摘要:从各类环境样本中提取高质量的DNA是宏基因组测序、基因芯片杂交以及其它各类宏基因组技术应用的前提,但各大型试剂公司的环境DNA提取试剂盒 (如DNeasy PowerClean、MP FastDNA、Invitrogen PureLink等) 提取DNA的效率和质量大相径庭 (Zhou et al., 1996) 。本文中使用的经典细胞破碎方法 (冷冻研磨以及在经典提取缓冲液中使用SDS裂解细胞) 可以从各种环境样本中获得高质量的DNA,且获取的基因组DNA完整度较高。配合DNeasy试剂盒提纯 DNA,该方法比凝胶纯化更简单、快速,在去除 PCR 抑制剂方面具有优异的性能,可以达到较高的 DNA 纯度,相比单独使用试剂盒的方法,得到的土壤DNA浓度也相对更高 (Costea et al., 2017) 。
关键词: DNA提取, 冷冻研磨, Mobio
材料与试剂
仪器设备
实验步骤
结果与分析
最后得到的DNA 260/280的值在1.8-2.0之间,260/230 ≥ 1.7。一般只要严格按照本方案的每一个细节进行操作,不会出现杂质过多的问题。
致谢
感谢国家自然科学基金 (U1906223),中国科学院前沿科学重点研究项目 (QYZDB-SSW-DQC026) 的资助。感谢已使用过本实验方案的文章 (Wang et al., 2019) Elevated temperature overrides the effects of N amendment in Tibetan grassland on soil microbiome. Soil Biology and Biochemistry, 136: 107532。
参考文献
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