在线BLAST的使用

一、视频摘要

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool），是生物信息学分析中最常用的工具之一，是用局部比对的方法在数据库中搜索与查询序列（query sequence）相似的序列。通过该工具，可以找到与查询序列相似度较高的同源序列。

二、关键词
NCBI、BLAST、生物信息学

三、实验样品信息，试剂、耗材或仪器

1. 样品信息

无

2. 试剂和耗材

无

3. 仪器和软件

电脑、BLAST（官网：BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov)）

四、实验操作

（1）以blastn为例：

第一步：输入查询序列（可以直接在文本框内输入fasta格式的序列，也可以输入NCBI数据库的序列号。还可以点击浏览上传本地序列文件）。第二步：搜索设置①选择数据库（默认nr/nt数据库，NCBI上比较全面的数据库。也可以选择其他数据库）②选择物种（可以限定在某一或某一类物种；也可以排除物种；也可以排除某些特定序列，XM/XP：基因组注释时预测出的序列；排除环境样本的序列）。第三步：程序选择（megablast：搜索高度相似的序列；discontiguous megablast：能搜索出序列相似度不是很高的序列；blastn：能够搜索出更多序列相似度不是很高的序列。）第四步：点击BLAST进行搜索或者点击算法参数对搜索参数进行进一步调整。

得到结果：Title、RID等。对查询训练及查询的整体概述。四个选项卡：①Description②Graphic Summary③Alignments④Taxonomy(物种分类)

（2）以blastp为例：

第一步：输入查询序列。第二步：搜索设置，作出一些限定。第三步：程序选择（blastp：普通搜索；迭代算法①PSI-BLAST：根据位置特异性矩阵可以搜索到更多的远程同源序列②PHI-BLAST：提交查询序列的保守结构域，搜索相似而且包含该结构域的序列③DELTA-BLAST：CDD数据库搜索构建位置特异性矩阵，第一轮搜索大量远程同源序列）第四步：点击BLAST进行搜索或者点击算法参数对搜索参数进行进一步调整。

得到结果：Title、RID等。对查询训练及查询的整体概述。四个选项卡：①Description②Graphic Summary③Alignments④Taxonomy。

五、注意事项

建议大家还可以尝试官网里其他特殊的BLAST或者本地BLAST。

六、结果分析（可选）

可以从四个选项卡：①Description②Graphic Summary③Alignments④Taxonomy得到本次搜索结果的具体结果信息。

七、参考文献（可选）

Ye J, McGinnis S, Madden T L. BLAST: improvements for better sequence analysis[J]. Nucleic acids research, 2006, 34(suppl_2): W6-W9.

Johnson M, Zaretskaya I, Raytselis Y, et al. NCBI BLAST: a better web interface[J]. Nucleic acids research, 2008, 36(suppl_2): W5-W9.