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结构方程模型在土壤微生物生态学中的应用
Applications of Structure Equation Modeling (SEM) in Soil Microbial Ecology
Authors:  杨腾褚海燕 and date: 04/13/2021, view: 7058, Q&A: 0
实验步骤测试数据与理论模型 本文的测试数据来源先前对青藏高原高寒草地土壤真菌多样性分布规律的研究(Yang et al.，2017)，涉及60个100 × 100 m样地的地上植物多样性、土壤真菌多样性 (F.richness和P.richness)分别代表土壤真菌和地上植物的多样性。 此外，根据路径系数的加乘运算，我们以表格的形式展现出各因素对土壤真菌多样性
提取杨树人工林土壤微生物菌体细胞的4种方法
Four Methods to Eextract Soil Microbes from Poplar Plantation
Authors:  王科选秦媛, 潘雪玉, 靳微, 杨预展, 袁志林 and date: 04/23/2021, view: 2565, Q&A: 0
搅拌器处理组对土壤分散能力明显高于超声波处理，其处理后所得样品的细菌、真菌多样性虽与超声波处理组无明显差异 (Lindahl et al.,1995; Priemé et al.,1996)，但其真菌群落结构与原始土壤最为接近 通过Alpha多样性指数可比较和衡量四种不同方法提取所得细菌、真菌物种的丰富度、均匀度与原始土壤的差异，包括observed species指数、Shannon指数、Simpson指数以及Chao1指数等 五种样品真菌
基于高通量测序技术的丛枝菌根真菌多样性研究方法
High-throughput Sequencing-based Method for Characterizing Biodiversity of Arbuscular Mycorrhizal Fungi
Authors:  付伟武慧, 陈保冬 and date: 04/22/2021, view: 6471, Q&A: 0
ITS是真菌多样性研究的通用区域，其在AM真菌多样性研究中的应用次之，但有逐渐增多的趋势。 下游的AM真菌多样性分析可以从ASV水平和VT水平同时进行，分析方法与其他微生物类似，例如使用Vegan软件包绘制AM真菌ASV水平的稀释曲线并计算其α多样性。 AM真菌多样性研究可用引物表1. AM真菌多样性研究可用引物列表及其优缺点引物组合 优点 缺点 参考文献 AML1/AML2 AM
土壤动物肠道微生物样本采集及分析方法
Methods for Collection and Analysis of Gut Microbiota in Soil Animals
Authors:  郝操龚鑫, 朱冬, 吴东辉 and date: 01/05/2023, view: 1969, Q&A: 0
土壤动物肠道系统定居着细菌、真菌在内丰富多样的微生物 (Hao et al., 2020; Wang et al., 2021)，这些微生物对土壤动物本身食物消化、营养获取、发育和健康均发挥着至关重要的作用 科学的土壤动物取样和保存方法，可靠的肠道微生物采集方法及准确的微生物多样性分析程序，对于更好地开展土壤动物肠道微生物多样性研究意义重大。 土壤动物样本收集 土壤动物样本收集工作是研究其体内肠道微生物群落组成和多样性
Isolation of PCR-quality Genomic DNA from Soils Impacted with Extra Heavy Crude Oil
受超重原油污染土壤中PCR级基因组DNA的提取
Authors:  Laynet A. Puentes Yusibeska L. Ramos, Ysvic A. Inojosa, César E. Rivera, Angela De Sisto and date: 06/20/2019, view: 3977, Q&A: 0
... 它允许从不同的细菌和真菌中提取DNA，这些细菌和真菌与被重质原油污染的土壤相关。在生物修复方面，识别有益细菌并非易事。 ... 测试在它们各自的泳道中产生以下结果：1）检测细菌中存在的rRNA 16S基因; 2）检测真菌中存在的ITS区域; 3）检测 nahAc 基因（编码酶萘双加氧酶）; 4）检测 spf
丛枝菌根真菌(AMF)孢子、菌丝密度及侵染率定量测定方法
