目前，逆转座子的系统发育基因组学的方法主要应用于三个或者四个物种的研究，这里以四个物种的逆转座子存在和缺失信息为例，概述逆转座子的系统发育基因组学分析的流程。 因此，应用逆转座子信息进行系统发育重建之前，必须使用PCR扩增验证潜在逆转座子插缺信息的有效性，降低假阳性率。 该方案的有效性已经在灵长目和食肉目科级阶元以及劳亚兽类目级阶元的分子生物学研究中得以验证，详细-操作请参阅Hartig normal;">et al. (2013)、Doronina

3.2基于用户自定义的系统发育树和物种分类信息计算距离矩阵1)自定义系统发育树和物种分类信息并生成新的DMS库 自定义DMS库需要newick格式的二叉系统发育树 (如“tree.newick”) ， DMS内置的分类信息和系统发育树同样也适用于由mOTUs、Kraken等其他软件得出来的宏基因组物种信息。同时，DMS也支持用户自定义的生物分类信息和系统发育树 (详见实验步骤3.2) 。 例如以上四个物种在系统发育树中的共同父结点为结点b，但该结点b下也同时包含了属B的物种s__B_s

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