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蠕虫
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DNA条形码算法及软件开发
Algorithms and Software Development of DNA Barcoding
Authors:
张爱兵
杨炳
,
王瑛
,
杨采青
and
date:
10/15/2021,
view:
4620,
Q&A:
0
level),例如在线识别数据库 BOLD 系统中返回的相似性百分比,以及本地识别方法中基于模糊集合
算法
的 FMF 值、基于反向传导神经网络
算法
的 BP 概率、基于贝叶斯
算法
的后验概率等 (Zhang 迄今已有三种基于贝叶斯
算法
的方法被提出。 为了提高识别效率,在搜索参考数据过程中采用 KNN 搜索
算法
替代 MD
算法
(http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/)。 为了方便用户更加便捷的使用多种不同的
算法
,研究者还尝试将多种
算法
Dynamic Meta-Storms算法:基于物种水平的生物分类学和系统发育信息对宏基因组进行全面比较
Dynamic Meta-Storms: comprehensive taxonomic and phylogenetic comparison of shotgun metagenomes at the species level
Authors:
张玉凤
荆功超
,
陈俞竹
,
徐健
,
苏晓泉
and
date:
01/10/2021,
view:
4285,
Q&A:
0
计算方法5.1采用Meta-Storms
算法
计算可以识别的物种间的距离 在比较宏基因组样本时,对于可以直接识别的物种,DMS使用Meta-Storms
算法
(Su et al., 2012; Su et Synthetic Dataset 2) ,利用DMS
算法
计算其距离矩阵,并将Striped UniFrac
算法
(McDonald et al., 2018) 作为参照,比较两者的总体运行时间和RAM (表6) 对DMS
算法
进行测试,并与Weighted UniFrac和Bray-Curtis距离进行