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蜻蜓分类学入门指导
A Preliminary Guide of Taxonomy of Odonata
Authors:  于昕陈雪伊, 张敏 and date: 12/14/2021, view: 11366, Q&A: 0
... 简单的说，该流程就是应用线粒体基因COI片段和核基因ITS片段作为标准的分子标记，以构建支序图的方法实现精准的鉴定分析。 根据所需的基因片段使用通用引物，必要时设计特异性引物，以提取的基因组为模板，进行PCR扩增，后送公司测序。 对于蜻蜓，根据本实验室的经验，应用COI和ITS序列分别单独进行支序分析，构建最大似然 (ML) 树和贝叶斯 (BI) 树，通常可得到满意的鉴定结果 (图16)。 分子鉴定流程如下：1.1提取基因组及扩增目的片段：通常取标本的1个足或少许胸部肌肉为材料提
眼蕈蚊科昆虫的采集、制作与物种鉴定
Collecting, Preparation and Identification of Black Fungus Gnats (Diptera: Sciaridae)
Authors:  刘彩霞王青云, 吴鸿, 黄俊浩 and date: 10/14/2021, view: 5119, Q&A: 0
... DNA条形码序列是线粒体基因组中一段短的标准的细胞色素c氧化酶亚基I (cytochrome C oxidase subunit I, COI) 基因片段，常用于许多类群中的物种鉴定、分 类和多样性分析 COI片段的PCR扩增条件为95 °C预变性5 min，共运行35个循环：95 °C 变性30 s，45 °C退火40 s，72 °C延伸50 s，72 °C延伸10 min，最后4 °C Forever 序列处理5.1采用双向测序，测序得到的COI原始序列使用ContigExpress软件观察序
赤眼蜂科及缨小蜂科系统分类与生物学特征研究方法
Systematic Identification and Biological Characteristic Research Method of Trichogrammatidae and Mymaridae
Authors:  康宁努日耶· 木合太尔, 胡红英, 朱丽得孜· 艾山 and date: 07/15/2021, view: 2693, Q&A: 0
... 赤眼蜂和缨小蜂COI和ITS2的引物序列表3. PCR扩增ITS2和COI的片段的反应体系表4. 裂解缓冲液的配方四、PCR反应本研究利用昆虫mtDNA-COI和ITS2相应基因片段进行扩增反应，片段扩增引物由北京华大基因公司合成 (表2)。 PCR扩增ITS2和COI的片段的反应条件五、生物学特性研究方法寄主害虫饲养 将采集的虫瘿及寄主害虫幼虫或卵分组置于光照培养箱内进行饲养。 基于COI基因和ITS2基因的系统进化树构建：
蜚蠊目昆虫的野外采集、标本制作和数据分析
Collection, Specimen Making and Data Analysis of Blattodea Species
Authors:  邓文波车艳丽, 李志强, 王宗庆 and date: 09/23/2021, view: 3694, Q&A: 0
... 常用的分子手段就是DNA条形码 (DNA Barcodes)，线粒体细胞色素C氧化酶亚基I (COI) 基因的一段短的标准DNA 片段 (658 bp)，被广泛地用于蜚蠊种类的鉴定以及雌雄配对。 2.2基于分子序列数据的系统发育分析 目前蜚蠊分子系统发育分析使用较多的是多基因片段以及线粒体基因组，常用的分子标记是线粒体基因COI、COII、12S、16S，以及核基因H3，28S，18S，当然还有其它的分子标记 得到序列组装后，将片段放入网站BLAST进行同源性比较 (http://blast.n
基于高通量测序的全长DNA条形码获取方法
Methods for Obtaining Full-length DNA Barcodes Using High-throughput Sequencing
Authors:  杨琛涛周程冉, 刘山林, 周欣 and date: 08/25/2021, view: 5283, Q&A: 0
... 建库插入片段为250 bp小片段。建库后，使用Illumina Hiseq 4000 (或BGISEQ系列平台) 进行双端测序，测序读长为150 bp，数据量约2-5 Gb。 插入片段长度和测序读长为固定参数，不能随意修改。3.2HIFI-Barcode-PacBio PacBio测序。 在基因组领域，短数据可以利用位置关系被拼接为准确的长片段；根据类似的原理，所在项目组已经专门开发过针对条形码的组装算法，可以被用于组装混合样品中的全长条形码。 2)组装算法：采用SOAPBarcode算法 (图4) 对条形码序列
湖泊水体环境DNA的采集、提取与鱼类遗传标记的扩增
Collection and Extraction of Lake Water Environmental DNA and Amplification of Fish Genetic Markers
Authors:  舒璐潘红梅, 彭作刚 and date: 10/15/2021, view: 3527, Q&A: 0
... 将所有产生目的片段条带的样品用于后续建库和测序。未产生目的片段条带的样品不参与后续建库和测序。 Balasingham等（2018）使用COI标记从加拿大南部的Grand河流和Sydenham河流中共检测出78种本地鱼类、4种濒危鱼类以及1种入侵鱼类，其检测结果与历史监测结果基本一致。 所有阴性对照均需参与全部实验流程，产生目的片段条带的阴性对照将参与后续建库和测序，通过分析阴性对照的测序结果评估污染情况。 Tele02引物与MiFish-U引物的扩增区域非常接近，但Tele02引物的扩增片段具有
DNA条形码算法及软件开发
Algorithms and Software Development of DNA Barcoding
Authors:  张爱兵杨炳, 王瑛, 杨采青 and date: 10/15/2021, view: 4592, Q&A: 0
... 序列片段或同一物种具有多种基因型，从而导致分子物种鉴定得到错误的结果 (Mutanen et al., 2016)。 2003 年，加拿大学者 Hebert 提出使用线粒体细胞色素氧化酶亚基 I 的基因片段进行物种识别 (Hebert normal;"> et al., 2003a)，这被称为DNA 条形码 (DNA barcoding)，该技术通过使用较短序列片段建立起分子数据和物种之间的匹配关系 (Hebert et al., 2003b; Hickerson et al., 2006; Hollingsworth
基于混合PCR产物制备捕获探针的基因组捕获方法
Genome Sequence Capture Based on Pooled PCR-generated Baits
Authors:  张 圆梁 丹, 张 鹏 and date: 03/10/2021, view: 4007, Q&A: 0
... 如果已知所选分子标记十分容易扩增，如COI，Cytb等，也可以只进行一轮PCR扩增。如果分子标记数量较多，推荐使用96孔板进行反应。 2.1DNA片段化 可以使用超声波破碎仪和DNA片段化酶两种方法进行基因组DNA片段化。 如果选择使用DNA片段化酶的方法进行DNA片段化，参考以下步骤：1)使用200 μl离心管配制如下20 μl的反应体系 (表9)：表9. DNA片段化2)使用移液枪吸打混匀，之后短暂离心。 超声波破碎仪相比于DNA片段化酶