) with Anvi’o
利用Anvi'o对元基因组组装的基因组(MAG)进行可视化、分档和提炼
Authors:  Soumyadev SarkarTanner Richie, Sonny T. M. Lee and date: 05/20/2023, view: 741, Q&A: 0
... 然后,我们使用数据集可视化并执行宏基因组组装基因组 (MAG) 的手动分箱和细化。 Anvi'o 具有易于使用的界面,还可以帮助用户及时测试和实施研究想法。 ... 使用深度变分自动编码器改进宏基因组分箱和组装。 国家生物技术39(5):555-560。Quince, C. 此后,我们将 Bin_34 重命名为宏基因组组装基因组 (MAG)。图 4B
Efficient Assembly of Large Multiplex CRISPR/Cas9 Guide Arrays for Maize Genome Editing
用于玉米基因组编的大型多重CRISPR/Cas9向导阵列的组装
Authors:  Jarrett ManMadelaine E. Bartlett and date: 05/05/2019, view: 6245, Q&A: 0
... 接下来,将这三个0级部分组装在一起以制备靶向独特基因组基因座的单个1级基因。具有独特引导间隔物的多个1级基因平行构建,然后组装在一起以形成2级多重阵列。 ...
基于二代全基因组测序的快速基因组组装技术流程
Technical Process of Rapid Genome Assembly Based on NGS Whole-genome Sequencing
Authors:  杜诗雨丁银环, 张峰 and date: 07/15/2021, view: 6612, Q&A: 1
组装 (Contig水平组装):Contig组装基因组组装的第一步,也是非常重要的一步,在实际组装过程中可以根据具体的要求选择不同的组装软件进行基因组组装。 实验步骤该流程主要指基于二代全基因组测序的原始数据进行快速基因组组装。可以分为三个过程:数据获取、基因组组装基因组完整性评估,具体操作流程如图1所示。图1. 二、