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应用环境关联分析检测本地适应位点
Detecting Loci Underlying Local Adaptation Using Environmental Association Analysis
Authors:  金铃郭宝成 and date: 06/24/2021, view: 6663, Q&A: 0
相较于FST离群值检测，环境关联分析除需基因型数据外，还需环境变量数据，通过特定的方法分析某个环境变量与SNP等位基因频率变异间的关联，从而 推断选择压力作用于哪些位点或基因组区域 (Rellstab 准备环境变量文件 在环境变量文件中，依据SNP数据集中的群体顺序，列出参与环境关联分析的环境变量的值。每个环境变量必须进行标准化，即减去平均值后除
Workflow of Genome-Wide Mediation Analysis (GMA) by Incorporating Intermediate Omics Data as Mediators
结合中间组学数据的全基因组中介分析（GMA）工作流程
Authors:  Zhikai YangQi Zhang, Jinliang Yang and date: 07/20/2024, view: 295, Q&A: 0
... 作为一种因果推断方法，全基因组中介分析 (GMA) 已被证明是一种强大的工具，可以补充广泛使用的全基因组关联研究 (GWAS) 和全转录组关联研究 (TWAS)。 ... 此矩阵可从 Z 矩阵计算得出，以控制人口结构；混杂因素也可以是任何可能影响介质和结果的因素，例如可能影响基因表达（介质）和表型（结果）的环境因素。对于 GMA 而言，它是可选的。 表
Identification of Topologically Associating Domains (TADs) and Long-distance Enhancer–gene/gene–gene Interactions with Hi-C and HiChIP
使用 Hi-C 和 HiChIP 鉴定拓扑关联域 (TADs) 和长距离增强子-基因/基因-基因相互作用
Authors:  Xianhui HuangLongfu Zhu, Xianlong Zhang, Maojun Wang and date: 11/20/2023, view: 526, Q&A: 0
... 总之，该管道提供了用户友好的功能，对于刚接触 3D 基因组分析的研究人员特别有益。 通过不同软件从 Hi-C 和HiChIP数据集中识别拓扑关联域 (TAD) 和环的流程图 ... 原始交互矩阵用于后续分析。1. 构造 Bowtie2 索引，用于读取 Bowtie2 的对齐情况。$ Bowtie2-build Reference_genome.fa
EasyCodeML在适应性进化分析中的应用
Application of EasyCodeML on Adaptive Evolution Analysis
Authors:  许瑜婷高芳銮 and date: 09/10/2021, view: 5329, Q&A: 1
运行前需确保操作系统中已安装了JAVA运行环境 (JRE 1.6或更高版本)。 解决方法：是去除*.jar与解压缩软件的关联，比如WinRAR之类的，在参数设置中去除 jar 的关联，重新关联为JAVA程序即可。为什么找到的正选择位点在原始比对序列中找不到？ 位点模型 (Site model) 中不同模型的背景假设软件运行环境及信息EasyCodeML程序为Java编写，支持跨平台使用。 但如果*.jar文件被识别为压缩包，则程序会被系统关联的解压缩软件进行解压缩处理。 解决方法：(1)