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DNA条形码算法及软件开发
Algorithms and Software Development of DNA Barcoding
Authors:  张爱兵杨炳, 王瑛, 杨采青 and date: 10/15/2021, view: 4620, Q&A: 0
level),例如在线识别数据库 BOLD 系统中返回的相似性百分比,以及本地识别方法中基于模糊集合算法的 FMF 值、基于反向传导神经网络算法的 BP 概率、基于贝叶斯算法的后验概率等 (Zhang 迄今已有三种基于贝叶斯算法的方法被提出。 为了提高识别效率,在搜索参考数据过程中采用 KNN 搜索算法替代 MD 算法 (http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/)。 为了方便用户更加便捷的使用多种不同的算法,研究者还尝试将多种算法
Dynamic Meta-Storms算法:基于物种水平的生物分类学和系统发育信息对宏基因组进行全面比较
Dynamic Meta-Storms: comprehensive taxonomic and phylogenetic comparison of shotgun metagenomes at the species level
Authors:  张玉凤荆功超, 陈俞竹, 徐健, 苏晓泉 and date: 01/10/2021, view: 4285, Q&A: 0
计算方法5.1采用Meta-Storms算法计算可以识别的物种间的距离 在比较宏基因组样本时,对于可以直接识别的物种,DMS使用Meta-Storms算法 (Su et al., 2012; Su et Synthetic Dataset 2) ,利用DMS算法计算其距离矩阵,并将Striped UniFrac算法 (McDonald et al., 2018) 作为参照,比较两者的总体运行时间和RAM (表6) 对DMS算法进行测试,并与Weighted UniFrac和Bray-Curtis距离进行