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Likelihood Estimation of Arabidopsis Population Parameters with MAPGD
基于MAPGD的拟南芥群体参数的似然估计
Authors:  Yue HaoMatthew S. Ackerman, Michael Lynch and date: 08/20/2023, view: 276, Q&A: 0
... .，2022）是一系列相关程序，使用统计学上严格的最大值来估计等位基因频率、杂合性、Hardy-Weinberg 不平衡、连锁不平衡和群体基因组数据中的同一性系数似然法。 ... 根据群体水平高通量测序数据对连锁不平衡进行全基因组估计。 遗传学197(4)：1303 – 1313。Maruki, T. 和 Lynch, M.
群体历史推断方法
The Methods for Inferring Population History
Authors:  刘俊锋季现超, 陈华 and date: 04/21/2021, view: 14630, Q&A: 0
... 在基于连锁不平衡信息的统计模型中，通常采用血源同一和溯祖-隐马尔可夫两种模型构建连锁不平衡同群体历史信息之间的关系。 fastsimcoal2同样没有考虑位点间的连锁效应，为了最大限度降低连锁不平衡效应，Excoffier等人使得所分析的非编码SNP间距为5 kb。 尽管部分基于连锁不平衡信息的方法 (例如MSMC和SMC++) 通过增加群体样本试图改善对近期群体历史的推断，但推断效果未有明显改善。 五、总结与展望
微卫星标记的开发和数据分析流程
Protocol for Development, Genotyping and Data Analysis of Microsatellite Maker
Authors:  杨方园巫鹏翔 and date: 05/11/2021, view: 6698, Q&A: 0
... 5.5使用Genepop (Rousset, 2008) 进行哈迪温伯格平衡 (HWE) 检验和连锁不平衡 (LD) 检验。 得到的位点-位点的结果中，如果p值小于0.05，则表明位点存在显著的连锁。5.6质控可以加强我们对数据质量的了解。但是我们应该谨慎对待和调整我们的数据值。 然后我们需要在不同参考序列或染色体序列中广泛地选择一些位点，保证微卫星位点尽可能均匀地分布在基因组中，以避免位点连锁。1.6(可选步骤)
应用环境关联分析检测本地适应位点
Detecting Loci Underlying Local Adaptation Using Environmental Association Analysis
Authors:  金铃郭宝成 and date: 06/24/2021, view: 6663, Q&A: 0
... 一般可将BayeScan或其他软件和方法鉴定到的受选择位点 (如FST离群SNPs)
远缘袖蝶属杂交和基因渗入的研究方法
The Research Methods to Detect Hybridization and Introgression in the Heliconius Butterflies
Authors:  曾华张蔚 and date: 06/30/2021, view: 3864, Q&A: 0
...
物种树构建后的基因渗入检验方法
Methods of Detecting Introgression after Species-tree Construction
Authors:  丁颖纪繁迪, 黄华腾 and date: 02/10/2022, view: 9285, Q&A: 1
... 因此，本文不包括基于群体遗传(每个物种需要多个个体)或基于位点间连锁不平衡信息的基因渗入检验方法。目前大部分系统发育分析采用物种树方法，因此，本文主要关注能够同时考虑ILS和基因渗入的检验方法。 如果所有位点间都无连锁、相互独立，D值是否显著偏离零可以用二项式分布检验。 这类方法一般假设位点之间无连锁，因此非常适合简化基因组测序数据—每个基因片段长度很短，可变位点较少 (Davey and Blaxter, 2010)。 此外，本文主要介绍了适用于一般系统发育基因组学数据的方法，即数据中每个物种通常只有单个或者极少