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转录组年龄指数法在动物发育进化研究中的应用
Application of Transcriptome Age Index in Animal Evo-devo Studies
Authors:  王静王师 and date: 08/13/2021, view: 3654, Q&A: 0
Domazet-Lo?o等（2007）提出了系统进化层级理论，认为基因组中每个基因都有其系统进化层级，并可通过与已知基因组进行相似性比对来确定基因的“进化年龄”。 以虾夷扇贝为例，本研究中将虾夷扇贝的基因划分为11个进化层级（图5），其中将细胞生物（cellular organisms）定义为系统进化层级的第一级（PS1），真核生物（Eukaryota）定义为系统进化层级的第二级 表示属于进化
高级阶元分子系统发育研究未来创新的思考
Thinking on the Future Innovations in the Molecular Phylogenetics at Higher Category Levels
Author:  谢强date: 03/29/2021, view: 4439, Q&A: 0
... 目前，较高质量的研究通常至少要参照一个最主流的分类系统（为方便表述，这里假设该分类系统只跨2个阶元层级，例如某纲内部分目，或某科内部分亚科），对于该分类系统中同一阶元层级的各分类单元各选取至少1-2个物种作为代表 依托树形结构，普遍存在的分子衍征可以被组织成层级式的分子衍征体系，用于支撑高阶分类单元和物种的标准化描述。 从本质上说，二维矩阵中每一列碱基或氨基酸就是信号和噪音的基本载体，而树形结构是一个包含众多内部节点的层级结构。 第二，作为追求的目标，一项高级阶元分子系统发育研究应该参照待研类群所有已有的分类系统、
Dynamic Meta-Storms算法：基于物种水平的生物分类学和系统发育信息对宏基因组进行全面比较
Dynamic Meta-Storms: comprehensive taxonomic and phylogenetic comparison of shotgun metagenomes at the species level
Authors:  张玉凤荆功超, 陈俞竹, 徐健, 苏晓泉 and date: 01/10/2021, view: 4302, Q&A: 0
... 模拟样本的组成结构 (A) 与预期的样本距离 (B) 图4的结果显示，只有DMS距离的结果与预期相符，Bray-Curtis距离由于没有考虑物种间的进化距离，在Case I和II均出现错误；Weighted 为解决此问题，DMS将未能识别到物种水平群落成分，根据其更高层级分类信息，动态地插入到系统发育树中适当位置的虚拟结点来计算。该虚拟结点仅包含同一分类单元下的所有子分支。 Meta-Storms基于系统发育树来计算微生物组之间的相似度和距离5.2采用虚拟结点映射计算未识别的群落成分 对于不能映射到物种水平 (species level) 但有更高
野生动物微生物组数据平台构建的技术方法和实践挑战
Technical Frameworks and Practical Challenges in Developing Wildlife Microbiome Databases
Authors:  王恺毅杨蕊菁, 李雨霏, 赵李頔涵, 闫利平, 王海燕, 高云云 and date: 02/05/2026, view: 225, Q&A: 0
... 这种多类型数据的集成不仅有助于全面解析微生物群落的组成与功能，还能为跨尺度的生态学和进化学研究提供支持。
蝴蝶Hi-C文库构建
Construction of Hi-C Library for Butterfly
Authors:  万雯婷常洲, 董志巍, 王文, 李学燕 and date: 09/16/2021, view: 2342, Q&A: 0
... 通过Hi-C技术可以获得全基因组范围内的互作信息，得到染色体三个层级的三维结构，即常染色质/异染色质 (A/B compartment)、拓扑相关结构域 (TAD)、染色质环 (loop)；通过Hi-C Hi-C技术在蝴蝶中的应用也越来越广泛，例如，中国科学院昆明动物研究所进化基因组学与基因起源研究团队于2019年利用Hi-C技术结合三代长读长测序技术 (Pacbio) 完成了染色体水平的碧凤蝶 (Papilio 致谢感谢国家自然科学基金委员会创新研究群体 (31621062)、国家自然科学基金委员会面上项目 (32070482)、中国科学院西部之光