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野生动物微生物组数据平台构建的技术方法和实践挑战
Technical Frameworks and Practical Challenges in Developing Wildlife Microbiome Databases
Authors:  王恺毅杨蕊菁, 李雨霏, 赵李頔涵, 闫利平, 王海燕, 高云云 and date: 02/05/2026, view: 106, Q&A: 0
基于此，本文在系统梳理现有微生物组数据库平台建设经验的基础上，从数据组织与标准化策略、平台技术架构设计以及未来技术等方面，对微生物组数据库平台的建设方法进行综合性总结。 围绕野生动物场景构建微生物组数据库，核心是把“面向对象的数据特征”与“可持续的平台工程”统一起来。这里将以WHMAGs数据库平台为例提供从“数据”到“功能”的建设平台思路。 这些关键性目标与维度差异会直接影响数据库平台
16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状
The Application Status of Commonly Used Software and Database in 16S Amplicon Analysis
Authors:  杨潇瀛张浩林, 韩莹莹, 翁强, 袁峥嵘 and date: 04/23/2021, view: 9798, Q&A: 0
VSEARCH主要功能与参数与USEARCH相似，特点为体积小、易安装、可跨平台、采用64位设计，无内存限制，可以处理非常大的数据。 Schloss教授团队基于C++编写的开源单一的软件平台，第一次实现了较完整的扩增子分析流程 (Schloss et al., 2009)。 2.2Greengenes：是16S rRNA专用数据库，虽然自2013年之后没有再更新，但成为QIIME推荐数据库，PICRUSt1和BugBase也基于该数据库 (McDonald et al., Tax4Fun与PICRUSt的
高通量质谱数据库建立及应用——以内源性代谢组学研究为例
Establishment of a High Throughput MS Database and Its Application in Endogenous Metabolite Metabolomics Profiling
Authors:  唐煜韦芳, 付玮彬, 商世瑛 and date: 08/20/2021, view: 7332, Q&A: 2
、Trace finder、Progenesis QI、XCMS、metaboanalyst、MS-DIAL等质谱数据处理软件和分析平台。 完成信息录入的mzVault数据库界面代谢组学及实际样品数据分析比对工作流程 将建立的内源性代谢物质谱数据库导入Compound discover 3.2软件中，采用293T细胞内容物作为实际样品，比较该数据库和软件中现有数据库 而采用自建数据库则很大程度上的降低了假阳性率，并且手动标注后的化合物鉴定结果数也与mzcloud等数据库
全球微生物组整体结构和功能的搜索
Taxonomic and Functional Search of Global Microbiomes on the Whole-Microbiome Level
Authors:  赵丰洋李坚, 荆功超, 苏晓泉 and date: 04/29/2021, view: 3399, Q&A: 0
... 数据库搜索2.1访问MSE 2 通过浏览器访问MSE 2在线平台http://mse.ac.cn，点击首页或导航栏的"Search"按钮。 2.5范例数据 MSE 2在线平台提供各种搜索类型的范例输入。例如，在图1的"Search by OTU"模式下： a. 文件形式的范例。 MSE 2数据库会保持动态更新。 搜索之前需要将测序序列按照相应的序列类型和搜索类型进行预处理，使之具有与数据库样本相同的分析标准和数据形式。