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应用环境关联分析检测本地适应位点
Detecting Loci Underlying Local Adaptation Using Environmental Association Analysis
Authors:  金铃郭宝成 and date: 06/24/2021, view: 6663, Q&A: 0
... 利用RAD-seq、全基因组重测序等技术获得SNP (single nucleotide polymorphism, 单核苷酸多态性)，以SNP作为遗传标记进行选择信号分析，无论对于模式物种还是非模式物种 基于全基因组范围内SNP数据，在野生群体的适应机制研究中检测受选择信号主要有两类方法：FST离群值检测 (outlier analysis, OA) 和环境关联分析 (environmental association 一般可将BayeScan或其他软件和方法鉴定到的受选择位点 (如FST离群S
基因组水平的遗传多样度分析
Genomic Genetic Diversity Analysis
Authors:  吴宏匡卫民, 胡靖扬, 于黎 and date: 04/21/2021, view: 6120, Q&A: 0
... 如果想通过对某个种群全基因组核苷酸多样度分布的解析来鉴定其基因组中快速进化（自然选择）的遗传区域时，则建议选择10-20K左右的窗口进行扫描（窗口设置太大容易导致选择信号被基因组的背景信号掩盖）。 θπ显著偏低的遗传区域暗示可能经历了自然选择作用。 它们往往反映了该区域可能经历了非随机的演化事件（例如自然选择）；上图中，核苷酸多样度水平低于红色虚线（表征基因组第五分位数阈值）的遗传区域则可能经历了自然选择作用。 文件并计算每个窗口下该群体的核苷
群体基因组水平的适应性位点检测
Detecting Adaptive Loci with Population Genomic Data
Authors:  金铃郭宝成 and date: 07/23/2021, view: 5416, Q&A: 0
... 基于重测序数据，可以获得来自不同环境鱼类群体的遗传变异，进而检测与环境适应相关的选择信号，从而揭示鱼类的适应性遗传机制。 alpha组分为正值，说明该位点受到歧化选择 (diversifying selection)；alpha系数为负值，说明该位点受到平衡选择 (balancing selection) 或纯化选择 (purifying FST离群值分析 (outlier analysis, OA) 是目前检测受选择位点的主流方法之一 (Liberles et al., 202