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Extraction of Orthologs from Genome-Sequencing Data for Phylogenetic Analysis
从基因组测序数据中提取直系同源基因用于系统发育分析
Authors:  Guan PangFeng M. Cai and date: 06/05/2024, view: 456, Q&A: 0
... 尽管 OrthoFinder 会生成单个基因树和物种树，但对于定制树构建，我们建议使用 IQ-TREE（此处为 IQ-TREE 2）进行后续分析。 ... 基于 [singlecopyOG_seqs] 中随机选择的三个单拷贝直系同源物的串联序列矩阵构建的最大似然 (ML)
基于转录组数据和短序列测序的系统发育研究方法
Phylogenomics based on transcriptomics and short-read sequences
Authors:  蒙冠良周程冉, 刘山林, 周欣 and date: 09/10/2021, view: 10239, Q&A: 0
... 利用基因比对数据构建基因树或物种树的常用软件包括RAxML (Stamatakis 2014；使用方法可参考教程：http://evomics.org/learning/phylogenetics/raxml 外源物种污染可能的来源包括：(1) 该样本自身的肠道内含物 (例如微生物、食物残渣等)，或者共生、寄生生物；(2) 实验过程中其它样本所导致的污染，例如同期进行的其它项目样本。 该分区方案将被采用来构建系统发育树。构建系统发育树 目前常用的分子系统发育树构建策略 (图1 I
跨物种靶基因富集技术实验方案
Protocol for Cross-species Target-gene Enrichment
Authors:  黄俊满袁昊, 李晨虹 and date: 05/11/2021, view: 3657, Q&A: 0
... -p 12345 -q dna12_3.partition.txt -s concat.phy -n genetree五、 基于多物种溯祖模型的物种树构建为每个基因构建一个基因树 $ /merged_nf_filtered/* > catree.fas利用ASTRAL构建物种树 $ java -jar astral.jar -I catree.fas -o species.tre Indexing PCR5.1在冰盒上配制PCR扩增反应溶液如下： 成分体积 (μl)终浓度(2
AFLP基因组捕获技术: 一种通用的低阶元的系统发育分析方法
AFLP Genome Capture Technique: A General Method for Shallow Scale Phylogenetic Analysis
Authors:  李佳璇梁丹, 张鹏 and date: 02/10/2021, view: 3345, Q&A: 0
... RAxML参数的详细使用说明请参阅https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf 物种树构建2.1使用RAxML构建每一个 -f a -x 12347 -p 12845 -# 100 -m GTR-GAMMA –s OG1_realign.fasta –n OG1_MLtree_100boostrap2.2使用ASTRAL构建物种树 (b) 寡核苷酸阻碍物BO1-5 (序列见附录) 的作用是防止DNA
甘蔗根系细菌高通量分离培养与鉴定技术
Techniques For High-throughput Isolation and Identification of Sugarcane Rhizospheric Bacteria
Authors:  毕新萍杨翼航, 利晓彤, 胡志剑, 梁志彬, 邓懿祯 and date: 08/05/2025, view: 866, Q&A: 0
... 物种树展示培养菌的分类学组成（以根系组织培养菌为例）。不同颜色代表来源于不同门的细菌。 生物信息学分析鉴定分离到的细菌 本研究基于Zhang等[2]开发的高通量细菌鉴定流程，进行了个性化定制以完成本课题细菌培养物的鉴定，实现甘蔗根系细菌培养物的双端标签化扩增子文库的分析和可视化全流程。 一轮PCR引物是通过在16S