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群体历史推断方法
The Methods for Inferring Population History
Authors:  刘俊锋季现超, 陈华 and date: 04/21/2021, view: 14630, Q&A: 0
... SFS的理论和方法是在两类框架下并行发展：扩散近似和溯祖过程。溯祖理论由一套概率模型组成，主要研究采集的样本在回溯过程中找到共同祖先事件的分布。 在扩散过程框架下，推断群体历史需要预先给定群体大小变化模型；而在溯祖过程框架下则蕴含一种假设条件：群体大小在每一个溯祖时间段内都是固定不变的。 因此，这种关系给出了估计谱系中每个溯祖间隔的群体大
物种树构建后的基因渗入检验方法
Methods of Detecting Introgression after Species-tree Construction
Authors:  丁颖纪繁迪, 黄华腾 and date: 02/10/2022, view: 9285, Q&A: 1
... 根据溯祖理论，不兼容拓扑基因树上的两个内部节点对应着所有物种共同祖先群体内的溯祖事件 (图2B和图2C中黑色实心圆点)。 内部节点（圆点）对应基因树上姐妹物种溯祖事件。 (B) 和 (C) 中两个溯祖事件都发生在三个物种的共同祖先群体中 (实心圆点)，(A) 中一个溯祖事件可能发生S_1和S_2的共同祖先群体 (空心圆点)。 因此，两个内部节点的距离应该符合溯祖理论推导出来
鸟类鸣声：录音、回放和分析
Bird Song: Record, Playback and Analysis
Author:  夏灿玮date: 07/15/2021, view: 6263, Q&A: 0
... 在溯祖分析的过程中，需要选择合适的演化模型。由于鸣声资料没有化石证据，所以在选用演化模型时带有很大的主观性。 结果解读的原则是：在现今起作用的因素，在演化历史中也可能起作用。 在获取现生类群的鸣声特征和谱系树以后，即可开展溯祖分析。推荐使用R语言的"ape"包进行溯祖分析。"ape"包有两大优点，一是功能全面，二是免费使用。 1.2参数设置 连续声音信号转换为存储的离散信号的过程也可能导致失真。单
DNA条形码算法及软件开发
Algorithms and Software Development of DNA Barcoding
Authors:  张爱兵杨炳, 王瑛, 杨采青 and date: 10/15/2021, view: 4551, Q&A: 0
... 对于大型数据集，溯祖方法可能非常耗时，因为要对所有可能的溯祖事件进行抽样，需要生成大量的溯祖树 (Lou and Golding, 2010)。 第三种贝叶斯方法是加速溯祖方法 (Abdo and Golding, 2007)，用一种只利用从单个物种序列中分离得到的位点数的方法来取代基于溯祖的 MCMC 算法。 第一个方法是计算已知属于一个特定物种的序列溯祖的似然值，然后再
基于转录组数据和短序列测序的系统发育研究方法
Phylogenomics based on transcriptomics and short-read sequences
Authors:  蒙冠良周程冉, 刘山林, 周欣 and date: 09/10/2021, view: 10236, Q&A: 0
... 并联建树得到的进化树枝长以溯祖单位 (coalescent unit) 表示。 (2) 基于溯祖理论 (coalescence-based) 的构树方法，或称为并联建树。 接着，基于溯祖理论将所有基因树进行整合，最终得到"物种树" (species tree，即描述不同物种之间的进化关系的树)。 基于转录组测序的系统发育研究在采样或者测序质量、组装效果等方面常存在差异，物种间基因缺失的现象比较常见，因此基于溯祖理论的构树方法得到
高级阶元分子系统发育研究未来创新的思考
Thinking on the Future Innovations in the Molecular Phylogenetics at Higher Category Levels
Author:  谢强date: 03/29/2021, view: 4342, Q&A: 0
... 1.1.2建立直系同源基因数据集，并进行序列比对 根据后续的分析需求不同，如果采用树形合意（coalescent，也称为溯祖）的方式，各直系同源基因序列的矩阵文件互相独立；如果采用基因联合 PatitionFinder、ModelFinder (IQ-Tree)插入、缺失rDNA可参考rRNA二级结构 进行一定程度的校正系统发育重建数据类型碱基（核苷酸）、氨基酸单基因序列信息利用方式基因联合、树形合意（溯祖 图中长方形色块表示衍征，末端呈弧形的色块表示祖征或姊妹群的衍征（引自Wu
蜚蠊目昆虫的野外采集、标本制作和数据分析
Collection, Specimen Making and Data Analysis of Blattodea Species
Authors:  邓文波车艳丽, 李志强, 王宗庆 and date: 09/23/2021, view: 3644, Q&A: 0
... 该方法是采用Likelihood方法在基因树上进行基于模型测试的溯祖物种界定。 1.3形态特征与分子特征相结合
跨物种靶基因富集技术实验方案
Protocol for Cross-species Target-gene Enrichment
Authors:  黄俊满袁昊, 李晨虹 and date: 05/11/2021, view: 3653, Q&A: 0
... $ raxmlHPC -m GTRGAMMA -p 12345 -q dna12_3.partition.txt -s concat.phy -n genetree五、 基于多物种溯祖模型的物种树构建为每个基因构建一个基因树