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在线BLAST的使用

潘希浪 |  2022-11-23  | DOI: 10.21769/BioProtoc.v1020
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视频简介BLAST(Basic Local Alignment Search Tool),是生物信息学分析中最常用的工具之一,是用局部比对的方法在数据库中搜索与查询序列(query sequence)相似的序列。 根据查询的序列是核酸还是蛋白质及要搜索的数据库类型(核酸数据库或者蛋白质数据库。BLAST有不同的算法: Nucleotide BLAST,直接用核酸序列搜索核酸数据库。①blastn:直接是核酸的两两比对。②tblastx:将查询序列与核酸数据库中的所有序列都翻译成蛋白质,进行蛋白质的比对。 Protein BLAST,也称blastp。用蛋白序列去搜索蛋白质数据库。 blastx:用核酸序列去搜索蛋白质数据库,将核酸序列先翻译成蛋白质,再进行蛋白质的比对。 tblastn:用蛋白序列去搜索核酸数据库,把核酸数据库里的所有序列翻译成蛋白质序列,再继续蛋白质的比对。
  • 视频介绍

一、视频摘要

BLASTBasic Local Alignment Search Tool),是生物信息学分析中最常用的工具之一,是用局部比对的方法在数据库中搜索与查询序列(query sequence)相似的序列。通过该工具,可以找到与查询序列相似度较高的同源序列。

二、关键词
NCBIBLAST、生物信息学

三、实验样品信息,试剂、耗材或仪器

1. 样品信息

2. 试剂和耗材

3. 仪器和软件

电脑、BLAST(官网:BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov)

四、实验操作

1)以blastn为例:

第一步:输入查询序列(可以直接在文本框内输入fasta格式的序列,也可以输入NCBI数据库的序列号。还可以点击浏览上传本地序列文件)。第二步:搜索设置选择数据库(默认nr/nt数据库,NCBI上比较全面的数据库。也可以选择其他数据库)选择物种(可以限定在某一或某一类物种;也可以排除物种;也可以排除某些特定序列,XM/XP:基因组注释时预测出的序列;排除环境样本的序列)。第三步:程序选择(megablast:搜索高度相似的序列;discontiguous megablast:能搜索出序列相似度不是很高的序列;blastn:能够搜索出更多序列相似度不是很高的序列。)第四步:点击BLAST进行搜索或者点击算法参数对搜索参数进行进一步调整。

得到结果:TitleRID等。对查询训练及查询的整体概述。四个选项卡:DescriptionGraphic SummaryAlignmentsTaxonomy(物种分类)

2)以blastp为例:

第一步:输入查询序列。第二步:搜索设置,作出一些限定。第三步:程序选择(blastp:普通搜索;迭代算法PSI-BLAST:根据位置特异性矩阵可以搜索到更多的远程同源序列PHI-BLAST:提交查询序列的保守结构域,搜索相似而且包含该结构域的序列DELTA-BLASTCDD数据库搜索构建位置特异性矩阵,第一轮搜索大量远程同源序列)第四步:点击BLAST进行搜索或者点击算法参数对搜索参数进行进一步调整。

得到结果:TitleRID等。对查询训练及查询的整体概述。四个选项卡:DescriptionGraphic SummaryAlignmentsTaxonomy

五、注意事项

建议大家还可以尝试官网里其他特殊的BLAST或者本地BLAST

六、结果分析(可选)

可以从四个选项卡:DescriptionGraphic SummaryAlignmentsTaxonomy得到本次搜索结果的具体结果信息。

七、参考文献(可选)

Ye J, McGinnis S, Madden T L. BLAST: improvements for better sequence analysis[J]. Nucleic acids research, 2006, 34(suppl_2): W6-W9.

Johnson M, Zaretskaya I, Raytselis Y, et al. NCBI BLAST: a better web interface[J]. Nucleic acids research, 2008, 36(suppl_2): W5-W9.

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