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基于微生物成分数据的差异zOTU分析流程
Workflow for Discriminative zOTU Analysis Based on Compositional Data
Authors:  焦金真张小丽, 王敏, 谭支良 and date: 04/27/2021, view: 5373, Q&A: 0
.*** (zOTU在各个样品的CLR值)；diff.btw (zOTU在两组间的中位数差异)；diff.win ，每个zOTU (zOTU在组内Dirichlet instances的中位数差异)；effect 最后，在筛选差异微生物 (如差异zOTU) 时，与主流流程通过LEfSe、DESeq2等不同的是，基于成分数据的差异zOTU分析是通过R包中的ANCOM和ALDEx2等来实现的 (Gloo
易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程
EasyAmplicon: An Easy-to-use, Reproducible and Cross-platform Pipeline for Amplicon Analysis
Authors:  刘永鑫陈同, 周欣, 白洋 and date: 04/27/2021, view: 9574, Q&A: 1
... 此处-unoise3去噪结果默认前缀为Zotu，我们修改为主流使用的ASV。 我们根据特征表统计结果，将选择合适的参数对特征标进行等量重抽样方式的标准化，以减小由于样本测序量不一致引起的多样性差异，可实现更准确地多样性分析。 usearch -unoise3 temp/uniques.fa -zotus temp/zotus.fa sed 's/Zotu/ASV cat result/md5sum.txtSTAMP和LEfSe软件输入文件准备 STAMP是常用的图型