群体历史推断方法
The Methods for Inferring Population History
Authors: 刘俊锋季现超,
陈华 and
date: 04/21/2021,
view: 14671,
Q&A: 0
... SMC++模型假设在n+2个单倍体 (haploids) 样本构成的谱系 (genealogy) 中有2个单倍体来自同一个个体并可识别,其所在分支 (lineage) 记为‘1’和‘2’。 同MSMC模型相比,SMC++模型可以分析上百个样本并且不需要做单倍体分型处理。 采用MSMC模型分析真实数据时,不仅需要进行序列比对、排序、合并等处理,还需要做单倍体分型 (haplotype phasing) 处理。 Schiffels和Durbin采用工具Shapeit2 (Delaneau et al., 2013) 进