随着各类组学技术的快速发展，生命科学正逐步从传统的、以单点观察为主的学科，走向以产生和分析数字化组学信息（如基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组等）与功能实验验证相结合的学科。对具体生物学问题的研究也从关注单个突变、单个基因、单个蛋白逐步转向系统化研究。马丽佳博士长期从事系统生物学研究工作。以顺势调控元件（cis- elements）和反式作用因子（trans- regulator）等转录水平调控、以及mRNA修饰等转录后水平调控为切入点，通过结合功能基因组学实验与计算生物学方法，来研究基因表达和蛋白表达多样性的调控基础。实验室重点关注调控变化对胚胎发育、细胞分化、癌症进展等生理病理过程的影响，以及各级调控之间的相互作用（crosstalk）。同时，关注各类前沿实验技术（单细胞测序、CRISPR基因编辑、微流控技术在生物实验中的应用）和生物信息学分析方法的应用与开发。将“湿实验”与“干实验”相结合，“科学探索”与“技术开发”相结合。
Selected publications:
● Song Q*, Ni K*, Liu M*, Li Y, Wang L, Wang Y, Yu Z, Qi Y, Lu Z, Ma L. Direct-Seq: programmed RNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen. Genome Biology. 2020; 21:136
● Chen Q*, Li Y*, Wang X, Zhang X, Hu Y, Li L, Suo D, Ni K, Li Z, Zhan J, Zeng T, Zhu Y, Li Y, Ma L#,Guan X#. Tumor fibroblast-derived FGF2 regulates expression of SPRY1 in esophageal tumor-infiltrating T cells and plays a role in T cell exhaustion. Cancer Res. 2020 (accepted).
●Ni K, Ma L. Molecularbiology techniques for endometrial gene expression: recent technological advances. Endometrial Gene Expression. 2020, Springer
● Ma L, Zhao B, Chen K, Thomas A, Tuteja JH, He X, He C, White K. Evolution of transcript modification by N6-methyladenosine in primates. Genome Res. 2017; 27(3):385-92.
● Negre N*, Brown CD*, Ma L*, Bristow CA*, Miller SW*, Wagner U, …, White K. Acis-regulatory map of the Drosophila genome. Nature. 2011; 471(7339):527-31.
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