一、视频摘要
实验原理： AlphaFold2对单个蛋白结构的预测，目前在所有AI中是最准的，且与实际实际结构很接近。20种模式生物的所有预测蛋白结构都被放到了AlphaFold2-EBI数据库中（https://alphafold.ebi.ac.uk/）。
实验目的：教大家如何使用AlphaFold2-EBI数据库，快速的从该数据库中查找蛋白结构。
实验结果：利用本视频的教程，可以对任意一个模式生物未知基因或者蛋白，进行快速预测蛋白结构下载和研究。
二、关键词
蛋白结构预测，AlphaFold2，模式生物，AlphaFold2-EBI数据库，快速查询
三、实验样品信息，试剂、耗材或仪器
1. 样品信息
视频操作教程，无样品
2. 试剂和耗材
视频操作教程，无试剂和耗材
3. 仪器和软件
网站：
1、ExPASy网址：https://web.expasy.org/translate/
（将编码基因序列翻译成蛋白序列）
2、NCBI网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
3、NCBI上protein BLAST工具网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome
4、UniProt网址：https://www.uniprot.org/
5、AlphaFold2-EBI存储20种模式生物蛋白预测结构数据库：https://alphafold.ebi.ac.uk/
软件：PyMoL软件（蛋白结构可视化软件）
四、实验操作
对于未知的模式生物蛋白基因序列
1 先将基因翻译成蛋白序列，再将蛋白序列在NCBI中进行BLAST比对，找到其编号；
2 将编号输入到UniProt网站中，得到其编号
3 将UniProt网站中编号输入到AlphaFold2-EBI数据库中，查找和下载该蛋白预测结构
对于已经准确知道其基因名或者蛋白名的序列，直接在AlphaFold2-EBI数据库中输入其精确名称也可以。
本方法优点：虽然可以跳过前面步骤，用AlphaFold2-EBI数据库直接进行搜索蛋白结构，但需要输入准确具体的名称才能搜索出来。本方法可以对不确定名称的基因或蛋白，进行搜索，或者直接对模式生物任意一个编码序列，搜索其预测结构，实现精确搜索。
4 利用PyMol软件进行蛋白结构可视化操作
五、注意事项
AlphaFold2-EBI数据库预测的蛋白结构范围：之前只能预测20种常用模式生物所有编码蛋白的结构，包括人，大肠杆菌，拟南芥，结核分枝杆菌等等。从2022年7月开始，可以预测超100万个物种的2.14亿个蛋白质结构，涵盖了几乎所有蛋白的单个结构。
六、结果分析（可选）
七、参考文献（可选）
Jumper, J. et al. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2 (2021).
Tunyasuvunakool, K. et al. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-021-03828-1 (2021).
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