CRISPR遗传筛选中的细胞分子表型鉴定

Bio-protocol |  2020-11-10
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研讨会简介 第三期多组学系列研讨会有幸邀请到西湖大学马丽佳研究员于2020年11月1日与大家分享CRISPR遗传筛选中的细胞分子表型鉴定技术与应用(Enable high content molecular phenotyping in CRISPR screen),主要会围绕以下几个方面进行探讨。

• 使用多重CRISPR筛选鉴定高维基因相互作用(Use multiplexed CRISPR screen to discover high-order genetic coordination)
• 构建深度学习算法预测CRISPR筛选的最优gRNA (Generate deep learning model to choose the ‘best’ gRNA inmultiplexed CRISPR screen)
• 应用单细胞RNA-seq分析CRISPR筛选结果(Apply single cell RNA-seq as CRISPR screen readout)
  • 会议介绍
演讲嘉宾
马丽佳 博士
马丽佳 博士
西湖大学 研究员
随着各类组学技术的快速发展,生命科学正逐步从传统的、以单点观察为主的学科,走向以产生和分析数字化组学信息(如基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组等)与功能实验验证相结合的学科。对具体生物学问题的研究也从关注单个突变、单个基因、单个蛋白逐步转向系统化研究。马丽佳博士长期从事系统生物学研究工作。以顺势调控元件(cis- elements)和反式作用因子(trans- regulator)等转录水平调控、以及mRNA修饰等转录后水平调控为切入点,通过结合功能基因组学实验与计算生物学方法,来研究基因表达和蛋白表达多样性的调控基础。实验室重点关注调控变化对胚胎发育、细胞分化、癌症进展等生理病理过程的影响,以及各级调控之间的相互作用(crosstalk)。同时,关注各类前沿实验技术(单细胞测序、CRISPR基因编辑、微流控技术在生物实验中的应用)和生物信息学分析方法的应用与开发。将“湿实验”与“干实验”相结合,“科学探索”与“技术开发”相结合。

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Selected publications:
● Song Q*, Ni K*, Liu M*, Li Y, Wang L, Wang Y, Yu Z, Qi Y, Lu Z, Ma L. Direct-Seq: programmed RNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen. Genome Biology. 2020; 21:136
● Chen Q*, Li Y*, Wang X, Zhang X, Hu Y, Li L, Suo D, Ni K, Li Z, Zhan J, Zeng T, Zhu Y, Li Y, Ma L#,Guan X#. Tumor fibroblast-derived FGF2 regulates expression of SPRY1 in esophageal tumor-infiltrating T cells and plays a role in T cell exhaustion. Cancer Res. 2020 (accepted).
●Ni K, Ma L. Molecularbiology techniques for endometrial gene expression: recent technological advances. Endometrial Gene Expression. 2020, Springer
● Ma L, Zhao B, Chen K, Thomas A, Tuteja JH, He X, He C, White K. Evolution of transcript modification by N6-methyladenosine in primates. Genome Res. 2017; 27(3):385-92.
● Negre N*, Brown CD*, Ma L*, Bristow CA*, Miller SW*, Wagner U, …, White K. Acis-regulatory map of the Drosophila genome. Nature. 2011; 471(7339):527-31.

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会议组织者
何芳连 博士
会议主持人 何芳连 博士
Bio-protocol 执行主编
[关键词] CRISPR、细胞分子表型鉴定
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