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16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状
The Application Status of Commonly Used Software and Database in 16S Amplicon Analysis
Authors:  杨潇瀛张浩林, 韩莹莹, 翁强, 袁峥嵘 and date: 04/23/2021, view: 9766, Q&A: 0
2.2Greengenes：是16S rRNA专用数据库，虽然自2013年之后没有再更新，但成为QIIME推荐数据库，PICRUSt1和BugBase也基于该数据库 (McDonald et al., Tax4Fun与PICRUSt的区别主要有两方面：一是数据库差异，Tax4Fun是基于SILVA数据库，而PICRUSt是基于Greengenes数据库；二是测序原理的差异，PICRUSt中一定比例OTU 16S扩增子分析常用数据库2.1SILVA：源于拉丁文，是一个最全
高通量质谱数据库建立及应用——以内源性代谢组学研究为例
Establishment of a High Throughput MS Database and Its Application in Endogenous Metabolite Metabolomics Profiling
Authors:  唐煜韦芳, 付玮彬, 商世瑛 and date: 08/20/2021, view: 7319, Q&A: 2
完成信息录入的mzVault数据库界面代谢组学及实际样品数据分析比对工作流程 将建立的内源性代谢物质谱数据库导入Compound discover 3.2软件中，采用293T细胞内容物作为实际样品，比较该数据库和软件中现有数据库 而采用自建数据库则很大程度上的降低了假阳性率，并且手动标注后的化合物鉴定结果数也与mzcloud等数据库保持相同水平。表5. . "Search mzVault"模块参数设置 结果与分析本实验共选择5种数据库进行代谢组学数据分析
GO/KEGG Enrichment Analysis on Gene Lists from Rice (Oryza Sativa)
水稻基因列表GO/KEGG富集分析
Author:  Yahui Lidate: 06/20/2022, view: 2997, Q&A: 1
... 例如， Bioconductor 的OrgDb下只有 20 个 GO 注释数据库可用，其中只有一个是植物物种拟南芥。 我从两个来源获得基因注释信息，1.水稻公共注释数据库，包括RAP- DB 和 稻谷;和 2. 一个包含各种物种基因注释信息的 R 包，即