首页     短视频

基于软件和网站进行的生信入门分析

林起 |  2022-11-23  | DOI: 10.21769/BioProtoc.v1089
观看次数: 24 次  复制链接
视频简介基因家族成员鉴定、进化树构建及Motifs和蛋白结构域分析
  • 视频介绍

一、视频摘要

本视频的目的是想给有意向学习生信分析,但对于学习代码较为困难的同学提供一个便捷的途径。



二、关键词

生信分析;进化树;motifs;蛋白结构域


三、实验样品信息,试剂、耗材或仪器

1. 样品信息

NCBIMEMEPfam


2. 试剂和耗材


3. 仪器和软件

TBtools


四、实验操作

一、首先是数据准备

1.NCBI下载所需分析的数据,包括谷子全蛋白组序列信息和水稻BADH2基因编码的蛋白序列信息,在Pfam数据库查找对应的隐马克夫模型,通过本地Blast得到谷子中潜在的含有此隐马克夫模型的蛋白序列;

2.将上一步得到的文件在NCBI预测中预测蛋白结构域以及在MEME官网拿到motifs

二、通过TBtools可视化数据

TBtools中“Gene Structure View(Advanced)”功能可视化数据

五、注意事项

 预测蛋白结构域等部分环节较慢需要耐心等待



声明:该视频作品仅代表作者观点,用于共享科学技术。内容仅供大家参考,不代表本站立场。