• Peer-reviewed
  • Preprint
  • Extracted from published research articles
  • 生物化学
  • 生物信息学与计算生物学
  • 生物物理学
  • 癌症生物学
  • 细胞生物学
  • 发育生物学
  • 免疫学
  • 微生物学
  • 分子生物学
  • 神经科学
  • 植物科学
  • 干细胞
  • 系统生物学
  • 相关性
  • 日期
  • 浏览量
mRNA-Seq差异表达一般流程及高阶分析
General Pipeline and Advanced Analysis of mRNA-Seq Differential Expression
Author:  谢忱date: 09/10/2021, view: 5510, Q&A: 0
对这三个阶段的样本分别进行差异表达分析，发现在其中的一个阶段有21个统计显著的差异表达基因，但在另两个阶段没有任何差异表达基因。图9. 在最初的差异表达分析中，没有发现任何统计显著的基因。其中一个可能的原因是成年雌性小鼠在动情周期不同阶段具有不同的表达谱和不同的基因差异表达现象。因此，在差异表达分析前首先需要厘清动情周期各阶段。 HTSeq命令差异
Differential Expression Analysis: Simple Pair, Interaction, Time-series
微分表达式分析：简单对、交互、时间序列
Authors:  Han QuMeng Qu, Shibo Wang, Lei Yu, Qiong Jia, Xuesong Wang, Zhenyu Jia and date: 07/05/2022, view: 1491, Q&A: 0
... [摘要]识别特定条件下的差异表达 (DE) 基因对于了解表型变异至关重要。快速增长的 RNA 测序 (RNA-seq) 提供了许多有效量化基因表达的信息。 ... 差异基因表达 (DGE)
Transformation, Normalization, and Batch Effect Removal
转换、归一化和批量效应去除
Authors:  Lei YuHan Qu, Qiong Jia, Xuesong Wang, Zhenyu Jia and date: 07/20/2022, view: 6432, Q&A: 0
... 许多差异表达分析工具需要原始计数矩阵作为输入，并将归一化和批次效应去除程序嵌入到分析流程中，但研究人员在建立自己的批量 RNA 谱分析模型时需要独立执行这两个程序。 ... 该方法假设大多数基因没有差异表达，并且它解释了样本之间的文库大小差异。 limma 为 RNA 测序和微阵列研究提供差异表达分析。