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Quality Control and Preprocessing of Sequencing Reads
测序读数的质量控制和预处理
Authors:
Zhiqiang Hao
Xiaojuan Liang
,
Guanglin Li
and
date:
07/05/2022,
view:
3028,
Q&A:
0
... Different tools have been developed for this, such as
FastQC
, iTools, fastp, cutadapt, and FASTX. ... A wrapper script called ‘
fastqc
’ is included in the top level directory of
A Bioinformatics Pipeline for Whole Exome Sequencing: Overview of the Processing and Steps from Raw Data to Downstream Analysis
全外显子组测序的生物信息学分析流程:从原始数据处理到下游分析的步骤概述
Authors:
Narendra Meena
Praveen Mathur
,
Krishna Mohan Medicherla
,
Prashanth Suravajhala
and
date:
04/20/2018,
view:
31917,
Q&A:
0
... /
fastqc
~/samples/sample1.fastq
FastQC
generates an HTML formatted report with box plots and graph plots downloaded/used from following locations:FastQC https://www.bioinformati
Identification of Accessible Chromatin Regions with MNase-seq
使用MNase-seq鉴定可及染色质区域
Authors:
Chuizheng Kong
Hongcui Pei
,
Zefu Lu
,
Lifeng Gao
,
Guangyao Zhao
,
Xu Liu
,
Jizeng Jia
and
date:
03/20/2024,
view:
595,
Q&A:
0
... /raw_data/*.fq.gz do
fastqc
-o . /clean_data/*.fq.gz do
fastqc
-o . $name.log Quality control: Use
FastQC
again to evaluate the quality of the cleandata. v0.11.8 (Babrah