• Peer-reviewed
  • Preprint
  • Extracted from published research articles
  • 生物化学
  • 生物信息学与计算生物学
  • 生物物理学
  • 癌症生物学
  • 细胞生物学
  • 发育生物学
  • 免疫学
  • 微生物学
  • 分子生物学
  • 神经科学
  • 植物科学
  • 干细胞
  • 系统生物学
  • 相关性
  • 日期
  • 浏览量
土壤宏转录组样本制备
Soil Sample Preparation of Microbial Communities for Metatranscriptomics
Authors:  贝水宽彭静静 and date: 04/12/2021, view: 4122, Q&A: 0
b 图样品中16S rRNA和23S rRNA去除程度高，mRNA富集程度好，适合进行下游反转录和宏转录组文库构建，而c图样品中16S rRNA和23S rRNA残留程度相对较高，mRNA富集程度较差。 宏转录组文库构建 基于NEBNext? Ultra? Directional RNA Library Prep Kit for Illumina (New England Biolabs, USA) 试剂盒 international.neb.com/protocols
土壤宏转录组学样本前处理与数据分析
Sample Pretreatment and Data Analysis of Soil Metatranscriptome
Authors:  张丽燕连政汉, 褚海燕 and date: 02/10/2021, view: 4846, Q&A: 4
图2.以酸性土样本为例的土壤微生物活性基因在KEGG level 2水平上的功能分类四、 土壤宏转录组研究的优点当与室内培养控制实验和高通量测序结合使用时，可以估算群落中特定微生物正在进行的积极的转录过程 将装有RNA样品的EP管用干冰密封好，送至美格基因进行宏转录组测序 (测序平台为Illumina Hiseq Xten)。表1. 部分样本RNA提取浓度和纯度 图1. 二、 宏转录组
柑橘根际和根表微生物组样品的收集及核酸提取方法
A Protocol for Citrus Rhizosphere and Rhizoplane Microbiome Sample Collection and Nucleic Acid Extraction
Authors:  张云增徐进, Riera Nadia, 王年 and date: 04/12/2021, view: 3363, Q&A: 0
为了降低后续宏基因组和宏转录组数据中植物组织的污染程度，可使用无菌镊子挑取去除LifeGuard soil preservation solution土壤悬液中的柑橘根部组织。 按试剂盒说明书进行操作提取微生物组的总RNA，共20个步骤。 该方法已应用于研究黄龙病对柑橘根部微生物组的影响 (ref. 4，该研究受到Florida Citrus Research and Development Foundation的资助) 。 漩涡震荡仪适配器 (Mo Bio, cata
微生物组的定量宏基因组学和定量宏转录组学方法
Quantitative Metagenomics and Metatranscriptomics Methods of Microbiome
Authors:  黄昕瑜张璐, 袁凌, 鞠峰 and date: 04/13/2021, view: 6239, Q&A: 1
2)去除内标序列 用BlastN将宏转录组序列（reads）比对到内标序列，将比对得分（bit-score）高于50分的宏转录组reads计作属于内标序列的reads，记录属于内标序列的总reads数。 内标的回收与基础生物信息学分析6.1数据前处理6.1.1定量宏转录组数据前处理 1)质控 用PRINSEQ对宏转录组的原始序列进行过滤，除去adapter，除去包含模糊碱基（amb
16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状
The Application Status of Commonly Used Software and Database in 16S Amplicon Analysis
Authors:  杨潇瀛张浩林, 韩莹莹, 翁强, 袁峥嵘 and date: 04/23/2021, view: 9935, Q&A: 0
除了基因组测序，TGS还有更广泛的用途，包括转录组的综合表征、甲基化模式的鉴定、表观遗传修饰的检测等(van Dijk et al., 2018)。 张军毅, 朱冰川, 徐超, 丁啸, 李俊锋, 张学工 and 陆祖宏 (2015). 基于分子标记的宏基因组16S rRNA基因高变区选择策略. 应用生态学报 26(11): 3545-3553. Nearing等人采用模拟群落、土壤和宿主相关的群落对这三种去噪算法进行了评估，结果表明这三种算法在每个样本的组成上分析一致；对于真实土壤