首页     短视频

AlphaFold2助力-超100万个物种蛋白预测结构快速查询

李国强 |  2021-12-10  | DOI: 10.21769/BioProtoc.v835
观看次数: 52 次  复制链接
视频简介AlphaFold2-EBI数据库存放了模式生物所有编码蛋白的预测结构,如果用该数据库直接进行搜索蛋白结构,需要输入准确具体的名称才能搜索出来。本方法可以对不确定名称的基因或蛋白,按照视频中的流程进行搜索,或者直接对模式生物任意一个编码序列,搜索其预测结构,实现精确搜索。AlphaFold2-EBI数据库预测的蛋白结构范围:20种常用模式生物所有编码蛋白的结构,包括人,大肠杆菌,拟南芥,结核分枝杆菌等等。AlphaFold2对单个蛋白结构的预测,目前在所有AI中是最准的,且与实际实际结构很接近。
  • 视频介绍
  • 评审评语摘选

一、视频摘要

实验原理: AlphaFold2对单个蛋白结构的预测,目前在所有AI中是最准的,且与实际实际结构很接近。20种模式生物的所有预测蛋白结构都被放到了AlphaFold2-EBI数据库中(https://alphafold.ebi.ac.uk/)。

实验目的:教大家如何使用AlphaFold2-EBI数据库,快速的从该数据库中查找蛋白结构。

实验结果:利用本视频的教程,可以对任意一个模式生物未知基因或者蛋白,进行快速预测蛋白结构下载和研究。

 

二、关键词

蛋白结构预测,AlphaFold2,模式生物,AlphaFold2-EBI数据库,快速查询

 

三、实验样品信息,试剂、耗材或仪器

1. 样品信息

视频操作教程,无样品

 

2. 试剂和耗材

视频操作教程,无试剂和耗材

 

3. 仪器和软件

网站:

1、ExPASy网址:https://web.expasy.org/translate/

(将编码基因序列翻译成蛋白序列)

2、NCBI网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

3、NCBIprotein BLAST工具网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

4、UniProt网址:https://www.uniprot.org/

5、AlphaFold2-EBI存储20种模式生物蛋白预测结构数据库:https://alphafold.ebi.ac.uk/


 

软件:PyMoL软件(蛋白结构可视化软件)

四、实验操作

对于未知的模式生物蛋白基因序列

先将基因翻译成蛋白序列,再将蛋白序列在NCBI中进行BLAST比对,找到其编号;

将编号输入到UniProt网站中,得到其编号

UniProt网站中编号输入到AlphaFold2-EBI数据库中,查找和下载该蛋白预测结构

对于已经准确知道其基因名或者蛋白名的序列,直接在AlphaFold2-EBI数据库中输入其精确名称也可以。


本方法优点:虽然可以跳过前面步骤,用
AlphaFold2-EBI数据库直接进行搜索蛋白结构,但需要输入准确具体的名称才能搜索出来。本方法可以对不确定名称的基因或蛋白,进行搜索,或者直接对模式生物任意一个编码序列,搜索其预测结构,实现精确搜索。


4  利用PyMol软件进行蛋白结构可视化操作

五、注意事项

AlphaFold2-EBI数据库预测的蛋白结构范围:之前只能预测20种常用模式生物所有编码蛋白的结构,包括人,大肠杆菌,拟南芥,结核分枝杆菌等等。从20227月开始,可以预测超100万个物种的2.14亿个蛋白质结构,涵盖了几乎所有蛋白的单个结构。


 

六、结果分析(可选)

 

 

七、参考文献(可选)

Jumper, J. et al. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2 (2021).

Tunyasuvunakool, K. et al. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-021-03828-1 (2021).

声明:该视频作品仅代表作者观点,用于共享科学技术。内容仅供大家参考,不代表本站立场。
视频观赏性有待提高。
作者提供了一种方法,对未知蛋白预测结构,内容具有创新性。
该视频详细介绍了AlphaFold2的功能及操作步骤,简单易懂。建议在一些文字的表述上适当准确些。