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湖泊水体环境DNA的采集、提取与鱼类遗传标记的扩增
Collection and Extraction of Lake Water Environmental DNA and Amplification of Fish Genetic Markers
Authors:  舒璐潘红梅, 彭作刚 and date: 10/15/2021, view: 3527, Q&A: 0
环境DNA宏条形码技术主要由环境DNA获取、遗传标记扩增、高通量测序与测序结果分析四个部分组成,由于环境DNA的获取与遗传标记的扩增是环境DNA技术的关键环节,因此本文仅就这两个部分工作进行了探讨。 基于高通量测序的环境DNA宏条形码技术可以从一份环境样品实现对目标类群的多个物种的DNA检测,是评估鱼类多样性的有力工具。 研究背景环境DNA技术是
微生物群落胞内/胞外吸附/胞外游离水环境DNA的分离提取
Isolation and Extraction of Intracellular, Absorbed-extracellular and Free-extracellular Environmental DNA from Aquatic Microbial Community
Authors:  赵泽鞠峰 and date: 12/25/2020, view: 7664, Q&A: 0
环境水样预处理2.1环境水样经0.2 μm滤膜过滤,滤膜置于4 °C储存,用于后续胞内DNA和胞外吸附DNA的分离,滤液用于后续胞外游离DNA的提取。 注:不同环境水体中胞外DNA的含量不同。 注:不同环境水体中胞外游离DNA的含量不同,甚至同一环境水体部分采样点之间含量差别也较大。建议通过预实验确定不同环境水体需要处理滤液的合适体积,以保证所得DNA满足下游实验需求。 河流、湖泊
Marker Genes (16S and ITS) Protocol for Plant Microbiome Analyses
植物微生物组分析的标记基因(16S 和 ITS)实验方法
Author:  Geoff Zahndate: 04/20/2022, view: 1554, Q&A: 0
... [背景] 发现自己需要在给定环境中拍摄微生物群落结构的快照越来越普遍。 有许多平台可用于处理和分析元扩增子数据集,但在这里我们将着眼于 R 环境中灵活、可重复且完全可定制的管道。 ... 通常,这些对照样本是空白 DNA 提取物,然后对其进行测序。这使我们能够发现实验室环境中存在的 DNA
从环境样本中提取高质量DNA-研磨加DNeasy试剂盒方法
DNA Extraction from Environment Samples – Grind Plus Kit Method
Authors:  王朱珺邓晔, 王尚 and date: 05/11/2021, view: 4518, Q&A: 0
本方案也适用于其他类型的环境样品 (污泥、水、木材等),但样品量要视情况而定。 开始研磨样本,如果加入的液氮太少已经消耗完,立即加入新的的液氮。研磨样品时尽量控制在研钵里的一个小区域。 如果DNA浓度过低,则很难通过酸化和冷乙醇沉淀DNA。可以将DNA浓缩到100 ng/μl 左右,沉淀DNA,用10~20倍体积70%冷乙醇洗涤DNA颗粒。 如果DNA浓度过低,则很难通过酸化和冷乙醇沉淀DNA。你可以将DNA浓缩到100 ng/μl
海洋生物被膜的采集与宏基因组样品的制备
Marine Biofilm Collection and Metagenomics Sample Preparation
Authors:  张杰秦澎, 张伟鹏 and date: 08/20/2024, view: 1538, Q&A: 0
... 然后使用总环境DNA提取试剂盒(如AllPrep DNA/RNA Mini Kit)提取沉淀中生物被膜的总DNA,使用Nanodrop仪检测DNA浓度,确保DNA浓度>40 ng/μL,总量应> 样品在4 ℃环境中解冻后,使用震荡仪,涡旋仪或超声震荡以震落碎片上的微生物。离心、总DNA提取、测序步骤同第一部分的5, 6。采集人为施放的微塑料颗粒样品。 微生物组DNA的提取:实验室内将样品在4 ℃解冻后,低速(1,00
Isolation of PCR-quality Genomic DNA from Soils Impacted with Extra Heavy Crude Oil
受超重原油污染土壤中PCR级基因组DNA的提取
... PCR是通过环境友好的生物技术来补救和恢复受油污染的土壤的必要研究(Lozano-A et al。,2008)。