鸟类鸣声：录音、回放和分析
Bird Song: Record, Playback and Analysis
Author: 夏灿玮date: 07/15/2021,
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... 在溯祖分析的过程中，需要选择合适的演化模型。由于鸣声资料没有化石证据，所以在选用演化模型时带有很大的主观性。
结果解读的原则是：在现今起作用的因素，在演化历史中也可能起作用。 鸟类鸣声的演化5.1研究方法评述
由于鸣声不会留下化石资料，通过追溯历史上鸟类的鸣声，探究鸣声在鸟类演化中的作用，长期被认为是不可行的事情。 正是因为鸟类鸣声特征的变化与DNA突变在诸多方面 (演化速率，中性突变，状态数量) 有明显的差异，需要以一个审慎的态度去评估鸣声演化
计算流体动力学在古生物学领域中的应用
Authors: 姚苏元朱敏,
卢静 and
date: 02/05/2026,
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... 除了目前常见的单物种或单类群分析外，也可以进行跨类群功能演化分析，通过对比不同无颌鱼类或有颌鱼类化石类群的流体力学特征，揭示形态适应性演化路径。 目前多集中于无颌的骨甲鱼类 [13]和异甲鱼类[26,27] 的流体力学分析，而盔甲鱼类头甲形态演化与其他有颌类如盾皮鱼、棘鱼等形态演化研究目前相对空白。 ，为揭示生物与环境共演化的机制提供更全面的科学依据。 Caromel等通过对有孔虫进行计算流体动力学模拟研究其形态（大小、形状、密度）对沉降速度的影响，阐明浮游有孔虫形态演化与环境的
使用BEAST 2开展贝叶斯支端定年分析
Using BEAST 2 for Bayesian Tip Dating
Authors: 罗阿蓉张驰,
朱朝东 and
date: 07/15/2021,
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... 伴随分子数据的涌现、化石信息的积累、以及演化模型 (如分子钟) 的发展，贝叶斯定年法近些年得到了广泛关注和应用。 该模型假设演化速率服从独立的对数正态分布。2.7点击BEAUti主选项Priors开始先验设置。 该方法将置换模型、演化速率、类群分异过程等纳入一个整体的统计学分析框架中，将化石信息纳入先验模型，从而估算类群的绝对历史分异时间。 2.6点击BEAUti主选项Clock Model开始演化速率设置。对形态和分子数据分别采用宽松钟模型，可具体设为Relaxed Clock Log Normal。 假设所有的
使用MrBayes开展贝叶斯支端定年分析
Bayesian Tip Dating using MrBayes
Authors: 张驰罗阿蓉 and
date: 07/23/2021,
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... 该方法通过统计模型来描述特征演化、类群生灭、化石采样等过程，并借助相对成熟的贝叶斯统计框架和计算方法来进行参数估计和模型选择。 支端定年法把化石形态和年代数据整合在一次完整的计算过程中，能够尽可能充分地利用数据信息，同时考虑了树的拓扑结构、分异时间、演化速率以及化石年代的不确定性。 但是由于演化速率在树上可能变化很剧烈从而导致单单依靠宽松钟无法准确定树根。这时，需要使用附加的拓扑结构限制。下例通过限制鸟类为内群，把第一个类群 (驰龙) 排除为外群。接着还定义了几个大的分类单元。 relative fossil-sampling ra