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群落构建过程的定量指标——扩散-生态位连续体指数
Dispersal-niche Continuum Index: A Quantitative Metric of Community Assembly Processes
Authors:  孟凡凡Annika Vilmi, Corentin Gibert, 王建军 and date: 04/29/2021, view: 8813, Q&A: 0
前言 生物群落的构建机制是群落生态学和生物地理学中的热点问题。在全球变化背景下，如何正确地回答这一问题对于生物群落的管理和保护有着重要的意义。 群落构建过程的两种划分方法(“二分”法和“五分”法) 群落构建过程由“二分”法向“五分”法的发展在很大程度上提升了我们对于群落构建机制的认识，但是这种细致的划分使得分析结果相对复杂化。 为了进一步将生态位理论和中
原核微生物群落随机性和确定性装配过程的计算方法
Calculation Method for Stochastic and Deterministic Assembly Processes of Prokaryotic Communities
Authors:  赵维王兴彪, 侍浏洋, 朱婉瑜, 马磊, 王敬敬, 徐松, 杨榕, 张小霞, 韩一凡, 黄志勇 and date: 03/25/2021, view: 8654, Q&A: 0
在解释原核微生物群落构建机制中，零模型是群落数据或者进化树数据进行随机化的方式。 关于使用零模型 (null model) 方法解释原核微生物群落构建：零模型用于验证基于自然实验的生态学假说，它以计算机技术为基础，从已经获得的实验数据出发，构建受控的生态随机模型，最后用标准的统计检验方法验证理论假说 对于原核微生物群落而言，环境中的微生物种类只能尽最大的可能通过高通量、高分辨率的分析方法获得，但是仍然无法完全获知其中的全部微生物组成，因此，零模型的
谱系分析在群落生态学中的应用
The Application of Phylogenetic Methods in Community Ecology
Authors:  赵郁豪曾頔, 斯幸峰 and date: 10/28/2021, view: 13211, Q&A: 0
Cavender-Bares et al., 2009)，其中Webb (2000) 根据物种的亲缘关系提出了净种间亲缘关系指数 (NRI) 和净最近种间亲缘关系指数 (NTI) 来检测群落构建的机制 研究背景群落是如何构建的是群落生态学的研究核心。 Webb et al. (2002) 利用群落系统发育结构建立了一个启发式框架，用于揭示群落构建的主要驱动力。 近20年，随着分子生物学技术和系统发育研究方法的发展与应
土壤动物肠道微生物样本采集及分析方法
Methods for Collection and Analysis of Gut Microbiota in Soil Animals
Authors:  郝操龚鑫, 朱冬, 吴东辉 and date: 01/05/2023, view: 1969, Q&A: 0
... 目前，土壤动物肠道微生物多样性和群落组成及其驱动机制，群落内物种共存机制和群落构建的理论研究是土壤动物肠道微生物多样性领域研究的前沿 (Berg et al., 2016; Gong et al., 2018 2.3微生物群落构建过程分析 微生物群落的多种生态过程，同质性选择和异致性选择 (确定性过程) 以及扩散限制和同质性扩散 (随机性过程) 如何驱动土壤动物肠道微生物群落构建已成为土壤
植物微生物组DNA提取扩增及溯源分析
DNA Extraction, Amplification and Source-tracking Analysis for Plant Microbiomes
Authors:  熊 超贺纪正, 张丽梅 and date: 04/27/2021, view: 3846, Q&A: 0
... 土壤-植物连续体上微生物群落分布示意图. (A) 宿主植物不同部位为微生物群落提供了不同的微生境 (生态位)；(B) 植物微生物组来源概念模型；(C) 基于溯源分析构建的植物微生物组来源模型。 二、溯源分析 为了构建植物微生物组来源模型 (Source Model of Plant Microbiome，SMPM)，首先基于已有的知识体系及植物不同部位微生物群落的潜在来源及互作关系构建植物微生物组来源概念模型 可探究不同植物种类、不同生境、及不同生物 (如病害) 及非生物 (如
微生物生物地理学研究方法
Research Methods of Microbial Biogeography
Authors:  彭子恒焦硕, 韦革宏 and date: 06/01/2021, view: 4683, Q&A: 1
... 生态群落构建过程分析结果 确定性过程 (50%) 和随机性过程 (50%) 共同解释了细菌群落的分布。 细菌群落β多样性变化分析结果 细菌群落β多样性随土壤CEC呈现出明显的变化。八、 群落生态过程分析介绍：生态群落构建过程通常分为基于生态位的确定性过程和基于中性模型的随机性过程。 生物地理学的研究为生物多样性的形成和维持机制提供了见识，例如物种形成，灭绝，扩散和物种相互作用，并且有助于预测生态系统功能随环境的变化。 距离衰减
一种高效、低成本、可扩展的合成菌群构建方法
An Efficient, Low-cost and Scalable Method for Constructing a Thousand of Synthetic Communities (SynComs)
Authors:  田箐韵师鑫, 李自枭, 陈钧婷, 胡雅涵, 吕达, 吴书凤, 张志鹏, 吴尘聊, 何佳琪, 万艳红, 陈彦昭, 蔡鹏, 徐志辉, 高春辉 and date: 09/05/2024, view: 2644, Q&A: 0
受限于此，既往研究通常未能覆盖所有可能的组合数，而是仅涉及其中少数合成菌群组合，这可能会影响我们对菌群涌现性功能和产生机制的理解。 原理与方法合成菌群是人工构建的简单微生物群落，通常含有的物种数目在3–7个之间。为了能够穷尽式构建n个物种所有可能的物种组合，需要考虑包含0个物种、1个物种、双物种、多物种，以及n个物种的情况。 不过，根据我们前期的研究，由于群落组装时候收敛演化现象的存在，初始比例的较小差异一般不会对合成菌群的功能产生显著影响 [9]。通常需要初始比例在数量级上存在差异群落
野生动物微生物组数据平台构建的技术方法和实践挑战
Technical Frameworks and Practical Challenges in Developing Wildlife Microbiome Databases
Authors:  王恺毅杨蕊菁, 李雨霏, 赵李頔涵, 闫利平, 王海燕, 高云云 and date: 02/05/2026, view: 130, Q&A: 0
在硬件部署策略上，小型科研团队往往倾向于单机或少量节点部署，配合轻量级云服务；而面向国际的公共数据库平台则倾向于构建大规模HPC集群，结合分布式文件系统和多级缓存机制，以平衡高并发访问与海量数据计算的需求 这种多类型数据的集成不仅有助于全面解析微生物群落的组成与功能，还能为跨尺度的生态学和进化学研究提供支持。 这些数据类型涵盖了扩增子测序、宏基因组测序、宏转录组、代谢组以及多组学整合数据，既包含基因序列、功能注释等基础信息，也反映了从个体到群落结构的多层次特征 [2]。 这种参数可视化与动态反馈机制，可以