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易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程
EasyAmplicon: An Easy-to-use, Reproducible and Cross-platform Pipeline for Amplicon Analysis
Authors:  刘永鑫陈同, 周欣, 白洋 and date: 04/27/2021, view: 9477, Q&A: 1
扩增子分析中特征序列有可操作分类单元 (OTUs) 或扩增序列变体 (ASVs)。 宏基因组公众号团队建立了微生物组领域的扩增子和宏基因组常用软件和数据库的国内备份站点，方便同行下载和使用。站点1. 典型扩增子测序双端序列合并结构图引物切除和质量控制 采用等长的方式切除引物，引物外侧如果有标签 (Barcode)，标签的长度需要计算在内 (图1)。 类似于按100%的序列相似度聚类，或不聚类的方法，详见方法原始文献 (Edgar and Flyvbjerg, 2015) 或宏基因组公众号推文《扩增子分析还聚OTU就真OUT
混合分子标记扩增子高通量测序方案
A Mixed Molecular Marker Amplicon Sequencing Scheme Based on High Throughput Sequencing Platform
Authors:  李佳璇张圆, 梁丹, 张鹏 and date: 01/25/2021, view: 5204, Q&A: 0
(目标扩增子的选择可参考研究背景中列出的适用于不同生物类群的分子标记工具箱)，随后再按照: 扩增子混合，DNA片段化，样本特异性标签连接，多样本混合和片段筛选，文库构建和高通量测序共五个步骤，实现混合分子标记扩增子的高通量测序 二、 扩增子混合 (参考图1步骤1) 为了简化实验操作流程，降低实验劳动强度，本方法并没有对每个PCR产物进行单独纯化，而是直接等体积混合同一物种不同的PCR产物，对于无可见条带或有非特异性扩增条带的PCR partitionfinder/releases/tag/v2.1.1 ASTRAL 5.7
基于扩增子数据的系统发育树的构建和展示
Construction and Display of Phylogenetic Tree Based on Amplicon Data
Authors:  周欣马紫英, 祁智慧, 刘永鑫, 蔡磊 and date: 03/25/2021, view: 7866, Q&A: 5
该流程展示了一套完整的扩增子数据构建系统发育树操作步骤，以帮助研究者学习和掌握接近发表质量要求的系统发育树图的构建方法。 Edgar开发的一款超快的扩增子数据分析软件，该软件在序列比对、原始数据质控、OTU聚类、多样性分析等多领域广泛应用 (Edgar, 2013)。
16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状
The Application Status of Commonly Used Software and Database in 16S Amplicon Analysis
Authors:  杨潇瀛张浩林, 韩莹莹, 翁强, 袁峥嵘 and date: 04/23/2021, view: 9766, Q&A: 0
一般情况下，16S扩增子分析只能得到菌群分类组成上的信息，但由于PICRUSt、Tax4Fun、FAPROTAX、BugBase等预测软件的出现，使得通过扩增子数据获得物种功能信息变成可能。 为此本文综述了在16S扩增子分析中常用的软件以及数据库，总结了其优缺点以供初学人员参考选择。 1.3功能预测软件 通常情况下，扩增子分析只能获得菌群分类组成的信息，而功能信息由宏基因组研究较为准确。 以上对16S扩增子分析常用软件和数据库的介绍，以期为初学者了解该领域研究现状及数据分析处理方法提供帮助。
使用Meta-Apo对16S扩增子的微生物组功能信息进行校正
Calibration of 16S-amplicon-based microbiome function by Meta-Apo
Authors:  张明乾张文科, 荆功超, 苏晓泉 and date: 06/01/2021, view: 3455, Q&A: 0
通过对少量成对的WGS：16S扩增子样本进行训练来校正微生物组扩增子样本的预测功能图谱前期工作中，通过比较WGS和16S扩增子测序方法得出的功能谱，两种方法得到的WGS与16S扩增子之间距离高度相关 ( Meta-Apo仅使用少量的WGS:16S扩增子配对数据 (即每一个样本都分别进行WGS和16S扩增子测序) 用作训练集 (如，15对训练样本)，Meta-Apo就可以为大规模16S扩增子样本 (如，数千例样本 Meta-Apo使用15个配对样本进行训练，将扩增子
使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据
Using QIIME 2 to Analysis Amplicon Sequencing of 16S rRNA Gene in Microbiome
Authors:  刘永鑫陈同, 钱旭波, 白洋 and date: 04/25/2021, view: 17777, Q&A: 3
生成特征表和代表序列 DADA2是基于R语言编写的扩增子分析流程，可以实现扩增子序列去除测序噪音、错误和嵌合体，并挑选扩增序列变体 (amplicon sequence variant, ASV) 和生成特征表 宏基因组公众号团队建立了微生物组领域的扩增子和宏基因组常用软件和数据库的国内备份站点，方便同行下载和使用。站点1. 扩增子差异分析也经常在属水平进行，结果有名称更利于与专业知识结合进行生物学意义的讨论和规律发现。下面演示按属水平合并，并采用ancom统计。 外部导入特征表和代表序列 其他常用扩增子
使用QIIME 2 2025.4分析微生物组16S rDNA基因和ITS扩增子测序数据
Using QIIME 2 2025.4 to Analyze Microbiome 16S rDNA Gene and ITS Amplicon Sequencing Data
Authors:  杨海飞曾美尹, 高云云, 陈同, 刘永鑫 and date: 08/01/2025, view: 2571, Q&A: 1
通过以上步骤，本方案不仅能够高效完成扩增子数据的标准化处理，还为研究者提供了直观的结果可视化和交互式探索工具。 凭借成本低、特异性强、操作简便等优势[7]，扩增子分析已被广泛应用于环境微生物监测、医学微生物学、农业科学等多个领域[8]。 本研究旨在提供一套基于 QIIME 2 2025.4 版本的标准化实验方案，针对微生物组 16S rDNA 基因扩增子测序数据的处理与分析。 在微生物组研究中，扩增子分析作为一种高效且经济的技术，因其特定基因片段（如16S rDNA）进行分析的特性，在揭示微生物群落结构和多样性方面表现尤为
Marker Genes (16S and ITS) Protocol for Plant Microbiome Analyses
植物微生物组分析的标记基因（16S 和 ITS）实验方法
Author:  Geoff Zahndate: 04/20/2022, view: 1506, Q&A: 0
... 通常，这些数据是通过对 16S（用于细菌）或 ITS（用于真菌）扩增子进行测序而获得的，这些扩增子已使用特定样本的条形码进行标记。 ... 输入文件是原始扩增子读取的fastq文件。输出文件已修剪掉适配器。B. 提取 ITS 区域（仅限真菌）此步骤仅适用于真菌扩增子，但如果您使用真菌，此时我们提取感兴趣的 ITS
水稻根系微生物组研究中的样本种植、取样和16S rRNA 基因扩增子文库制备方法
Planting, Sample Collection and Library Preparation of 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing for Rice Root Microbiomes
Authors:  徐浩然张婧赢, 郭晓璇, 曲宝原, 刘永鑫, 白洋 and date: 04/27/2021, view: 4531, Q&A: 1
材料与试剂 Parafilm封口膜 (Bemis, catalog number: PM-996) 50 ml离心管 (BD Falcon, catalog number: 352070) 滤纸 (SEP, catalog number: DXLZ11F) 微量离心管 (1.5, 2, 5 ml; Eppendorf, catalog number: 0030125150, 30123344, 30119401) 移液器枪头 (nuclease-free, 10, 200, 1000 μl; Axygen, catalog number: T-300, T-200-Y, T-1000-B) 9