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外来入侵物种的气候生态位漂移及其量化方法
Quantification of Realized Climatic Niche Shift of Invasive Alien Species
Authors:  金龙张志新, 杜元宝, 廖文波, 栾晓峰, 刘宣 and date: 03/24/2022, view: 4917, Q&A: 3
本案例以美洲牛蛙为例,介绍了外来物种在入侵区的气候生态位动态量化方法,读者可通过R软件结合物种大尺度分布数据和气候数据,量化外来物种在入侵过程中的实际气候生态位动态变化,支撑基于物种分布模型的外来物种潜在入侵风险预测 其中,由于物种的基础生态位(Fundamental niche)通常难以量化,以物种占据的实际生态位(Realized niche)如气候实际生态位(以下简称气候生态位)为依据的物种
物种树构建后的基因渗入检验方法
Methods of Detecting Introgression after Species-tree Construction
Authors:  丁颖纪繁迪, 黄华腾 and date: 02/10/2022, view: 9466, Q&A: 1
而对于和物种树拓扑一致的基因树,第一个内部节点有可能对应着两个姐妹物种在共同祖先群体内的溯祖事件 (图2A空心圆点)。因此,两个内部节点的距离分布不再符合单参数指数分布,而是两个概率分布的混合。 最简单的检验方法是基于三物种拓扑频率分布的卡方检验 (x2 test)。 当两者在物种分化历史中同时存在时,基于溯祖模型物种树方法可能会出现错误 (Blair and Ané, 2020)。 基于最大似然法的方法通过信息准
原核微生物群落随机性和确定性装配过程的计算方法
Calculation Method for Stochastic and Deterministic Assembly Processes of Prokaryotic Communities
Authors:  赵维王兴彪, 侍浏洋, 朱婉瑜, 马磊, 王敬敬, 徐松, 杨榕, 张小霞, 韩一凡, 黄志勇 and date: 03/25/2021, view: 8694, Q&A: 0
... 运行零模型主要是为了解,在随机状况下,物种系统发育关系的统计分布,从而推断真实的群落内物种的系统发育关系是否随机,以便了解环境过滤或者随机过程的相对重要性。 对于生态零模型,Gotelli指出“它是基于生态数据的随机化或者基于已知分布、设想分布的随机样本基础上的格局生成模型。 可近似转化为均值为0,标准差为1的标准正态分布。而这个分布其实是所有物种施加影响结果的集合。NTI和βNTI计算过程
使用BEAST 2开展贝叶斯支端定年分析
Using BEAST 2 for Bayesian Tip Dating
Authors:  罗阿蓉张驰, 朱朝东 and date: 07/15/2021, view: 6129, Q&A: 0
... 对形态和分子数据分别采用宽松钟模型,可具体设为Relaxed Clock Log Normal。该模型假设演化速率服从独立的对数正态分布。2.7点击BEAUti主选项Priors开始先验设置。 在BEAUti中设置各物种的历史时间信息2.5点击BEAUti主选项Site Model开始位点变换模型设置。在此,分子数据各分区均设为HKY + G,形态数据采用MK模型 (图4)。 (图5);2) 需考虑FBD模型所涉参数的先验设置,如无明确信息,可对diversif
高级阶元分子系统发育研究未来创新的思考
Thinking on the Future Innovations in the Molecular Phylogenetics at Higher Category Levels
Author:  谢强date: 03/29/2021, view: 4407, Q&A: 0
... 第二,物种数量在高级阶元水平分布的不均衡。物种数量在高级阶元水平分布的不均衡可以达到很高的程度。 在物种分布格局偏异(bias)如此巨大的情况下,如果以物种越多越好作为原则,是否会造成系统发育重建结果的偏异?目前这个问题似乎没有确定的答案。 不同的树形(拓扑结构)之间是互相离散的,如果能够在一个以似然值(类比于地形学中的海拔高度)、进化量(模型估算)、自由度(由分类单元选取和分子或形态特征信息共同决定)为坐标的几何空间中考察树形整体所形成的