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使用BEAST 2开展贝叶斯支端定年分析
Using BEAST 2 for Bayesian Tip Dating
Authors:  罗阿蓉张驰, 朱朝东 and date: 07/15/2021, view: 6128, Q&A: 0
... 这种 (非全证据) 的贝叶斯支端定年特别适用于分子数据不断涌现但形态特征数据相对稀缺的系统基因组学时代。 伴随分子数据的涌现、化石信息的积累、以及演化模型 (如分子钟) 的发展，贝叶斯定年法近些年得到了广泛关注和应用。 多项研究提示：贝叶斯支端定年在推断类群历史分异时间方面具有良好的准确性和精确性 (如Gavryushkina et al., 2014; Zhang normal;">et al., 2016 比如，化石的形态特征数据会存在不完整或片碎化等特点，容
DNA条形码算法及软件开发
Algorithms and Software Development of DNA Barcoding
Authors:  张爱兵杨炳, 王瑛, 杨采青 and date: 10/15/2021, view: 4620, Q&A: 0
... 此外，将条形码技术应用在系统发育、种群遗传学、生物多样性等领域的研究也正在不断涌现。在方法和技术上，中国科学家开发了许多新的 DNA 条形码方法，用以从大量的序列信息中分析条形码数据 (如前文所述)。 本质上，CBAM 通过使用注意机制来增加代表性：关注重要特征并抑制不必要的特征，应用通道和空间注意模块，以便每个分支都能分别知道在通道和空间上关注什么局部细节和被识别主体在哪里 (Woo et al., 考虑到特定形态特征对生物分类的重要性，形态-分子网络在 Re
有瓣蝇类野外采集与标本制作、保存、鉴定方法 及分子系统学研究
Collection, Preparation, Preservation, Identification and Molecular Phylogenetics of Calyptratae (Diptera: Schizophora)
Authors:  张东闫利平, 李心钰, 孙浩然, 徐雯恬 and date: 11/11/2021, view: 2265, Q&A: 0
... 近年来飞速发展的测序技术将系统发育关系研究带进了系统发育基因组时代，利用转录组等系统发育基因组数据开展各种类群、不同阶元系统发育关系的研究大量涌现 [如 (Jarvis et al., 2014; Misof 该类群在物种数量、地理分布及生物学习性多样性等方面充分展现了双翅目昆虫的适应性，是探究双翅目系统发育 (phylogeny) 关系及成功适应辐射历史的关键类群。 对于许多外部形态极其相似的有瓣蝇类来说，只有通过雄性或雌性外生殖器特征才能较为准确的进行鉴定，即需要将标本腹部的全部或部分切除，溶解部分组织使骨化结
群体历史推断方法
The Methods for Inferring Population History
Authors:  刘俊锋季现超, 陈华 and date: 04/21/2021, view: 14766, Q&A: 0
... 通常采用下述方法克服相应障碍：(1) 对连续性隐变量做离散化处理；(2) 用谱系结构的个别特征替代谱系结构，例如MSMC模型用样本谱系中首次溯祖时间tfirst代替谱系结构。 随着测序技术的不断进步，用于统计推断的遗传数据不断增加，进而涌现出许多基于溯祖理论的统计推断方法。 群体中的个体数目对群体的演化有着重要影响，有效种群大小越大，群体的遗传多态性 (polymorphism) 就越高，反之遗传多态性越低。因此，群体的遗传多态性信息可以用来推断有效种群大小。 事实上，由于重组的