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提取杨树人工林土壤微生物菌体细胞的4种方法
Four Methods to Eextract Soil Microbes from Poplar Plantation
Authors:  王科选秦媛, 潘雪玉, 靳微, 杨预展, 袁志林 and date: 04/23/2021, view: 2565, Q&A: 0
... 指数代表物种多样性程度，指数越大代表物种丰富度和均匀度较高。 通过Alpha多样性指数可比较和衡量四种不同方法提取所得细菌、真菌物种的丰富度、均匀度与原始土壤的差异，包括observed species指数、Shannon指数、Simpson指数以及Chao1指数等 五种样品真菌Alpha多样性分析 (平均值±标准差)Observed species 指数Shannon指数
基于BIOLOG的微生物群落碳代谢功能分析
Analysis of Microbial Community Carbon Metabolism Function Based on BIOLOG
Authors:  陈瑞蕊俞冰倩, 张建伟, 林先贵, 冯有智 and date: 01/25/2021, view: 8568, Q&A: 0
... McIntosh多样性指数D (Anne E.Magurran, 2011)Mcintosh指数U 基于群落物种多维空间上的Euclidian距离的多样性指数（杨永华等，2000）。 近地层臭氧浓度升高 (O3-FACE)对麦田土壤微生物群落功能多样性指数的影响利用96小时的吸光度，进行主成分分析，结果如图4所示。 选取合适的时间点，将数据转入SPSS、SAS等统计软件进行多样性指数的计算和主成分分析 (Chojniak et
使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据
Using QIIME 2 to Analysis Amplicon Sequencing of 16S rRNA Gene in Microbiome
Authors:  刘永鑫陈同, 钱旭波, 白洋 and date: 04/25/2021, view: 17896, Q&A: 3
... 各组Alpha多样性指数的箱线图分布 X轴为分组，Y轴为observed features多样性指数值，各组间统计的p-value值见表2。表2. 指定beta多样性指数和分组用于减少计算量，因为置换检验较耗时。 可选的alpha多样性指数有faith_pd、shannon、observed_features和evenness。 faith_pd是综合物种间进化树信息的多样性指数 (Faith 1992; H
ImageGP在微生物组可视化中的应用
Visualization of Microbiome Data Using ImageGP
Authors:  陈同刘永鑫 and date: 04/23/2021, view: 3986, Q&A: 0
... 并可通过箱线图进行可视化和使用方差分析等检验alpha多样性指数的分布在组间是否有显著差异。 2.2Alpha 多样性计算后一般存储为表格格式，每个样本一行，每一列对应一种 alpha 多样性指数，列数不限。每一列之间用 TAB 键分割 (图2)。 图2. 常用的alpha多样性指数为以下几种：(1) Richness-Observed OTU结果为整数，但只有物种种类信息，没有丰度信息，数值范围一般为几百至几千不等，范围较大，与研究对象有关；(2) Shann
使用QIIME 2 2025.4分析微生物组16S rDNA基因和ITS扩增子测序数据
Using QIIME 2 2025.4 to Analyze Microbiome 16S rDNA Gene and ITS Amplicon Sequencing Data
Authors:  杨海飞曾美尹, 高云云, 陈同, 刘永鑫 and date: 08/01/2025, view: 2731, Q&A: 1
... 各组Alpha多样性指数的箱线图分布。X轴为分组，Y轴为observed features多样性指数值，各组间统计的P-value值见表3。表3. 多样性分析 通过计算α多样性（如香农指数、观察物种数）和β多样性（如PCoA和NMDS分析）量化微生物群落的多样性和相似性，揭示不同样本之间的生态学差异。 4. 指定beta多样性指数和分组用于减少计算量，因为置换检验较耗时。 可选的alpha
蚯蚓的野外采集、标本制作和群落分析流程
Protocols of Field Collection, Specimen Preparation and Community Analysis of Earthworms
Authors:  刘满强胥毛刚, 孙静, 王定一, 祁小旭, 蒋际宝, 胡锋 and date: 11/05/2022, view: 3246, Q&A: 0
... 1.4蚯蚓γ多样性指数 γ多样性：表述区域或大陆尺度整体的多样性，是指区域或大陆尺度的物种数量，也被称之为区域多样性，可指示生境被物种隔离程度，可与β多样性一起构成总体多样性或一定区域内的生物异质性 1.2蚯蚓α多样性指数 丰富度指数 (Richness)：S，S为群落内的物种数； 香农-威纳指数 (Shannon-Weiner diversity index) (Shannon, 19
土壤线虫采集、标本制作与数据分析
Soil Nematode Collection, Specimen Preparation and Data Analysis
Authors:  骆静梅张晓珂, 梁文举 and date: 07/15/2021, view: 6705, Q&A: 0
... 土壤线虫物种多样性及群落分析指数1.1土壤线虫物种多样性指数 香农-威纳多样性指数 (Shannon-Weiner diversity index)：H' = -ΣPi(lnPi) 优势度指数 获得了土壤线虫群落或者种属信息后，为了利用这些有限的信息来直观地揭示出生态系统的变化，确定土壤虫多样性，必须借助于有效的多样性指数和分析方法 (李玉娟等，2005；张晓珂等，2018)。 目前国内外研究者通常
利用种分布模型绘制微生物分布图谱
Illustrating Microbial Distribution Map Utilizing Species Distribution Modeling
Authors:  李云涛褚海燕 and date: 04/27/2021, view: 2941, Q&A: 1
... 8.3将验证数据集中的土壤理化性状数据代入上述方程，生成对应的多样性指数预 测值 (该步骤不再做展示) 然后将验证数据集中的预测值和观测值一同读取 crsval = read.table (" index.html https://cran.r-project.org/web/packages/ggthemes/index.html 实验步骤数据准备 本分析中需要用到三个数据，即微生物群落数据 (如多样性指数 5.3使用合并后的土壤栅格数据以及广义线性模型对象来进行微生物多样性的种分布模
反刍动物瘤胃原虫18S rRNA基因测序分析技术
18S rRNA Gene Sequencing and Analysis of Ruminal Protozoa
Authors:  高健甄永康, 王梦芝, 王洪荣 and date: 04/12/2021, view: 2696, Q&A: 0
... 群落多样性指标包括Alpha多样性指数 (Chao、ACE、Shannon、Simpson指数) ，Beta多样性指数 (bray