• Peer-reviewed
  • Preprint
  • Extracted from published research articles
  • 生物化学
  • 生物信息学与计算生物学
  • 生物物理学
  • 癌症生物学
  • 细胞生物学
  • 发育生物学
  • 免疫学
  • 微生物学
  • 分子生物学
  • 神经科学
  • 植物科学
  • 干细胞
  • 系统生物学
  • 相关性
  • 日期
  • 浏览量
基于GraftM对功能基因进行物种注释
Taxonomic Classification of Microbes with a Given Function Based on a Specific Functional Gene
Author:  赵圣国date: 06/24/2021, view: 2998, Q&A: 0
研究背景微生物多样性分析中，物种注释是最为关键的步骤。 本文介绍了基于GraftM进行功能微生物的物种注释。 与16S rRNA基因或ITS基因相比，功能基因常具有多个不同拷贝，难以作为系统发育的标签基因，无法根据基因序列组成和相似特点直接进行物种注释，所以常用的RDP Classifier等算法无法适用于功能基因物种注释分析 GraftM (Boyd et al., 2018) 是用于功能基因注释的优秀软件，它通过对已知功能基因构建系统发育树 (含物种信息)，然后将查询功能基因定位到系统发育树，根据树上
基于二代测序的真菌基因组组装和注释
Assembly and Annotation of Fungal Genome Based on Illumina Sequencing
Authors:  马紫英吴琦, 周欣, 李宽, 蔡磊 and date: 03/25/2021, view: 8038, Q&A: 0
Swiss-Prot注释 UniProtKB/Swiss-Prot数据库中的蛋白质功能经过了功能验证，注释准确，数据库较小，适合用于本地化blast进行的注释。 根据预测结果中的蛋白序列和蛋白质数据库进行比对的结果，完成相应的功能注释。 更多详细帮助信息可参考官网：https://funannotate.readthedocs.io/en/latest/index.html 十、 基因功能注释 基因功能注释主要是基于同源序列比对进行的 在此以eggNOG (Jaime e
内生镰刀菌基因组染色体级别组装和注释
Chromosome-Scale Genome Assembly and Annotation Method of Endophyte Fusarium
Authors:  单晓亮袁志林 and date: 06/01/2021, view: 3254, Q&A: 0
黄色镰刀菌和假禾谷镰刀菌的基因组特点和预测特征二、注释结果通过结合de novo注释和基于同源的预测结果进行蛋白质编码基因的结构注释。 通过结合de novo注释和基于同源的预测结果进行蛋白质编码基因的结构注释 (Rigden, 2017) 。 然后借助于外源蛋白数据库（SwissProt、TrEMBL、KEGG、InterPro等）对基因集中的蛋白进行功能注释。? 对于转座子 (TEs) 注释，RepeatMasker (v.4.07) 用于Repbase数据库 (v
GO/KEGG Enrichment Analysis on Gene Lists from Rice (Oryza Sativa)
水稻基因列表GO/KEGG富集分析
Author:  Yahui Lidate: 06/20/2022, view: 3006, Q&A: 1
... 我从两个来源获得基因注释信息，1.水稻公共注释数据库，包括RAP- DB 和 稻谷;和 2. 一个包含各种物种基因注释信息的 R 包，即 注释中心。 ...