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基于扩增子数据的系统发育树的构建和展示
Construction and Display of Phylogenetic Tree Based on Amplicon Data
Authors:  周欣马紫英, 祁智慧, 刘永鑫, 蔡磊 and date: 03/25/2021, view: 7925, Q&A: 5
... 三、 R语言的下载安装和使用 R语言是目前生物学、经济学等领域最流行的统计分析语言，下载最新版R语言 (下载页面：https://cran.r-project.org)；点击Download R for Windows完成R-4.0.3.win.exe安装程序的下载(如图2)；双击安装程序，建议语言选择英文安装。 R语言的下载四、 IQ-TREE的下载安装
基于不等长序列估算单倍型多样性方法的教程
A Tutorial For the Method of Estimating Haplotype Diversity From Sequences With Unequal Lengths
Authors:  范平宋刚, 雷富民 and date: 09/23/2021, view: 2461, Q&A: 0
... R语言的使用教程可参考Cookbook for R网站(http://www.cookbook-r.com/)，该网站提供了R语言基础、数据分析、图形绘制的详细教程及其示例代码。 分析步骤 以下分析函数脚本下载地址：https://doi.org/10.5281/zenodo.4722108，将下载脚本加载至R语言工作空间即可。 在CRAN网站（http://cran-r-project.org/）上可以下载R
基于逆转座子插入与缺失的系统发育基因组学重建
Phylogenomic Reconstruction with Insertions and Deletions of Retrotransposon
Authors:  刘高鸣周旭明 and date: 07/15/2021, view: 2371, Q&A: 0
... 三个物种 (或者枝系) 的系统发生拓扑结构差异的检验，用R语言撰写的KKSC显著性检验。 https://software-ab.informatik.uni-tuebingen.de/download/splitstree5/SplitsTree5_unix_5_2_25-beta.sh)R语言 用JAVA语言撰写的UCSC2FASTA把maf文件转换成fasta格式 (图1D)。 (https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R
海洋环境资源状态划分及微生物群落生态位宽度计算方法
Partitioning of Resource States in the Marine Environment and Calculation of Niche Breadth of Microbial Community
Authors:  闫慧贞张德民, 王凯 and date: 04/20/2022, view: 5624, Q&A: 0
... 用R语言软件包vegan (Oksanen等，2018) 中的函数cascadeKM()调用k-均值划分法 (k-means partitioning)对海水环境因子（图1）进行非层次聚类，用SSI指数 G., Friendly, M., Kindt, R., Legendre, P., McGlinn, D., Minchin, P. R., O'Hara, R. 基于k-均值划分样地资源状态的R代码图3. 在R环境中导出k-均值聚类图 (Wang等，
使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据
Using QIIME 2 to Analysis Amplicon Sequencing of 16S rRNA Gene in Microbiome
Authors:  刘永鑫陈同, 钱旭波, 白洋 and date: 04/25/2021, view: 17896, Q&A: 3
... ，下载适合自己系统的安装包 （版本：4.0.2+）：https://www.r-project.org/ (可选) R语言开发环境RStudio，用于执行流程，下载适合自己系统的安装包（版本：1.3.1056 / (可选) Windows远程访问服务器终端工具Xshell 6.0.0197p+：https://www.netsarang.com/zh/free-for-home-school/ (可选) R语言环境 生成特征表和代表序列 DADA2是基于R语言
微卫星标记的开发和数据分析流程
Protocol for Development, Genotyping and Data Analysis of Microsatellite Maker
Authors:  杨方园巫鹏翔 and date: 05/11/2021, view: 6729, Q&A: 0
... 微卫星数据载入R语言环境 R语言提供了丰富的工具包，能够执行几乎所有的微卫星数据分析。 按安装说明书GMATA_installation.pdf的提示，安装perl, R和JAVA语言环境。配置好后双击文件夹中的GMATAv2.2.jar运行。 读者可以参考Kamvar et al. (2016) 的在线教程https://popgen.nescent.org/，去探索R包中丰富的功能。作为引入，这里我们介绍了将微卫星数据读入R环境的方法。 J