Practical Methods for Arbuscular Mycorrhizal Fungal Spore Density, Hyphal Density and Colonization Rate of AMF
Authors:  王思雨魏涵, 陈科宇, 董强, 纪宝明, 张静 and date: 02/10/2022, view: 13509, Q&A: 1
随着分子生物技术手段的不断发展，高通量测序技术被广泛用于检测土壤或宿主根内的群落结构和多样性，但只能得到分子种，无法获得AMF菌株资源(刘永俊和冯虎元, 2010) ，且无法对其进行定量分析。 丛枝菌根真菌(AMF)能够与陆地生态系统中大多数植物形成共生关系，帮助植物吸收N、P等矿质元素，提高植物生产力与抗逆性，此外还具有促进土壤水稳性团聚体的形成，改善土壤环境等生态学意义(Smith and 丛枝菌根真菌（AMF）显微镜观察照片 a.显微镜下的AMF孢子；b.土壤中A
基于BIOLOG的微生物群落碳代谢功能分析
Analysis of Microbial Community Carbon Metabolism Function Based on BIOLOG
Authors:  陈瑞蕊俞冰倩, 张建伟, 林先贵, 冯有智 and date: 01/25/2021, view: 8568, Q&A: 0
... 生物多样性测度. 张峰译.科学出版社,70-76.杨永华, 姚健, 华晓梅. (2000). 农药污染对土壤微生物群落功能多样性的影响. 也可以根据不同的试验目的，选择不同类型的BIOLOG微孔板，包括BIOLOG GP板 (革兰氏阳性细菌板) 、BIOLOG GP板 (革兰氏阴性细菌板) 、BIOLOG FF板 (真菌板)。 近地层臭氧浓度升高 (O3-FACE)对麦田土壤微生物群落功能多样性指数的影响利用96小时的吸光度，进行主成分分析，结果如图4所示。 McIntosh
植物微生物组DNA提取扩增及溯源分析
DNA Extraction, Amplification and Source-tracking Analysis for Plant Microbiomes
Authors:  熊 超贺纪正, 张丽梅 and date: 04/27/2021, view: 3846, Q&A: 0
... scaling) 方法对ZOTU表进行标准化分析群落的beta多样性 (normalize_table.py)。 对于真菌群落，去除得到的非真菌ZOTUs (包括原生生物及植物界相关的ZOTUs) (filter_taxa_from_otu_table.py)。 按所有样品中最低的序列数对ZOTU表进行抽平 (single_rarefaction.py)，抽平后的ZOTU表用于分析微生物群落的alpha/beta 多样性，或者也可以使用CSS (cumulative-sum 用铁锹尽可能完整挖出植物的整个根系，先小
土壤线虫采集、标本制作与数据分析
Soil Nematode Collection, Specimen Preparation and Data Analysis
Authors:  骆静梅张晓珂, 梁文举 and date: 07/15/2021, view: 6705, Q&A: 0
ef是食真菌线虫e组分值，而eb是食细菌线虫e组分值。 土壤线虫物种多样性及群落分析指数1.1土壤线虫物种多样性指数 香农-威纳多样性指数 (Shannon-Weiner diversity index)：H' = -ΣPi(lnPi) 优势度指数 获得了土壤线虫群落或者种属信息后，为了利用这些有限的信息来直观地揭示出生态系统的变化，确定土壤虫多样性，必须借助于有效的多样性指数和分析方法 (李玉娟等，200
跳虫标本的采集、制作与保存
Collection, Production and Preservation of Collembola Specimen
Authors:  鄢麒宝乌云嘎, 吴东辉, 孙新 and date: 07/30/2021, view: 3540, Q&A: 0
... 它们以凋落物、真菌、花粉、藻类、树叶和根为食，产生的粪便对土壤的形成有着重要作用，同时能够通过扩散作用协助植物和微生物的繁殖 (Hopkin, 1997; Rusek, 1998)，在土壤和土壤食物网中起着关键的作用 此外，跳虫的群落组成和多样性对外界环境变化的响应敏感，因此也是土壤质量和土壤污染的重要指示生物 (陈建秀等，2007)。 研究背景跳虫是弹尾纲 (Collembola) 动物的俗称，与线虫、螨并称为三大土壤动物类群，是一类分布极为