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应用环境关联分析检测本地适应位点
Detecting Loci Underlying Local Adaptation Using Environmental Association Analysis
Authors:  金铃郭宝成 and date: 06/24/2021, view: 6663, Q&A: 0
SNP等位基因频率变异与环境变量间相关联的频率分布直方图以log10[Bayes factor (BF)] > 1.5为标准，可统计与特定环境变量强相关的SNP数目，这些SNPs通常被认为与群体的本地适应相关 研究背景随着全球气候和环境的剧烈变化，理解生物适应环境变化的遗传响应，已成为进化生物学研究中的一个重要问题。 群体基因组水平的适应性位点检测. Bio-101: e1010627.Ahrens, C. W., Rymer, P. 该分析方案已在鱼类野生群体的适应性机制研究中广泛应用 (如Mag
群体基因组水平的适应性位点检测
Detecting Adaptive Loci with Population Genomic Data
Authors:  金铃郭宝成 and date: 07/23/2021, view: 5416, Q&A: 0
本地适应是指某群体相比于其他群体更适应其所在生境的进化过程 (Savolainen et al., 2013)。 近年来，随着高通量测序技术的发展，群体基因组学数据和研究方法逐步应用于鱼类的本地适应 (local adaptation) 研究中 (López et al., 2015; Bernatchez, 2016 研究背景适应性进化是生物适应环境变化赖以生存的基础。生物能否快速适应环境变化，对于维护生物多样性、人类健康、粮食安全、自然资源的可持续
EasyCodeML在适应性进化分析中的应用
Application of EasyCodeML on Adaptive Evolution Analysis
Authors:  许瑜婷高芳銮 and date: 09/10/2021, view: 5329, Q&A: 1
研究背景在DNA水平上检测正选择，并找出对应的氨基酸位点是适应性进化分析中不可或缺的一项重要内容。 EasyCodeML参数配置界面2.1选择一个本地文件夹作为工作目录，可以直接通过拖曳进行操作。2.2选择Site Model作为分析模型 (默认)。2.3载入已转为PAML格式的比对序列文件。 应用EasyCodeML进行适应性进化分析，简单易用。但受内核所限，该软件仅适用于中、小型数据集。 比对序列格式转换1.2系统发育树文件 用于适应性进化分析的树文件必须是不带任何数值的 Newick
DNA条形码算法及软件开发
Algorithms and Software Development of DNA Barcoding
Authors:  张爱兵杨炳, 王瑛, 杨采青 and date: 10/15/2021, view: 4551, Q&A: 0
... 1.3基于人工智能、深度学习的 DNA 条形码算法1)基于人工智能的 DNA 条形码算法 神经网络的定义：神经网络是一个由大量自适应处理单元 (神经元) 组成的并行计算模型，这些自适应处理单元 (神经元 建立本地参考数据库：在开始进行标本鉴定之前，需要有一个包含有正确分类信息的条形码的参考数据库。 神经网络模型的损失函数采用交叉熵损失，并使用自适应矩估计 (adaptive moment estimation, Adam) 作为优化器 (Kingma and Ba, 2014)。 从 BOLD 系统以 .tsv