一、视频摘要
本视频的目的是想给有意向学习生信分析,但对于学习代码较为困难的同学提供一个便捷的途径。
二、关键词
生信分析;进化树;motifs;蛋白结构域
三、实验样品信息,试剂、耗材或仪器
1. 样品信息
NCBI,MEME,Pfam
2. 试剂和耗材
无
3. 仪器和软件
TBtools
四、实验操作
一、首先是数据准备
1.在NCBI下载所需分析的数据,包括谷子全蛋白组序列信息和水稻BADH2基因编码的蛋白序列信息,在Pfam数据库查找对应的隐马克夫模型,通过本地Blast得到谷子中潜在的含有此隐马克夫模型的蛋白序列;
2.将上一步得到的文件在NCBI预测中预测蛋白结构域以及在MEME官网拿到motifs;
二、通过TBtools可视化数据
在TBtools中“Gene
Structure View(Advanced)”功能可视化数据
五、注意事项
预测蛋白结构域等部分环节较慢需要耐心等待
声明:该视频作品仅代表作者观点,用于共享科学技术。内容仅供大家参考,不代表本站立场。