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基于转录组数据和短序列测序的系统发育研究方法
Phylogenomics based on transcriptomics and short-read sequences
Authors:  蒙冠良周程冉, 刘山林, 周欣 and date: 09/10/2021, view: 10219, Q&A: 0
转录组组装 短序列测序平台的读长一般只有150-300 bp。因此，需要对测序得到的短片段序列进行拼接组装才能获得全长的转录本序列。 但是，短读长测序存在一些固有的缺陷，包括实验过程中的GC偏向性、短序列难以准确地比对到参考序列上的重复区域 (真假基因、多拷贝基因) 等 (Alkan et al., 2011; Ozsolak and 文库构建与测序 目前常用的NGS (Next-
Quality Control and Preprocessing of Sequencing Reads
测序读数的质量控制和预处理
Authors:  Zhiqiang HaoXiaojuan Liang, Guanglin Li and date: 07/05/2022, view: 3023, Q&A: 0
... 尽管这些工具被广泛用于下一代序列的短读长，性能良好，但它们的应用仅限于三代测序产生的长读长，除了用于质量控制的FastQC 。本研究中使用的代码或命令有助于新学习者理解这些工具。 ... 中的不同工具执行一系列预处理任务，例如将fastq文件转换为fasta文件、删除测序适配器、基于质量过滤序列、缩短读取和基于质量修剪序列。
An Analysis Pipeline for Identification of RNA Modification, Alternative Splicing and Polyadenylation Using Third Generation Sequencing
使用第三代测序鉴定 RNA 修饰、可变剪接和多聚腺苷酸化的分析流程
Authors:  Yuxiang LiufuXuqing Liu, Lin Wu, Hangxiao Zhang, Yubang Gao, Lianfeng Gu and date: 06/05/2022, view: 1370, Q&A: 0
... 然而，由于转录组组装的限制，短读长平台在检测全长异构体方面表现出劣势（ Rhoads和 Au，2015 年） 。 在这里，我们提供了使用基于 Iso-Seq 异构体和短读数据的 PRAPI 进行数据处理、可视化、识别 AS 和 APA
Maize Genome Assembly with PacBio Reads
利用PacBio Reads组装玉米基因组
Authors:  Ying HuMarcio F. R. Resende Jr. and date: 07/05/2022, view: 993, Q&A: 0
... 长读长测序技术有助于准确分析高度丰富的重复序列，否则会挑战真核基因组中的序列比对和组装程序。 ... 强烈建议使用高质量的 Illumina 短读数据，进一步完善组装的基因组序列。 Pilon 是一种常用的执行序列错误校正的管道(Walker et al .,
Contigs Scaffolding with Hi-C for Plant Genomes
用Hi-C构建植物基因组Contigs Scaffolding
Authors:  Hong AnQing Xiao, Zhibo Jia, J. Chris Pires, Bin Yi and date: 08/05/2022, view: 1108, Q&A: 0
... 如今，它被广泛应用于将从头组装的重叠群构建成染色体一些规模的基因组序列。已经开发了多个开源软件来使用 Hi-C 数据执行基因组支架。输入数据是使用长读或短读测序从头组装的重叠群。 ... 过滤和清理原始 Hi-C 测序数据。 使用 Burrows-Wheeler 变换进行快速准确的短读比对。