• Peer-reviewed
  • Preprint
  • Extracted from published research articles
  • 生物化学
  • 生物信息学与计算生物学
  • 生物物理学
  • 癌症生物学
  • 细胞生物学
  • 发育生物学
  • 免疫学
  • 微生物学
  • 分子生物学
  • 神经科学
  • 植物科学
  • 干细胞
  • 系统生物学
  • 相关性
  • 日期
  • 浏览量
群体历史推断方法
The Methods for Inferring Population History
Authors:  刘俊锋季现超, 陈华 and date: 04/21/2021, view: 14712, Q&A: 0
他们发现14.3万年前撒哈拉沙漠以南的非洲大陆群体的有效种群大小开始逐步增长，而南亚群体的有效种群大小在5.2万年前出现快速增长；欧洲群体的有效种群大小则出现过两次快速增长，分别发生在4.2万年前和1.0 群体中的个体数目对群体的演化有着重要影响，有效种群大小越大，群体的遗传多态性 (polymorphism) 就越高，反之遗传多态性越低。因此，
物种树构建后的基因渗入检验方法
Methods of Detecting Introgression after Species-tree Construction
Authors:  丁颖纪繁迪, 黄华腾 and date: 02/10/2022, view: 9411, Q&A: 1
... 输入的基因树可以仅有拓扑结构，也可以包含枝长信息 (需要以有效群体大小为单位的等距基因树)。 因此，两个内部节点的距离应该符合溯祖理论推导出来的指数分布，且该分布只有一个决定性参数，即祖先群体的大小。 因此理论上，PhyloNet对物种的个数没有限制，仅仅是实际中的计算复杂度限制了可以应用PhyloNet数据集的大小 (见下文)。 基因渗入的具体模型可以是群体遗传学的经典基因流模型：一个群体的基因拷贝在每一代中有一定比例迁移到另一个群体
基于转录组数据和短序列测序的系统发育研究方法
Phylogenomics based on transcriptomics and short-read sequences
Authors:  蒙冠良周程冉, 刘山林, 周欣 and date: 09/10/2021, view: 10316, Q&A: 0
... (effective population size，一个真实群体的有效群体大小等同于一个能够产生同样强度的遗传漂变的理想群体的大小) 越大的祖先物种中越明显 (Stiller and Zhang, 如果通过Tracer软件 (Rambaut et al., 2018) 来辅助判断，判定的标准通常要求有效样本大小 (Effective Sample Size, ESS) 大于200。 而相对短时间内发生的、连续的物种分化事件一方面导致新形成的物
基因组水平的遗传多样度分析
Genomic Genetic Diversity Analysis
Authors:  吴宏匡卫民, 胡靖扬, 于黎 and date: 04/21/2021, view: 6152, Q&A: 0
... 前言对生物种群基因组遗传多样度的计算和估计，一方面，可以比较不同群体间有效群体规模的大小，并评估进化潜能。另一方面，可以解析基因组中哪些遗传区域经历了快速演化事件（例如自然选择）。 该参数一般以窗口大小的一半进行设定）。 ），一般选择10或20K大小的窗口进行扫描；2.如果想比较不同种群间基因组水平的遗传多样度分布差异，一般选取小于或等于100K的窗口大小（如：10K，20K或50K等）进行扫描和结果的横向比较即可；3. 第二个图中可以看到VCFtools以20