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Dynamic Meta-Storms算法：基于物种水平的生物分类学和系统发育信息对宏基因组进行全面比较
Dynamic Meta-Storms: comprehensive taxonomic and phylogenetic comparison of shotgun metagenomes at the species level
Authors:  张玉凤荆功超, 陈俞竹, 徐健, 苏晓泉 and date: 01/10/2021, view: 4270, Q&A: 0
DMS内置的分类信息和系统发育树同样也适用于由mOTUs、Kraken等其他软件得出来的宏基因组物种信息。同时，DMS也支持用户自定义的生物分类信息和系统发育树 (详见实验步骤3.2) 。 基于DMS, Weighted UniFrac和Bray-Curtis距离的PCoA结果基于真实数据的算法测试 将人类微生物组计划 (HMP) 第1阶段 (Peterson et al., 2009) 可以运行 MS-table-to-single –h 了解详细的参数信息。3)M
Extraction of Orthologs from Genome-Sequencing Data for Phylogenetic Analysis
从基因组测序数据中提取直系同源基因用于系统发育分析
Authors:  Guan PangFeng M. Cai and date: 06/05/2024, view: 485, Q&A: 0
... 当前协议提供了从序列数据采集到系统发育重建的详细生物信息学流程，使用了两个常用工具：OrthoFinder 和 IQ-TREE。 ... 基于基因组测序数据的直系同源性推断和最大似然 (ML) 树重建的生物信息学工作流程。 IQ-TREE：一种用于估计最大似然系统发育的快速有效随机算法。Mol Biol Evol。32 (1):