研究背景在DNA水平上检测正选择，并找出对应的氨基酸位点是适应性进化分析中不可或缺的一项重要内容。 应用EasyCodeML进行适应性进化分析，简单易用。但受内核所限，该软件仅适用于中、小型数据集。 比对序列格式转换1.2系统发育树文件 用于适应性进化分析的树文件必须是不带任何数值的 Newick 格式。 在基于密码子 (Codon-based) 进化模型的生物软件和资源中，PAML包中的CodeML 程序目前使用最为广泛 (Yang, 2007)。 非同义替代与同义

研究背景适应性进化是生物适应环境变化赖以生存的基础。生物能否快速适应环境变化，对于维护生物多样性、人类健康、粮食安全、自然资源的可持续性等均有重要意义 (Carroll et al., 2014)。 基于重测序数据，可以获得来自不同环境鱼类群体的遗传变异，进而检测与环境适应相关的选择信号，从而揭示鱼类的适应性遗传机制。 本地适应是指某群体相比于其他群体更适应其所在生境的进化过程 (Savolainen et al., 2013)。 特别是近年来全球气候和环境正在发生剧烈变化，理解生物适应环境的遗传机制，已成为进化