基因组水平的遗传多样度分析
Genomic Genetic Diversity Analysis
Authors: 吴宏匡卫民,
胡靖扬,
于黎 and
date: 04/21/2021,
view: 6234,
Q&A: 0
... θπ显著偏低的遗传区域暗示可能经历了自然选择作用。 它们往往反映了该区域可能经历了非随机的演化事件（例如自然选择）；上图中，核苷酸多样度水平低于红色虚线（表征基因组第五分位数阈值）的遗传区域则可能经历了自然选择作用。 文件并计算每个窗口下该群体的核苷酸多样度；但该命令指定了相邻两个窗口交叠10K，即窗口以10K的步长在基因组上进行滑动和计算 （加入滑动窗口步长是为了探究连续滑动窗口之间核苷酸多样度是否存在剧烈波动；在对自然选择区域的鉴定分析中有利于较为精细的定位发生自然选择的核心区域 另一方面，可
群体历史推断方法
The Methods for Inferring Population History
Authors: 刘俊锋季现超,
陈华 and
date: 04/21/2021,
view: 14957,
Q&A: 0
... 在遗传过程中，若特定基因受到自然选择 (natural selection) 作用，则相应等位基因的频率也会明显波动：有些等位基因的频率显著升高，而有些等位基因的频率显著降低，所以很容易混淆遗传漂变和自然选择在基因组上产生的效应 尽管DaDi考虑了自然选择的影响，进而可以分析非同义SNP数据；但是，非编码区DNA序列更适合群体历史推断。 基于混合和种群瓶颈模型，他们发现仍有些位点的相应等位基因的频率明显偏离中性理论 (neutral theory)，故认为该效应源于自然选择。 Stajich和Hahn (Staji